早年經歷
J聯賽球星卡 井原正巳1980年，井原正巳隨水口中學獲得了滋賀縣足球大會的冠軍及近畿大會的亞軍。
1983年，在滋賀縣立守山高等學校就讀的井原正巳入選日本U17國家隊。
1986年，井原正巳進入日本筑波大學學習，並在時任日本國青隊主教練松本育夫的勸說下由高中時代的前鋒位置改打後衛位置。 同年，井原正巳隨筑波大學獲得日本大學足球選手權大會的冠軍。
1988年，大學二年級的井原正巳首次入選日本國家隊。
運動生涯
日產、橫濱水手時期
橫濱水手時期井原正巳1990年，從筑波大學畢業的井原正巳加盟日本足球聯賽的日產自動車足球俱樂部（現橫濱水手足球俱樂部）。在1990-1991賽季，井原正巳聯賽出場22次，打入兩球， 獲得該賽季日本足球聯賽的最佳新人，並幫助日產自動車足球俱樂部獲得1991年的天皇杯冠軍。
1992年，井原正巳在1991-1992賽季聯賽共出場22次，打入0球， 並幫助日產足球俱樂部獲得1992年的天皇杯冠軍及亞洲優勝者杯冠軍。
1993年，日產自動車足球俱樂部更名為橫濱水手足球俱樂部並成為J聯賽創始10隊之一，井原正巳留隊。 5月15日，在J聯賽開幕戰橫濱水手對陣川崎貝爾迪足球俱樂部的比賽中，井原正巳完成J聯賽首秀。10月28日，在1994年美國世界盃亞洲區預選賽最後一輪日本國家隊於卡達多哈對陣伊拉克國家隊的比賽中，井原正巳首發出場，但該場比賽日本國家隊在最後時刻被伊拉克國家隊絕殺扳平，在打贏就出線的情況下無緣1994年美國世界盃正賽，日本國內史稱“多哈悲劇”，井原正巳由此也成為了“多哈悲劇”的經歷者之一。 最終在1993賽季，井原正巳在J聯賽出場32次，打入0球， 入選該賽季J聯賽最佳陣容，並幫助球隊獲得了1993年亞洲優勝者杯冠軍。
橫濱水手場上隊長 井原正巳1994年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場41次，打入1粒進球， 併入選該賽季J聯賽最佳陣容。
1995年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場47次，打入1粒進球， 幫助橫濱水手獲得該賽季的聯賽冠軍併入選該賽季J聯賽最佳陣容。 同年，井原正巳獲得亞洲足球先生的稱號。
1996年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場29次，打入1粒進球， 併入選該賽季J聯賽最佳陣容。
1997年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場22次，打入0球， 併入選該賽季J聯賽最佳陣容。 11月16日，在1998年法國世界盃亞洲區預選賽最後一輪日本國家隊於馬來西亞吉隆坡對陣伊朗國家隊的比賽中，井原正巳首發出場並打滿全場比賽，幫助日本國家隊以3：2戰勝伊朗國家隊，從而幫助日本國家隊歷史上首次進入世界盃正賽。
1998年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場27次，打入0球。 同年，井原正巳入選日本國家隊並作為日本國家隊隊長隨隊征戰1998年法國世界盃的比賽，打滿日本國家隊在該屆賽事中的全部比賽。
1998年，井原正巳代表橫濱水手在該賽季J聯賽出場25次，打入0球。
磐田喜悅時期
2000年，井原正巳由橫濱水手足球俱樂部轉會至磐田喜悅足球俱樂部。 在2000賽季，井原正巳在J1聯賽出場20次，打入1粒進球。
浦和紅鑽時期
井原正巳退役告別賽2001年，井原正巳由磐田喜悅足球俱樂部轉會至浦和紅鑽足球俱樂部。 在2001賽季，井原正巳在J1聯賽出場26次，打入1粒進球。
2002年，井原正巳代表浦和紅鑽隊在J1聯賽出場28次，打入0球。 12月26日，井原正巳正式宣布退役。
2004年1月4日，井原正巳在東京國立競技場舉行退役的告別賽。
執教生涯
柏太陽神教練 井原正巳日本U23時期
2004年，井原正巳取得日本足協S級教練資格。
2006年8月至2008年8月，井原正巳任日本U23國家隊助理教練。
柏太陽神時期
2009年2月，井原正巳出任日本足球乙級聯賽（J2聯賽）柏太陽神足球俱樂部執行教練。
2010年，井原正巳作為柏太陽神隊執行教練隨柏太陽神足球俱樂部獲得日本足球乙級聯賽（J2聯賽）的冠軍。
2011年，井原正巳作為柏太陽神隊執行教練隨柏太陽神足球俱樂部獲得日本足球甲級聯賽（J1聯賽）的冠軍，並獲得了2011年世俱杯的出場資格。
2012年，井原正巳作為執行教練隨柏太陽神足球俱樂部獲得日本天皇杯的冠軍。
2013年，井原正巳作為柏太陽神隊執行教練隨柏太陽神足球俱樂部獲得日本聯賽杯的冠軍。
2014賽季結束後，井原正巳與柏太陽神足球俱樂部的契約到期，就此離隊。
福岡黃蜂時期
福岡黃蜂主帥井原正巳（左一）2015年1月，井原正巳上任J2聯賽福岡黃蜂足球俱樂部主教練。 在該賽季，井原正巳帶領福岡黃蜂隊獲得了J2聯賽的第3名，並通過附加賽成功升級至2016年的J1聯賽。
2016年，井原正巳未能帶領福岡黃蜂成功保級，以J1聯賽第18名的成績降入J2聯賽。
2017年，井原正巳帶領福岡黃蜂獲得J2聯賽第4名，成功進入J1聯賽升級附加賽。12月3日，在J1聯賽升級附加賽決賽中井原正巳執教的福岡黃蜂以0：0悶平J2聯賽排名第3的名古屋鯨魚足球俱樂部，但因打平上位優先的規則無緣升級。
在2018賽季中，井原正巳率領福岡黃蜂在J2聯賽以19勝13平10負的戰績位列J2聯賽第7名，無緣J1聯賽升級附加賽。
重回柏太陽神
2018年12月13日，在2018賽季從J1聯賽降級的柏太陽神足球俱樂部官方宣布井原正巳出任柏太陽神一線隊的執行教練。
生涯數據
球員數據
| 賽季 | 聯賽 | 俱樂部 | 出場 | 進球 |
| 1990/1991 | 日本足球聯賽1部（JFL1部） | 日產自動車 | 22 | 2 |
| 1991/1992 | 日本足球聯賽1部（JFL1部） | 日產自動車 | 22 | 0 |
| 1993 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 32 | 0 |
| 1994 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 41 | 1 |
| 1995 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 47 | 1 |
| 1996 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 29 | 1 |
| 1997 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 22 | 0 |
| 1998 | 日本職業足球聯賽（J聯賽） | 橫濱水手 | 27 | 0 |
| 1999 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽） | 橫濱水手 | 25 | 0 |
| 2000 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽） | 磐田喜悅 | 20 | 1 |
| 2001 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽） | 浦和紅鑽 | 26 | 1 |
| 2002 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽） | 浦和紅鑽 | 28 | 0 |
| 合計 | 日本 | 341 | 7 | |
| 參考資料： | ||||
| 賽季 | 出場 | 進球 |
| 1988 | 5 | 0 |
| 1989 | 11 | 0 |
| 1990 | 6 | 0 |
| 1991 | 2 | 0 |
| 1992 | 11 | 0 |
| 1993 | 15 | 2 |
| 1994 | 9 | 1 |
| 1995 | 16 | 1 |
| 1996 | 13 | 0 |
| 1997 | 21 | 1 |
| 1998 | 11 | 0 |
| 1999 | 3 | 0 |
| 合計 | 123 | 5 |
| 參考資料： | ||
執教數據
| 賽季 | 執教球隊 | 聯賽 | 排名 |
| 2015 | 福岡黃蜂 | 日本職業足球乙級聯賽（J2聯賽） | 3 |
| 2016 | 福岡黃蜂 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽） | 18 |
| 2017 | 福岡黃蜂 | 日本職業足球乙級聯賽（J2聯賽） | 4 |
| 2018 | 福岡黃蜂 | 日本職業足球乙級聯賽（J2聯賽） | 7 |
| 參考資料： | |||
獲獎記錄
| 球員榮譽 |
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| 俱樂部榮譽 |
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| 執教榮譽 |
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賽場之外
日本國家隊隊長 井原正巳2003年3月25日，退役不久的井原正巳為在橫濱市內推廣足球運動，與橫濱水手足球俱樂部簽約並擔任橫濱水手“接觸足球計畫”的客座教練，為廣大橫濱市民提供足球教學服務。
2004年，井原正巳擔任NHK電視台特約評論員，並全程解說了日本國家隊在2004年中國亞洲杯的比賽。
社會評價
1998年世界盃 日本國足隊長井原正巳井原正巳不僅與他的隊友們見證了上個世紀九十年代初日本隊的再次崛起，第一次將日本隊帶入了世界盃，而且作為國家隊的後防中堅獲得過亞洲最佳球員的稱號，堪稱當之無愧的“亞洲鐵壁”。 （ 中國《足球》報編輯部評 ）
井原正巳作為清道夫的表現非常出色，因此對於未來的日本國家隊主教練而言，尋找井原正巳的替代者將成為一個非常重要的課題。 （ 英國阿森納足球俱樂部主教練阿爾塞納·溫格評 ）
