醫院堅持“大專科、小綜合”的發展模式下，重點加強了“全軍中藥研究所、全軍傳染病研究所、肝衰竭治療研究中心、中西醫結合肝癌治療研究中心、肝移植中心、皮膚性病防治中心、全國青少年B肝診治中心、中西醫結合肝病”等特色科室的建設，醫院擁有6個國家級和3個院級重點學科，使醫院學科設定更趨合理、學科特色更加明顯。醫院是解放軍軍醫進修學院、軍事醫學科學院、北京大學醫學院傳染病碩士、博士學位授權點及博士後流動站。
目前，醫院是全軍傳染病專業委員會主任委員和全軍病毒性肝炎防治技術指導組組長單位、北京市基本醫療保險定點醫療機構和北京大學等9所軍內外醫學院校的教學醫院。
醫院主辦的《傳染病信息》雜誌是全軍傳染病專業委員會會刊，2002年被國家新聞出版總署列為“中國期刊方陣”和“雙效期刊”，2007年成為“中國科技論文統計源期刊”。
醫院重視加強醫德醫風建設，大力弘揚“真誠熱愛傳染病專業、長期安心傳染病工作、優質服務傳染病患者、勇於獻身傳染病事業”的皇甫精神，教育廣大醫護人員學習華益蔚全心全意為傷病員服務的思想，堅持開展“院前積極預防、院中精心治療、院後主動隨訪”的一體化服務，多次榮獲“首都精神文明單位”稱號和全軍“為部隊服務先進醫院”。
技術力量雄厚醫院現有高等級職稱的科技幹部百餘名，有一大批享譽軍內外的著名傳染病專家，總後“一代名師”、國家中醫學師承制導師、“全國有突出貢獻的中青年專家”、“全國中青年醫學科技之星”、總後“科技銀星、新星”和在傳染病學科領域有一定造詣的學科帶頭人，有近百人在國際、全國和全軍各級學術組織中任職，形成了一支結構合理的專業科技骨幹隊伍。
專業特色鮮明醫院診治各型肝炎、肝炎後肝硬化、肝癌、感染性腹瀉、流腦、乙腦、猩紅熱、出血熱、愛滋病等40餘種常見和疑難傳染病及其它感染性疾病。在重度高黃疸肝炎、小兒肝炎、流行性腮腺炎、感染性腹瀉和中樞神經系統感染等疑難病症的診斷、治療以及研究方面，填補了多項國內空白。醫院研製的肝炎系列診斷試劑和“複方鱉甲軟肝片”、“赤丹退黃顆粒”、“六味五靈片”等新藥獲國家新藥證書和生產批件，成為治療慢性肝病、肝硬化的特色藥物，獲得了良好的軍事、社會和經濟效益。
醫療設備精良擁有包括全身CT、1000mA血管造影X線機、彩色B型超音波儀、100萬倍透射電鏡和掃描電鏡、多彈頭射頻治療儀、人工腎、人工肝透析系統、螢光顯微鏡、流式細胞儀、超速冷凍離心機、冷凍乾燥機、真空濃縮乾燥儀、高壓液相色譜儀、原子吸收分光光度計、自動生化分析儀、胺基酸分析儀、自動DNA測序分析儀、多肽合成儀等在內的先進配套儀器設備，保障了醫院醫療、教學和科研工作的需要。
醫療環境優雅醫院貫徹落實科學發展觀，按照建設現代化傳染病專科醫院的總體要求，進一步加快了“硬體”建設，新落成的門診部大樓與四棟病房樓、東西病房走廊，構成“布局科學、結構合理、設施先進、功能齊全”的醫院，使醫院實現了“環境園林化”、“條件星級化”、“設備現代化”、“病房家庭化”和“服務賓館化”。
醫院將依靠科技進步，強化質量管理，加強學科人才和技術裝備建設，實現醫院全面、協調、可持續發展，為人類征服傳染病作出新的貢獻。
