《華南理工大學學報（自然科學版）》辦刊宗旨是：以鄧小平理論為指導，堅持黨的基本路線和基本方針，堅持四項基本原則；認真貫徹國家關於科學技術和出版方面的政策、法令及法規，貫徹我國《高等教育法》和貫徹落實《高等學校學報管理辦法》；堅持"百花齊放、百家爭鳴"的方針，為繁榮學術、促進國內外學術交流服務，為"科教興國"和社會主義精神文明建設服務。
作為華南理工大學的學術“視窗”，及時發表本校師生高水平的科學研究成果，報導本校舉辦的重大學術活動，介紹本校的校情資料，以促進國內外學術界及社會對華南理工大學的了解。本學報主要刊載本校土木、建築、機械、電力、化工、輕工、無線電、自動化、計算機、交通、材料、食品、環境工程、生物工程、數學、物理和化學等學科的學術論文，介紹本校的知名學者和有成就的科研集體。擇優報導國內外其他高等院校和科研單位在上述學科領域中所取得的創新性研究成果。
常設欄目有：（1）電子、通信與自動控制技術；（2）計算機科學與技術；（3）材料科學與技術；（4）環境科學與技術；（5）土木建築工程；（6）交通運輸工程；（7）力學；（8）動力與電氣工程；（9）機械工程；（10）生物工程；（11）化學化工、能源；（12）食品科學與技術；（13）數學科學；（14）物理學；（15）汽車工程。
堅持社會主義的辦刊宗旨，注重學術水平和編輯、出版質量，加強管理，不斷完善，在各級領導的關心和指導下，取得了長足的進步，獲得了較好的社會效益。目前已有美國《工程索引》（EICompendex）、美國《化學文摘》（CA）、俄羅斯《科學文摘》（PЖ）和美國《劍橋科學文摘》等二十餘種國內外索引文摘刊物和資料庫收錄本學報刊出的論文。
被《中文核心期刊要目總覽》列為綜合性科學技術類核心期刊，並被列為中國科技論文統計源期刊；現已加入中國學術期刊（光碟版）和中國期刊網。本學報榮獲1996年國家教委系統優秀科技期刊二等獎和廣東省第二屆優秀科學技術期刊二等獎；1999年榮獲全國優秀高校自然科學學報及教育部優秀科技期刊一等獎，同年獲第二屆廣東省優秀高校學報一等獎；2001年榮獲廣東省優秀期刊獎和廣東省優秀科技期刊一等獎；2004年獲全國高校優秀科技期刊二等獎；2006年獲首屆教育部優秀科技期刊獎；2008年榮獲第二屆教育部優秀科技期刊獎。
