醫院設有31個臨床、輔診科室和中國人民解放軍傳染病研究所。在堅持“大專科、小綜合”的發展模式下，重點加強了“傳染病研究所、小兒肝病科、老年肝病科、中西醫結合肝病科、重症肝炎科和肝硬化科”等特色科室的建設。在鞏固自身專科優勢的同時，新組建了“感染內科、肝膽外科、透析科和基因診斷治療研究室”，增設了“皮膚性病和愛滋病”診斷治療室，使醫院學科設定更趨合理、更加完善，學科特色更加明顯。醫院被確定為“軍隊愛滋病與病毒性肝炎防治重點實驗室”、“全軍臨床藥理基地”，傳染病研究所被總後衛生部確立為全軍醫學專科中心“重中之重”學科，“臨床中藥學”被列為國家中醫藥管理局軍隊系統中醫藥重點學科。目前，醫院是全軍傳染病與寄生蟲病學專業委員會主任委員和全軍病毒性肝炎防治技術指導組組長單位，是北京市基本醫療保險定點醫療機構和北京大學等七所軍內外醫學院校的教學醫院。醫院編輯出版國家級雜誌《傳染病信息》公開向國內外發行，並被列為中國期刊方陣“雙效期刊”。
技術力量雄厚醫院現有高級職稱的科技幹部百餘名，有一大批享譽軍內外的著名傳染病專家，總後“一代名師”、國家中醫學師承制導師、“全國有突出貢獻的中青年專家”、“全國中青年醫學科技之星”、總後“科技新星”和在傳染病學科領域有一定造詣的學科帶頭人，有近百人在國際、全國和全軍各級學術組織中任職，形成了一支結構合理的專業科技骨幹隊伍。醫院是軍醫進修學院傳染病碩士、博士學位授權點。
醫療設備精良擁有包括螺鏇CT、1000mA血管造影X線機、彩色B型超音波、100萬倍透射電鏡和掃描電鏡、多彈頭射頻治療儀、人工腎、人工肝透析系統、螢光顯微鏡、流式細胞儀、超速冷凍離心機、冷凍乾燥機、真空濃縮乾燥儀、高壓液相色譜儀、原子吸收分光光度計、自動生化分析儀、胺基酸分析儀、自動DNA測序分析儀、多肽合成儀等在內的先進配套儀器設備，滿足了醫院醫療、教學和科研工作的需要。
專業特色鮮明醫院診治各型肝炎、肝炎肝硬化、肝癌、感染性腹瀉、流腦、乙腦、猩紅熱、流行性出血熱、愛滋病等40餘種常見和疑難傳染病及其它感染性疾病。在重度高黃疸肝炎、肝炎肝硬化、小兒肝炎、流行性腮腺炎、愛滋病、各種感染性腹瀉和中樞神經系統感染等疑難病症的診斷、治療以及研究方面，填補了多項軍內外空白。1980年以來，醫院共獲國家和軍隊級科研（醫療）成果獎300餘項。醫院研製的肝炎系列診斷試劑和“複方鱉甲軟肝片”、“赤丹退黃顆粒”等新藥獲國家新藥證書和生產批件，取得了良好的軍事、社會和經濟效益。
醫德醫風優良醫院重視加強醫德醫風建設，大力弘揚“真誠熱愛傳染病專業、長期安心傳染病工作、優質服務傳染病患者、勇於獻身傳染病事業”的“皇甫精神”，堅持“院前積極預防、院中精心治療、院後主動隨訪”的一體化服務，多次榮獲“首都精神文明單位”稱號。1997、1998和1999年連續三年被評為全軍“為部隊服務先進醫院”，醫院“以病人為中心”的優質服務在社會上享有盛譽。
醫療環境優雅醫院深入落實“三個代表”的重要思想，按照建設現代化傳染病專科醫院的總體要求，進一步加快了“硬體”建設，新落成的兩萬多平方米的三棟病房樓和東西走廊，以其“布局科學、結構合理、設施先進、功能齊全”，使醫院基本實現了“環境園林化”、“條件星級化”、“設備現代化”、“病房家庭化”和“服務賓館化”。醫院堅持“質量建院、科技興院、從嚴治院、勤儉辦院”的總方針，依靠科技進步，強化質量管理，加強學科人才和技術裝備建設，抓緊實施“建設名科、培養名醫、開發名藥”的“三名工程”，為早日實現醫院建設跨越式發展，建成現代化傳染病專科醫院而奮鬥。
前進中的三○二醫院，熱忱歡迎國內外同行來醫院參觀、指導。
