中美洲航空有三個主要轉運點：由哥斯大黎加的聖荷塞(San Jose)往返南美洲；由薩爾瓦多的聖薩爾瓦多(San Salvador)往返北美和墨西哥；以及由秘魯的利馬(Lima)往返南美各大城市。
中美洲航空的機隊
中美洲航空公司目前擁有各類空中客車客機70多架，其中主要包括空中客車319和空中客車320型客機，經濟艙設120-150個座位，商務艙設12個座位．平均機齡僅5年，這是拉丁美洲最年輕的機隊．
中美洲航空航線網路
中美洲航空公司總部設在薩爾瓦多，除此之外哥斯大黎加的聖何塞以及秘魯的利馬均為中美洲航空的飛行基地．中美洲航空提供往返與美國、加拿大11個城市和中南美洲主要目的地的每日航班。同時它還是唯一一家提供古巴和北美洲航班的航空公司。
中美洲航空路線簡述
◆ 由美國出發：
洛杉磯始發飛利馬（秘魯）、聖何塞（哥斯大黎加）聖薩爾瓦多（薩爾瓦多）瓜地馬拉（瓜地馬拉）馬那瓜（尼加拉瓜）。
並可經以上目的地中轉前往：聖菲波哥大（哥侖比亞）布伊諾斯艾利斯（阿根廷）貝里斯城（貝里斯）加拉加斯（委內瑞拉）庫斯克（秘魯）瓜亞基爾（厄瓜多）柏里茲（宏都拉斯）拉巴斯（玻利維亞）墨西哥城（墨西哥）巴拿馬城（巴拿馬）聖保羅、里約（巴西），聖地亞哥（智利）基多（厄瓜多）等。
◆ 中美洲航空公司美國及加拿大航點：
(加拿大): 多倫多
(美 國): 波士頓 紐約 華盛頓 芝加哥 邁阿密 舊金山 洛杉磯 達拉斯 休斯頓 紐奧良
南美洲境內路線
中美洲航空集團以秘魯首都利馬為主要飛行基地，航班延伸到中南北美洲各航點。中美洲航空提供利馬直飛.
