設立背景
提高我重慶市高等學校的學術地位和競爭實力，我委於2005年啟動並實施了重慶市高等學校巴渝學者特聘教授崗位制度。從首批實施情況看，“巴渝學者” 特聘教授計畫管理規範，效果初現。根據《重慶市高等學校巴渝學者特聘教授崗位制度暫行辦法》“市教委每四年受理一次高等學校的設崗申請”的規定，2009年將開展第二批重慶市高等學校“巴渝學者”特聘教授設崗工作，並將加大實施力度。
設定要求
“巴渝學者”特聘教授崗位的設定要求
（一）崗位設定的原則：結合我市高等教育改革和經濟社會發展的需要；兼顧基礎學科和套用學科，突出重點，合理布局，保證質量。
（二）申請設定巴渝學者特聘教授崗位的高等學校應具備支持設崗學科發展的學科優勢和綜合實力；能夠為巴渝學者特聘教授受聘人員及學術團隊成員提供良好的工作和生活條件。
（三）申請設定巴渝學者特聘教授崗位的學科應具備下列基本條件：
1.對我市經濟社會發展有重大影響，在學術上處於國內領先或國際先進水平，具有雄厚的教學科研實力和社會服務能力；
2.具有結構合理的學術梯隊；
3.具有穩定的研究方向，近5年承擔了(過)國家級研究課題，科研經費充足,發表和出版一定數量的高水平學術論文和學術專著，獲得省部級二等獎以上的科研獎勵至少二項；
4.具有良好的教學科研條件，理工農醫學科擁有800萬元以上的儀器設備，人文社會科學類學科擁有100萬元以上的圖書資料、儀器設備；
5.具有碩士及以上學位授予權。尚未具有碩士學位授予權的本科高校適當放寬，但必須是學校重點建設的優勢或特色學科。
評定程式
（一）學校申報。符合條件的高等學校按照崗位設定條件提出設崗申請（各校的申請限額見附屬檔案1）。申請學校在提出設崗申請前，要組織專家對擬申請設崗學科在全國同行中的先進性、特色、學術水平、發展潛力、發展目標等方面進行充分論證，並填寫《重慶市高等學校巴渝學者特聘教授崗位設定申請表》一式十份（同時報電子文檔），同時按申請表內容順序報送印證材料一套，請務必於2009年4月8日前報送市教委人事處，逾期不報，視為自動棄權。
（二）專家評審。根據申報崗位的學科情況，市教委將組織同學科的省外高層次專家進行評審，遴選確定30個設崗學科。
（三）市級部門論證。根據設崗學科的遴選情況，會同市級相關部門圍繞全市重點產業與經濟社會發展的需要，對專家評審結果進行論證。
（四）領導小組審定。領導小組對專家評審及市級部門論證情況進行審定，確定第二批“巴渝學者”特聘教授設崗學科。
（五）公示。通過領導小組審定的設崗學科將在重慶市教委公眾信息網上予以公示，公示期為五天，公示無異後行文下發 。
針對學科
重慶大學：套用經濟學、採礦工程、機械製造及其自動化、岩土工程、工程熱物理、環境與資源保護法學、生物醫學工程、計算機軟體與理論
西南大學：基礎心理學、教育學原理、生態學、特種經濟動物飼養、果樹學
西南政法大學：民商法學、法學理論、刑法學
重慶醫科大學：內科學、兒科學、生物醫學工程
重慶師範大學：中國現當代文學、運籌學與控制論、生物化學與分子生物學
重慶郵電大學：計算機套用技術、控制理論與控制工程、理論物理
重慶交通大學：港口、海岸及近海工程、載運工具運用工程
重慶工商大學：產業經濟學、環境工程
四川美術學院：設計藝術學
重慶理工大學：材料加工工程、測試計量技術及儀器
重慶科技學院：油氣井工程
學者待遇
每位“巴渝學者”由政府給每人每年補助10萬元崗位津貼，4年總計40萬，這與教育部“長江學者”特聘教授待遇相同，這還不包括工資、保險、福利待遇等，並且政府和學校在科研經費上也會對他們予以大力支持。
巴渝學者
第二批重慶市高校巴渝學者特聘教授評審結果
| 序號 | 推薦學校 | 設崗學科 | 姓名 | 備 注 |
| 1 | 重慶大學 | 套用經濟學 | 張宗益 | |
| 2 | 重慶大學 | 套用經濟學 | 蒲勇健 | |
| 3 | 重慶大學 | 機械製造及其自動化 | 尹 超 | |
| 4 | 重慶大學 | 工程熱物理 | 朱 恂 | |
| 5 | 重慶大學 | 岩土工程 | 周小平 | |
| 6 | 重慶大學 | 採礦工程 | 辜 敏 | |
| 7 | 西南大學 | 課程與教學論 | 李 森 | |
| 8 | 西南大學 | 基礎心理學 | 陳 紅 | |
| 9 | 西南大學 | 生物化學與分子生物學 | 崔紅娟 | |
| 10 | 西南大學 | 特種經濟動物飼養 | 何寧佳 | |
| 11 | 西南大學 | 生態學 | 曾 波 | |
| 12 | 西南大學 | 作物遺傳育種 | 柴友榮 | |
| 13 | 西南大學 | 果樹學 | 鄭志亮 | |
| 14 | 重慶醫科大學 | 內科學 | 夏 勇 | |
| 15 | 重慶醫科大學 | 生物醫學工程 | 王智彪 | |
| 16 | 重慶醫科大學 | 兒科學 | 劉振國 | |
| 17 | 重慶師範大學 | 運籌學與控制論 | 楊新民 | |
| 18 | 重慶郵電大學 | 控制理論與控制工程 | 鄧明晰 | |
| 19 | 重慶郵電大學 | 計算機套用技術 | 王國胤 | |
| 20 | 重慶郵電大學 | 理論物理 | 龔雲貴 | |
| 21 | 重慶郵電大學 | 通信與信息系統 | 陳前斌 | |
| 22 | 重慶工商大學 | 區域經濟學 | 謝 新 | |
| 23 | 重慶大學 | 環境與資源保護法 | 胡光志 | 學校自設崗位 |
| 24 | 重慶大學 | 生物醫學工程 | 霍丹群 | 學校自設崗位 |
| 25 | 重慶大學 | 計算機軟體與理論 | 房 斌 | 學校自設崗位 |
