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水利電力部南京水文研究所，1977年成立於南京，1985年改名為水利電力部南京水文水資源研究所。任務是承擔國家建設中水文方面的重點科研課題，同時進行水文科學基本理論的研究。設有水資源、暴雨乾旱、洪水計算、水利水電規劃管理、水文實驗和水文遙感技術、計算機套用等六個研究室，並在安徽省滁縣設立水文實驗基地。出版不定期《水文科學研究》報告集。中國科學院、水利電力部水利水電科學研究院水資源研究所，1980年成立於北京，從事中國水資源綜合評價、開發利用等重大實際課題和基本理論問題的研究。
中國科學院、水利電力部水利水電科學研究院泥沙研究所，即原河渠研究所，1979年重建於北京。從事中國江河開發治理、大型水利水電工程中的泥沙科學技術問題及泥沙運動基本理論的研究。出版《泥沙研究》刊物。
水利電力部南京水利水文自動化研究所，1980年成立於南京。從事水文測驗儀器設備的研究和試製。設有總體方案設計、遙測遙控、水位雨量儀器、流速泥沙儀器、機械結構等五個研究室，還設有中心試驗室和全國水文儀器測試中心。
此外，水利電力部所屬的長江流域規劃辦公室和黃河水利委員會等流域機構也設有水文研究所（室），從事本流域水文特性的研究；中國科學院地理研究所、長春地理研究所、南京地理研究所、河北地理研究所、成都地理研究所、廣州地理研究所、蘭州冰川凍土研究所和新疆地理研究所設有水文研究室，從事水文地理、沼澤、湖泊、地下水、土石流、河口、冰川及區域水文問題的研究；鐵道部、地質礦產部等也設有相應的水文科研機構，從事本部門涉及的水文問題的研究；部分高等院校內也設有水文研究組織。
