事件經過
2016年10月11日， 東航飛行員準備駕駛A320飛機執行MU5643航班，由上海虹橋起飛，將147名旅客送往天 津。
11點54分，飛機在晚點了19分鐘後，接到塔台指令滑出。12點03分，塔台指揮飛機進跑道36L，機組在執行完起飛前檢查單之後進跑道。12點04分，塔台指揮：跑道36L，可以起飛。
之後，A320機組在確認跑道無障礙的情況下，執行了起飛動作，然而，就在飛機滑跑速度達到110節(每小時200公里)左右時，機長突然發現有一架A330正準備橫穿36L跑道，在立即讓中間座詢問塔台時，機長觀察並確認該A330飛機確實是在穿越跑道，此時飛機速度已達130節(每小時240公里)。
而此時，東航MU5106航班(A330執飛)正載著266名旅客從北京飛抵上海，並得到空管指令穿越跑道前往航站樓停靠，在穿越36L跑道過程中，MU5106航班機組也發現了有飛機正在滑跑起飛，立即加速滑行以儘快脫離跑道。
當時，在操縱A320飛機的副駕駛一度有所遲疑，點了一下剎車，不過A320飛機的機長迅速接過了操縱，以7.03度/秒的速率，帶桿到機械止動位，最終，A320飛機從A330飛機的上空飛越，避免了可能的撞機事故(機上旅客413人、機組26人)。
根據民航局初步調查後召開的視頻會議透露的細節，當時兩架飛機的垂直距離最小時僅19米，翼尖距13米，只差三秒就造成兩機相撞。
事件處理
2016年10月21日，民航局認定該事件是一起因塔台管制員遺忘動態、指揮失誤而造成的人為原因嚴重事故徵候，分別給予華東空管局、華東空管局管制中心、華東空管局安全管理部13名領導幹部黨內警告、嚴重警告和行政記過、撤職處分；吊銷當班指揮席和監控席管制員執照，當班指揮席管制員終身不得從事管制指揮工作；對成功化解危機的東航A320客機當班機長何超記一等功並給予相應獎勵。
事故處置
民航局認為，“10·11”事件屬於A類跑道侵入(間隔減小以至於雙方必須採取極度措施，勉強避免碰撞發生的跑道侵入)，性質極為嚴重。東方航空工作人員透露，東航暫無向塔台方追責的打算。
10月16日從民航局獲悉，民航局日前召開全行業航空安全電視電話會議，通報10月11日虹橋機場發生的跑道侵入事件初步調查情況，深刻剖析存在的問題，要求全行業深刻汲取教訓，舉一反三，保持安全警覺，全面管控風險，確保民航安全的底線不被突破。民航局將有針對性地對多跑道大型繁忙機場進行檢查。
民航局要求空管系統立即開展安全整頓，徹查並整改存在的問題。一查安全生產責任制是否健全；二查“抓基層、打基礎、苦練基本功”要求是否落實，關鍵崗位人員培訓是否嚴格落實，資質能力和工作作風是否符合崗位要求；三查是否存在超能力運行；四查管制運行程式是否合理最佳化；五查是否存在違章運行情況；六查是否存在遲報、謊報、瞞報航空安全信息問題，是否存在弄虛作假等觸碰紅線的安全失信問題。
民航局要求通過“六查”，切實改進六個方面的工作，一是切實加強管制員資質管理，二是切實加強一線人員培訓，三是切實加強執行規章的監管，四是防止超能力運行，五是切實最佳化管制運行程式，六是切實改善管制員生活保障。確保空管運行安全和行業安全。
民航局特別重申了規章底線和誠信紅線，強調對組織違章、法人違章和管理違章，無論有無後果，都要嚴肅查處，完成監管閉環；觸碰誠信紅線，無論單位還是個人，都將受到“一處失信，處處受限”的嚴厲懲處。
截止2016年10月17日，空管方面並沒有透露上述塔台管制員為什麼會遺忘正在起飛的飛機，而對另一架飛機發出穿越跑道的指令。
根據相關規定，我國的塔台管制員需要實施雙崗制，一名管制員發出指令的同時，還應該有一個負責監督，而錯誤指令的發出，意味著雙崗制的流程可能沒有履行到位。
機組獎勵
2016年11月3日，東航召開虹橋機場10.11事件何超機組表彰大會，民航局領導和包括劉紹勇在內的東航高管悉數到場。機長何超被評為先進黨員，並獎勵人民幣300萬元，同時機組也獲得表彰和人民幣60萬元的獎勵。
事故影響
民航業內專家林智傑介紹，按照民航業的慣例來看，短期內應該會有一次比較大的安全整頓，這對機場和航空公司的運行效率會有一定的影響。
值得注意的是，目前包括上海機場(600009.SH)在內的京滬粵等大型機場都是滿負荷運行，幾乎每分鐘都會有飛機起降，一旦安全整頓開始，無論是空管、機場還是航空公司，都可能從之前的保證正點率和效益，向更加穩妥、保障安全方向傾斜。
不過，林智傑也指出，如果整個民航業因為這一事件，能從運行規則、管理體制機制上做一些最佳化，比如滑行路線的最佳化、空管的管理方面改進，從長遠來看對民航業的運行會有更多的好處。
