主要職能
1．開展農業科技政策及戰略性新型產業發展重大問題研究，參與相關政策、法規、規劃、計畫的研究起草；負責農業科技基礎數據收集整理與匯總分析，建設維護農業科技管理信息平台；承擔國際植物新品種保護聯盟、國際食品法典委員會動態跟蹤和聯絡。
2．作為農業科技項目管理專業機構，承擔國家農業科研、技術引進與國際科技合作、成果轉化、農業標準項目和科研基地建設的過程管理；承擔農業科技成果評價和利用；參與基層農技推廣體系建設與改革，承擔農業技術宣傳培訓與科技服務；開展國際合作與交流。
3．負責國家農業轉基因生物安全評價與檢定中心和農業農村部植物新品種測試中心建設與管理；組織植物新品種測試指南和農業轉基因生物安全標準制修訂；承擔農業農村部部級質檢機構及植物新品種測試、農業轉基因生物安全評價等檢驗測試機構建設指導、計量認證、審查認可和能力建設；承擔國家計量認證農業評審組的具體工作。
4．承擔全國農業轉基因生物研究、試驗、生產、加工、經營和進出口活動中安全評價和標識的受理審查、跟蹤檢查、檢測監測技術鑑定和樣品保藏。
5．承擔農業植物新品種權申請的受理審查；組織開展植物新品種特異性、一致性、穩定性（DUS）測試；承擔植物新品種權侵權、假冒案件的技術性鑑定；收集整理與保存測試所需的植物品種、病原體和蟲源等；編輯出版《農業植物新品種保護公報》。
6．承擔農業農村部植物新品種保護辦公室、國家農業轉基因生物安全委員會秘書處、國際食品法典委員會的日常工作；負責植物新品種測試和農業轉基因生物安全管理等全國標準化技術委員會秘書處的日常工作；負責中國農業科技管理研究會和農業標準化技術委員會的日常管理。
7．完成部內有關司局委託的其他工作任務。
內設機構
辦公室
主要職責：
1.協助中心領導處理日常工作，承擔中心內外綜合協調工作；
2.負責中心規章制度和綜合性檔案材料的起草擬定，並監督實施；
3.負責中心主任會議、辦公會議等會議安排及議定事項的督辦；
4.負責公文核稿運轉、歸檔保存及領導批示的督辦落實，以及機要檔案保管、保密、印章及文書檔案管理；
5.負責人事、勞資、養老保險等日常管理；
6.負責黨務、紀檢、監察、後勤等日常管理，協助中心工青婦等民眾組織的日常工作；
7.協助開展專業機構項目管理全過程的監督管理；
8.負責中心離退休人員管理和服務；
9.負責中心出國（境）人員審查、國際合作與派員出國計畫編制及監督實施；
10.負責中心宣傳信息、辦公自動化建設及網路安全的統籌管理；
11.負責安全保衛、綜合治理及車輛管理等工作；
12.負責國家農業轉基因生物安全評價與檢定中心大樓的物業管理工作；
13.完成領導交辦的其他工作。
計畫財務處
主要職責：
1.負責中心年度財務預算、決算的匯總編報，並監督執行；
2.負責組織擬定財務、條件保障與服務相關管理制度並組織實施；
3.負責財務收支管理；
4.負責委託管理的重點專項和重大專項等科研項目資金管理；
5.負責組織政府採購及固定資產管理，承擔條件建設工作的組織實施；
6.負責中心所屬企業的管理和掛靠社會團體的財務工作；
7.負責有關財稅報表的編制及分析；
8.負責職工醫療、住房公積金和住房補貼等核算、繳納、發放與監督，協助辦理養老保險事宜；
9.完成領導交辦的其他工作。
項目管理一處
主要職責：
1.負責委託管理的轉基因生物新品種培育科技等重大專項、農業面源和重金屬污染農田綜合防治與修復技術研發重點等專項管理，包括承擔專項的實施方案制定、專項指南編制，負責專項的評審立項、過程管理、科技報告、年度報告編寫及後續工作等環節的管理；
2.負責委託管理的重點專項和重大專項等科研項目資金概算編報、預算安排、過程中預算管理、財務驗收等環節管理工作；
3.負責中心科技研究工作的統籌協調和管理，承擔科技項目的牽頭策劃、組織申報實施和監督管理；
4.承擔農業農村部有關項目管理工作；
5.承擔其他相關科技計畫的推薦申報工作；
6.完成領導交辦的其他工作。
項目管理二處
主要職責：
1.負責委託管理的化學肥料農藥減施增效綜合技術研發、糧食豐產增效科技創新等重點專項管理，包括承擔專項的實施方案制定、專項指南編制，負責專項的評審立項、過程管理、科技報告、年度報告編寫及後續工作等環節的管理；
2.負責委託管理的重點專項和重大專項等科研項目資金概算編報、預算安排、過程中預算管理、財務驗收等環節管理工作；
3.擔任專業機構聯絡員、項目專家庫聯絡員、專業機構年報聯絡員等，開展專業機構建設和專項管理綜合協調支撐工作；
4.承擔農業農村部有關項目管理工作；
5.完成領導交辦的其他工作。
項目管理三處
主要職責：
1.負責委託管理的養殖業領域等重點研發計畫專項管理，包括承擔專項的實施方案制定、專項指南編制，負責專項的評審立項、過程管理、科技報告、年度報告編寫及後續工作等環節的管理；
2.負責委託管理的重點專項和重大專項等科研項目資金概算編報、預算安排、過程中預算管理、財務驗收等環節管理工作；
3.承擔科技部新增項目以及農業農村部有關項目管理；
4.完成中心領導交辦的其他工作。
項目監督處
主要職責：
1.負責專業機構籌建期間日常工作的歸口及協調；
2.負責制定專業機構章程、內部規章制度及風險防控制度；
3.協助理事會、監事會開展日常工作；
4.負責ISO9001質量管理體系認證，規範監督內部人員工作行為；
5.負責委託管理的重點專項、重大專項項目評審專家遴選監督工作；
6.負責重點專項和重大專項等項目全過程監管和驗收工作；
7.承擔農業農村部有關項目管理工作；
8.承擔全國農業科技數據統計和信息分析；
9.負責中國農業科技管理研究會秘書處日常管理工作；
10.完成領導交辦的其他工作。
科技評價處
主要職責：
1.承擔有關農業科技政策、法規、規劃等調研起草；
2.負責與專項管理相關的國內外研發進展、政策調研、規章制度建設；
3.負責智慧財產權保護工作；
4.負責受委託管理專項的信息網路平台建設；
5.負責科技專項檔案資料收集、管理、分析利用；
6.負責農業科技成果評價及中心申報成果獎勵事項的組織實施等工作；
7.完成中心領導交辦的其他工作。
植物新品種保護處
主要職責：
1.負責農業植物新品種保護申請的受理與審查；
2.負責農業植物新品種保護申請材料與檔案管理；
3.負責《植物新品種保護公報》的編輯與發行；
4.負責開展植物新品種保護業務培訓，承擔國際合作交流；
5.承擔農業農村部植物新品種保護辦公室網站建設與維護；
6.協助開展有關植物新品種保護權屬糾紛以及侵權、假冒案件處理
7.承擔農業植物新品種保護法規、政策、制度、規劃等調研起草；
8.完成領導交辦的其他工作。
植物新品種測試處
主要職責：
1.負責植物已知品種資料庫建設與維護；
2.負責植物新品種特異性、一致性和穩定性測試，匯總與分析處理測試數據，審查測試數據與報告；
3.負責農業農村部植物新品種測試中心日常運行並指導農業農村部植物新品種測試分中心體系建設與測試業務工作；
4.負責糾紛品種的測試和DNA鑑定；
5.負責開展植物新品種測試技術培訓，參加國際履約和測試技術國際合作與交流；
6.承擔植物新品種特異性、一致性和穩定性測試指南等標準和技術規範的研製工作；
7.承擔全國植物新品種測試標準化技術委員會秘書處的日常管理工作；
8.完成領導交辦的其他工作。
轉基因生物安全評價處
主要職責：
1.負責農業轉基因生物安全評價申請的受理與審查；
2.負責農業轉基因生物安全評價檔案管理、信息化平台建設；
3.負責跟蹤研究國際轉基因生物安全評價相關動態，承擔經合組織、國際食品法典委員會生物技術工作組等國際組織的具體聯絡工作；
4.承擔農業轉基因生物安全性、真實性、有效性評價指南、標準和技術規範的研製工作；
5.承擔國家農業轉基因生物安全委員會及秘書處的日常管理工作；
6.承擔農業農村部行政審批辦公大廳科教視窗的相關工作；
7.承擔轉基因生物安全性、真實性、有效性評價法規、政策等調研起草；
8.完成領導交辦的其它工作。
轉基因生物安全檢定處
主要職責：
1.負責國家農業轉基因生物安全評價與檢定實驗室日常運行、維護、業務管理與質量控制；
2.負責轉基因生物陽性樣品、標準物質檢測及速測儀器、試劑盒等研究、製備、標定、鑑定及質量控制等工作；
3.負責申報轉基因生物安全行政審批的樣品驗證、保藏、管理及方法資料的審查工作；
4.負責全國農業轉基因檢測體系的業務培訓和技術指導服務；
5.負責跟蹤研究國際轉基因檢測鑑定動態，承擔國際標準化組織、歐盟轉基因實驗室網路等的中方聯絡工作；
6.承擔轉基因生物安全評價、檢測技術的科學研究及檢測標準、監控技術規範的制修訂工作；
7.承擔全國農業轉基因生物安全檢測及例行監控，開展農業轉基因生物安全性、真實性、有效性檢驗驗證，組織轉基因生物安全檢測方法驗證和檢測技術仲裁，承擔應急處置；
8.完成領導交辦的其它工作。
轉基因生物安全管理處
主要職責：
1.負責組織轉基因輿情日常監測及應對的具體工作；
2.負責國際轉基因生物安全管理政策動態跟蹤研究，雙邊領域的轉基因生物安全合作和生物安全議定書秘書處的具體工作；
3.承擔轉基因研發單位及其研發實驗室、溫室和試驗基地的生物安全和質量控制制度建立的指導、培訓和監督；
4.承擔全國農業轉基因生物安全監督及違法案件的督辦、查處及應急處置等具體工作；承擔轉基因生物安全官方評議的組織工作；
5.承擔全國農業轉基因生物安全管理標準化技術委員會秘書處的日常管理工作；
6.協助開展轉基因生物安全科普宣傳和監督管理體系的技術培訓；
7.承擔轉基因生物安全法規、政策、制度、規劃及生物技術產業化戰略等調研起草；
8.完成領導交辦的其它工作。
現任領導
主任：楊雄年
副主任：葉紀明
聶善明：副主任
朱岩：副主任
