上海合作組織秘書處是本組織的主要常設執行機構，其職能如下：
（一）為本組織的活動提供協調、信息－分析、法律和組織－技術保障；與本組織反恐機構合作，就開展本組織框架內的合作和本組織的國際交往提出建議；監督本組織各機構決議的執行。
（二）與常駐代表合作，在成員國建議基礎上，制定提交本組織機構審議的檔案草案，包括本組織機構會議的議題草案及必要的參考資料，經商國家協調員理事會同意後向成員國分發，並協商本組織機構會議的日期和地點。 如未確定其他日期，通常至少應在本組織機構會議召開前20天向成員國分發本款所列的材料和檔案。
（三）協同國家協調員理事會，組織成員國專家對擬提交本組織機構會議審議的檔案草案進行磋商。
（四）根據本組織機構細則，並與會議舉辦國合作，為本組織各機構會議提供組織－技術保障。
（五）行使保存本組織框架內通過的檔案的職能，核對並向成員國及本組織反恐機構（如檔案涉及該機構）提交核對無誤的檔案副本。 秘書處收到本組織框架內通過的檔案正本後，最多7個工作日內，將核對無誤的檔案副本轉交常駐代表。
（六）製作和發行秘書處通訊，維持秘書處網站運作，並保障其與本組織反恐機構網站和本組織區域經濟合作網站的協調。 定期為平面和電子媒體代表舉行吹風會。
（七）為本組織框架內制定的條約和法規檔案提供前期法律及財務評估。
（八）與本組織反恐機構共同準備組織活動的半年綜合計畫。
（九）可向成員國索要保障本組織機構工作所需的公開信息指南和其他材料。 （十）為秘書長活動提供禮賓保障。
（十一）與本組織反恐機構合作，就本組織活動相關問題與國家和國際組織開展交往，並經商成員國同意後，為此簽署相應檔案。
（十二）經商國家協調員理事會同意，並與本組織反恐機構合作，按本組織法律檔案的規定，協調本組織與觀察員和對話夥伴的合作。
（十三）根據規範本組織非政府機構活動的法律檔案和本條例，與該非政府機構開展合作。
（十四）經商成員國同意，在預算撥款範圍內簽訂一次性契約，招聘學術專家完成本組織感興趣的課題的研究工作，並舉辦各種學術研討會。
（十五）根據《上海合作組織觀察員團觀察總統和（或）議會選舉及全民公決的條例》，組織和協調本組織觀察員團的活動。
