化合物作用
該化合物在脂肪酸的生物合成的延伸階段以及聚酮化合物的生物合成中起到重要作用。
丙二醯輔酶A同時也被用於使α-酮戊二酸跨過線粒體膜轉運到線粒體基質中。
脂肪酸合成
在脂肪酸合成中，它為脂肪酸提供二碳單位，將二碳單位加到延長中的脂肪酸碳鏈中。
丙二醯A是在乙醯輔酶A羧化酶的作用下使乙醯輔酶A羧化而形成的。一分子乙醯輔酶A與一分子碳酸氫鹽相結合，其中需要三磷酸腺苷以提供能量。
丙二醯輔酶A被一種稱作丙二醯輔酶A：醯基載體蛋白轉醯基酶（MCAT）用於合成脂肪酸。MCAT負責將丙二醯輔酶A上的丙二酸基團轉移到完全醯基載體蛋白（ACP）末尾的硫醇上。
聚酮的合成
MCAT同時涉及到細菌中聚酮生物合成，這一事實是很少有爭議的。脂肪酸MCAT與醯基載體蛋白（ACP）、聚酮合酶和鏈長因子異質二聚體一起，組成了II型聚酮的多聚乙醯合酶。
化合物調節
在脂肪酸合成中，丙二醯A是一個具有高度調節性的分子；例如，它可以抑制脂肪酸β-氧化中限速步驟。丙二醯輔酶A也可以抑制脂肪酸與肉鹼相結合，因此阻止了脂肪酸進入可發生脂肪酸氧化及降解的線粒體之中。
