詞語釋義
S²是SuperSolenoid兩個英文字的縮寫（這也見於N2武器為Non Nuclear兩個字的縮寫一例），其解釋有兩個：一是「超導線圈」，一是某種DNA的集合體。日文「機關」兩個字代表引擎的意思，因此它肯定是某種動力來源的代表，S2則是這種動力源的原理。國外網站將之翻成S2 Organ，那是S2「器官」的意思，就其存在本質上也不能算錯，不過在「機關」兩個字上，其代表動力源的意義比較強烈。
S²機關不以實體形式存在，它可能是使徒身體的任一部分，也可能存在於使徒身體的任意部位。
需要說明的是，EVA胸前的紅色球狀結構並不是S²機關。這個結構是用以保護EVA的裝置（也有說是EVA的核心）。使徒的紅色球狀物為核心，S²可能在使徒體內任意一處（包括核心）。
機關原理
S²機關的真實原理為何，至今仍沒有確切的理論說明，但我想超導線圈與DNA集合體的理論可能同時擁有，理想的解釋是S²機關是由DNA大小的生物型超導線圈來構成巨大的線路，以類似陽子與電子對消滅的方式來產生能源。由於此裝置的基體僅有DNA大小，因此累積起來的力量十分驚人，且可提供無限的動力。在官方同人小說中，作者提出“S²機關本身通過來回滑入更高次元然後滑回本來次元來產生能量”的理論。
使徒天生就有S²機關（生命之果 ），而EVA在量產機之前的型號（00、01、02、03 ） 並沒有搭載S2機關 ，其中初號機通過“吃掉”第十四使徒（力天使）而獲得S²機關，四號機在搭載S²機關的試驗中與NERV分部一起消失（不是爆炸），在劇場版出現的量產機9架均搭載S²機關。
相關劇情
在新世紀福音戰士新劇場版中零號機、初號機（覺醒後在TV版中通過“吃掉”力天使獲得S²機關，新劇場版則是直接“吸收”力天使的S²機關來獲得）、二號機與五號機 (局地限用型暫設五號機) 均沒有搭載S²機關，四號機 (對應無時限新型內置主機試驗機) 在美國的S²機關搭載試驗中，與NERV第二支部一塊消失EVA四號機（四號機啟動導致A.T.力場崩壞，四號機與第二支部一同“消失”） ，六號機從月球降落到地球並不需要臍帶電纜，判定其搭載了S²機關。
簡而言之，S²機關就是一種能提供其“宿主”無限動力的動力來源，再形象一點，可以說成是一種“永動機”。
