簡介
概述
該年度聯賽分為省市預賽、大區決賽和全國總決賽三個階段，其中省市預賽由各省市地方足協自行組織，根據《2006中國足球聯賽年鑑》記錄全國有30個省市賽區，實際數目待核實。更名後的全國足球業餘聯賽將全國分為南北兩個賽區，每個賽區前四名參加全國總決賽。最終全國總冠軍由衛冕冠軍深圳壆崗隊獲得，深圳壆崗已經獲得了全國業餘足球聯賽四連冠。
概況
| 階段 | 球隊（支） | 球員（支） | 場次 |
| 市級預賽 | 789 | 21351 | 4145 |
| 大區決賽 | 16 | 336 | 38 |
| 全國總決賽 | 8 | 176 | 14 |
註：表格數據引自《2006中國足球聯賽年鑑》，僅供參考。
統計
北區
| 賽區 | 時間 | 球隊（支） | 球員（支） | 場次 | 賽制 |
| 西安 | 7.16-8.27 | 12 | 300 | 36 | 周末聯賽 |
| 成都 | 5.20-7.8 | 76 | 2280 | 108 | 集中賽會 |
| 重慶 | 6.1-6.9 | 12 | 246 | 24 | 集中賽會 |
| 昆明 | 5.27-7.16 | 42 | 1134 | 146 | 周末聯賽 |
| 雲南 | 4.10-10.31 | 162 | 3500 | 500 | 周末聯賽 |
| 陝西 | 11.4-11.12 | 8 | 200 | 20 | 集中賽會 |
| 四川 | 5.25-6.28 | 10 | 220 | 25 | 集中賽會 |
| 河南 | 3.20-5.20 | 11 | 250 | 30 | 周末聯賽 |
| 新疆 | 6.3-9.24 | 24 | 712 | 204 | 周末聯賽 |
| 甘肅 | 5.27-7.2 | 13 | 332 | 36 | 周末聯賽 |
| 天津 | 7.12-8.19 | 12 | 247 | 24 | 周末聯賽 |
| 長春 | 6.6-8.1 | 12 | 400 | 30 | 集中賽會 |
| 延邊 | 7.11-8.8 | 8 | 220 | 28 | 周末聯賽 |
| 黑龍江 | 8.26-9.30 | 16 | 350 | 64 | 周末聯賽 |
| 合計 | 418 | 10391 | 1278 |
南區
| 賽區 | 時間 | 球隊（支） | 球員（人） | 場次 | 賽制 |
| 武漢 | 6月-11月 | 甲8乙5 | 450 | 甲56乙40 | 甲 主客 乙 四循環 |
| 湖北 | 4月-6月 | 16 | 560 | 120 | 單循環 |
| 上海 | 9.17-9.21 | 8 | 200 | 20 | 分組淘汰 |
| 浙江 | 6月-8月 | 6 | 180 | 30 | 主客場雙循環 |
| 安徽 | 9月-07年5月 | 20 | 3000 | 950 | 單循環 |
| 青島 | 5月-11月 | 12 | 360 | 132 | 主客場雙循環 |
| 南京 | 4月-10月 | 24 | 720 | 276 | 單循環 |
| 江西 | 10月-12月 | 9 | 270 | 36 | 單循環 |
| 廣州 | 3月-10月 | 甲16乙20 | 1080 | 甲120乙90 | 單循環（乙）分組單循環 |
| 海南 | 5月-11月 | 32 | 960 | 496 | 單循環 |
| 深圳 | 12月-07年3月 | 甲9 | 270 | 36 | 單循環 |
| 廣東 | 7月-8月 | 32 | 640 | 64 | 分組淘汰 |
| 福州 | 3月-8月 | 48 | 1440 | 236 | 分組淘汰 |
| 湖南 | 8月-10月 | 16 | 480 | 120 | 單循環 |
| 江蘇 | 9.6-9.15 | 10 | 350 | 45 | 單循環 |
| 合計 | 371 | 10960 | 2867 |
大區決賽和總決賽
| 階段 | 賽地 | 時間 | 球隊（支） | 球員（人） | 場次 |
| 北區 | 昆明海埂 | 9.29-10.5 | 8 | 160 | 18 |
| 南區 | 武漢 | 10.1-10.7 | 8 | 176 | 20 |
| 總決賽 | 昆明呈貢 | 11.19-11.25 | 8 | 176 | 14 |
註：以上數據取自《2006中國足球聯賽年鑑》，僅供參考。
省市預賽
安徽賽區
● 銅陵市第二屆“足協杯”足球賽
•主辦單位：銅陵市體育局、銅陵市體育總會、銅陵市足球協會
•比賽時間：2015年10月1日-2016年1月8日
•參賽球隊：14支
•最終名次：1.安徽天工 2.聽風閣 3.高爐家酒 4.鑫橋拍賣 5.銅陵移動 6.銅陵國遠
黑龍江賽區
● “人和健身杯”全國足球業餘聯賽黑龍江賽區總決賽
•比賽時間：9月3日-
•比賽場地：哈爾濱商業大學
•參賽球隊：16支
•部分場次：
•首輪 東方駕校 1-0 溫氏房地產、北方鐵塔 1-1 冰企鵝、哈商大 1-0 遠大購物、東方國際旅遊 1-0 萬維陽光、老巴朗 3-0 老省隊、奧維通信 3-0 哈啤新聞聯隊、興發彩鋼 4-3 志陽集團、工大友聯 9-2 汽輪機
•最終名次：
•冠軍-哈爾濱商業大學（哈爾濱毅騰足球俱樂部預備隊）
成都賽區
● 全國足球業餘聯賽成都賽區暨永樂生活家電·我的世界盃成都商報成都市業餘足球聯賽
•比賽時間：5月20日-7月8日
•比賽場地：太平寺成都市足球廣場
•參賽球隊：76隊
•賽程賽制：分成兩個階段：預賽階段（5月20日、21日、27日）和決賽階段（6月8日-7月8日），決賽階段由32隊各自代表一支世界盃參賽區隊按照世界盃賽制進行比賽。
•決賽比分：
| 日期 | 決賽 | 勝隊 | 比分 | 負隊 |
| 7月8日 | 季軍賽 | 四川眾友 | 2-1 | 四川厚德建設 |
| 7月8日 | 決賽 | 勁浪老友 | 4-3 | 金盆地四川足球明星隊 |
重慶賽區
● “新華杯”全國足球業餘聯賽重慶賽區
•比賽時間：6月1日-6月9日
•比賽地點：重慶奧體中心足球場
•參賽球隊：共有翔豐正凱 商業銀行 新華集團 重慶前衛 重慶建設山葉 文化書店 建邦鯉魚池 三木公司等9支球隊
•賽程賽制：比賽共分小組賽淘汰賽兩個階段。9支球隊分成3個小組，小組前兩名進去第二階段。
•賽程比分（部分）：
| A組 | 6月1日 | 翔豐正凱 | 3-0 | 文化書店 |
| B組 | 6月1日 | 建設山葉 | 11-0 | 建邦鯉魚池 |
| 6月3日 | 建設山葉 | 0-0 | 重鋼建設 | |
| C組 | 6月1日 | 新華集團 | 1-1 | 三木公司 |
| 決賽階段 | 6月5日或8日 | 建設山葉 | 0-0 | 商業銀行 |
| 6月5日或8日 | 建設山葉 | 0-2 | 新華集團 | |
| 6月6日 | 建設山葉 | 1-0 | 重慶前衛 | |
| 6月9日 | 建設山葉 | 1-0 | 翔豐正凱 |
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 1 | 新華集團 |
| 2 | 重慶前衛 |
| 3 | 建設山葉 |
福州賽區
● 全國足球業餘聯賽福州賽區
•比賽場地：金山體育場、福州師大體育場
•冠軍球隊：福州市新天然居足球俱樂部
甘肅賽區
● 全國足球業餘聯賽甘肅賽區暨“蘭維杯”甘肅省足球聯賽
•比賽時間：5月27日-7月10日
•比賽場地：蘭州機車廠
•參賽隊：
•競技組：甘肅政法學院、瑞泰俱樂部、省體校一隊、蘭州石油化工、西北師大、蘭維公司
•健身組：瑞泰足球會所、金河俱樂部、甘農大、零角度、省體校二隊、石化國際
•健身組奪冠歷程
| 甘肅農業大學 | 2-0 | 甘肅省體校 |
| 甘肅農業大學 | 5-0 | 零度角足球俱樂部 |
| 甘肅農業大學 | 5-1 | 賽亞汽車 |
| 甘肅農業大學 | 9-0 | 石化國際 |
| 甘肅農業大學 | 5-1 | 瑞泰足球俱樂部 |
| 甘肅農業大學 | 4-2(點球) | 金河足球俱樂部 |
•最終名次：
| 名次 | 競技組 | 健身組 |
| 冠軍 | 甘肅政法學院 | 甘肅農業大學 |
| 亞軍 | 蘭州石化公司 | 甘肅賽亞汽車公司 |
| 季軍 | 省體校 | 甘肅瑞泰足球會所 |
海南賽區
● 全國足球業餘聯賽海南賽區暨“中國電信杯”海南省第三屆足球業餘聯賽(甲A聯賽)
•比賽地點：海南嘉得基地
•賽程賽制：單循環賽制，聯賽分為甲A、甲B和乙級三個級別。
•比賽時間：5月21日-7月23日
•參賽球隊：10隊（甲A）
•賽程比分：
| 第1輪 | 5月21日 | 鴻禧房產金獅 | 0-2 | 流現主格愛蟲 |
| 消防紅色戰車 | 5-0 | 儋州戰神 | ||
| 哈飛汽車 | 8-1 | 海南網通 | ||
| 比亞迪汽車天涯情緣 | 3-0 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 能興科技鄧祿普輪胎 | 1-3 | 寶鷹 | ||
| 第2輪 | 5月28日 | 消防紅色戰車 | 2-1 | 哈飛汽車 |
| 流現主格愛蟲 | 2-0 | 海南網通 | ||
| 寶鷹 | 3-2 | 儋州戰神 | ||
| 能興科技鄧祿普輪胎 | 4-0 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 3-0 | 比亞迪汽車天涯情緣 | ||
| 第3輪 | 6月4日 | 消防紅色戰車 | 4-2 | 流現主格愛蟲 |
| 儋州戰神 | 2-0 | 海南網通 | ||
| 哈飛汽車 | 5-0 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 3-1 | 寶鷹 | ||
| 比亞迪汽車天涯情緣 | 3-5 | 能興科技鄧祿普輪胎 | ||
| 第4輪 | 6月18日 | 消防紅色戰車 | 3-1 | 比亞迪汽車天涯情緣 |
| 業里易通汽車檢測 | 1-0 | 儋州戰神 | ||
| 哈飛汽車 | 2-1 | 鴻禧房產金獅 | ||
| 寶鷹 | 2-1 | 流現主格愛蟲 | ||
| 海南網通 | 3-3 | 能興科技鄧祿普輪胎 | ||
| 第5輪 | 6月25日 | 消防紅色戰車 | 7-2 | 海南網通 |
| 哈飛汽車 | 3-2 | 寶鷹 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 3-1 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 流現主格愛蟲 | 2-1 | 比亞迪汽車天涯情緣 | ||
| 能興科技鄧祿普輪胎 | 4-4 | 儋州戰神 | ||
| 第6輪 | 7月2日 | 消防紅色戰車 | 10-0 | 業里易通汽車檢測 |
| 哈飛汽車 | 3-0 | 儋州戰神 | ||
| 流現主格愛蟲 | 3-1 | 能興科技鄧祿普輪胎 | ||
| 寶鷹 | 2-4 | 比亞迪汽車天涯情緣 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 3-2 | 海南網通 | ||
| 第7輪 | 7月9日 | 消防紅色戰車 | 5-1 | 寶鷹 |
| 海南網通 | 2-1 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 4-1 | 能興科技鄧祿普輪胎 | ||
| 比亞迪汽車天涯情緣 | 3-0 | 哈飛汽車 | ||
| 流現主格愛蟲 | 4-2 | 儋州戰神 | ||
| 第8輪 | 7月16日 | 消防紅色戰車 | 4-2 | 能興科技鄧祿普輪胎 |
| 哈飛汽車 | 1-0 | 流現主格愛蟲 | ||
| 寶鷹 | 5-1 | 業里易通汽車檢測 | ||
| 比亞迪汽車天涯情緣 | 2-1 | 海南網通 | ||
| 鴻禧房產金獅 | 3-3 | 儋州戰神 | ||
| 第9輪 | 7月23日 | 消防紅色戰車 | 4-1 | 鴻禧房產金獅 |
| 其他不詳 | ||||
•最終名次：
•第1名-消防紅色戰車
•第2名-哈飛汽車
•第3名-流現主格愛蟲
•第4名-鴻禧房產金獅
•第5名-寶鷹
•第6名-比亞迪汽車天涯情緣
•第7名-能興科技鄧祿普輪胎
•第8名-儋州戰神
•第9名-海南網通【體育風尚獎】
•第10名-業里易通汽車檢測【體育風尚獎】
湖南賽區
● 全國足球業餘聯賽湖南賽區暨“足彩杯”湖南省足球業餘聯賽
•比賽時間：9月16日-10月9日
•比賽場地：湖南省人民體育場、中南大學南校區體育場、農大體育場
•參賽球隊：16隊，共分成4個小組。
•決賽比分：湖南體彩 1:1(點球5:4) 株州九方
昆明賽區
● “賽拉圖杯”全國足球業餘聯賽昆明賽區
•比賽時間：5月27日-7月30日
•比賽場地：海埂基地
•參賽球隊：42隊
•淘汰賽賽程比分：
| 日期 | 階段 | 勝隊 | 比分 | 負隊 |
| 7月22日 | 1/8決賽 | 都市車迷 | 5-3 | 谷堆村 |
| 鑫隆礦業 | 3-0 | 羅伯特外語學校 | ||
| 凱雲工貿 | 1-0 | 碧輝珠寶 | ||
| 7月23日 | 1/4決賽 | 奇瑞汽車 | 1-1(點3-2) | 北方聯盟 |
| 都市車迷 | 2-2(點3-2) | 昆明交警 | ||
| 鑫隆礦業 | 1-0 | 春城巴士 | ||
| 凱雲工貿 | 1-0 | 南洋足校 | ||
| 7月29日 | 5-8名半決賽 | 昆明交警 | 3-2 | 北方聯盟 |
| 南洋足校 | 3-0 | 春城巴士 | ||
| 半決賽 | 奇瑞汽車 | 2-0 | 都市車迷 | |
| 鑫隆礦業 | 6-0 | 凱雲工貿 | ||
| 7月30日 | 七八名決賽 | 春城巴士 | 4-0 | 北方聯盟 |
| 五六名決賽 | 南洋足校 | 3-2 | 昆明交警 | |
| 三四名決賽 | 凱雲工貿 | 3-0 | 都市車迷 | |
| 冠亞軍決賽 | 鑫隆礦業 | 0-0(點4-3) | 奇瑞汽車 |
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 1 | 鑫隆礦業 |
| 2 | 奇瑞汽車 |
| 3 | 凱雲工貿 |
| 4 | 都市車迷 |
| 5 | 南洋足校 |
| 6 | 昆明交警 |
| 7 | 春城巴士 |
| 8 | 北方聯盟 |
江西(南昌)賽區
● 2007年全國足球業餘聯賽江西賽區暨2006年南昌市足球甲級聯賽
•主辦單位：江西省足球協會、南昌市體育局
•協辦單位：南昌市足球協會
•比賽場地：南昌市八一體育場、老師大足球場
•比賽時間：11月4日-12月10日
•參賽球隊：9支
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 | 勝 | 平 | 負 | 積分 |
| 1 | 維信科技(易思傑) | 7 | 1 | 0 | 22 |
| 2 | 滿堂紅 | 5 | 2 | 0 | 17 |
| 3 | 健力寶TNT | 4 | 3 | 1 | 15 |
| 4 | 中宇物流(普銀投資) | 3 | 4 | 1 | 13 |
| 5 | 星際廣告 | 3 | 4 | 1 | 13 |
| 6 | 山江湖(湖坊工貿城) | 3 | 2 | 3 | 11 |
| 7 | 外貿國際 | 2 | 0 | 6 | 6 |
| 8 | 豐城 | 1 | 0 | 7 | 3 |
| 9 | 野道 | 0 | 1 | 7 | 1 |
深圳賽區
● 全國足球業餘聯賽深圳賽區暨第二十一屆"金證科技杯"深圳市業餘足球甲級聯賽
•比賽時間：9月12日 -9月27日
•比賽地點：深圳市足協青少年足球培訓基地
•參賽球隊及分組：
•A組 創業興、華昱、億和(EVA)、維民電力、南頭城
•B組 深圳壆崗、賽格車聖、國檢局、東方星園林
•賽程比分：
| 9月12日 | A組 | 億和 | 2-0 | 華昱 |
| 創業興 | 1-1 | 南頭城 | ||
| 9月13日 | B組 | 深圳壆崗 | - | 國檢局 |
| 9月27日 | 季軍賽 | 創業興 | 2-1 | 國檢局 |
| 決賽 | 深圳壆崗 | 2-0 | 億和 |
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 1 | 深圳壆崗 |
| 2 | 億和(EVA) |
| 3 | 創業興 |
| 4 | 國檢局 |
天津賽區
● 全國足球業餘聯賽天津賽區暨天津市業餘足球聯賽
•主辦單位：天津市足球協會
•承辦單位：天津市足球產業發展有限公司
•比賽場地：天津四十三中
•決賽比分：
| 日期 | 階段 | 勝隊 | 比分 | 負隊 |
| 8月5日 | 季軍賽 | 喬奇製衣 | 3-0 | 豐田 |
| 8月5日 | 決賽 | 天津世拓 | 3-1 | 天津火車頭 |
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 1 | 天津世拓 |
| 2 | 天津火車頭(天津鐵路一招) |
| 3 | 喬奇製衣 |
| 4 | 豐田 |
廈門賽區
● 全國足球業餘聯賽廈門賽區
•承辦單位：廈門市足球協會
•比賽時間：-8月5日
•賽程賽制：首次採取分級賽，分為A組和B組。B組為新報名球隊，先行開戰，A組為2005年前八名和B組升上來的前四名。共有31支球隊參賽，比賽於8月5日結束。
•A組淘汰賽：
| 階段 | 勝隊 | 比分 | 負隊 |
| 1/4決賽 | 洛克 | 9-8(總比分) | 東科建設 |
| 水務集團 | 1-0 | 電力 | |
| 英華 | 2-0 | 航空兵 | |
| 達江體院 | 6-2 | 聯眾運通 | |
| 半決賽 | 英華 | 2-0 | 洛克 |
| 水務集團 | 6-4(總比分) | 達江體院 | |
| 決賽 | 水務集團 | 4-3 | 英華 |
•最終名次：
•A組名次：1.水務集團 2.英華俱樂部 3.達江體院 4.洛克俱樂部 6.東科建設（好朋友）
•B組名次：1.英華 2.洛克 3.車米網 4.A C 閩南
新疆賽區
● 全國足球業餘聯賽西大區新疆賽區暨“都市報”杯第六屆業餘足球聯賽
•主辦單位：新疆足球協會、烏魯木齊市足球協會
•參賽球隊：分為甲乙丙三個組別，每個組別各8支球隊參賽
•賽制：分級別雙循環
•積分榜（甲組）：
| 名次 | 甲組球隊 | 勝 | 平 | 負 | 積分 |
| 1 | 新疆電視台 | 13 | 0 | 1 | 39 |
| 2 | 壹俐綺公司 | 13 | 0 | 1 | 39 |
| 3 | 吐魯番 | 8 | 0 | 6 | 24 |
| 4 | 新通電信鷹 | 6 | 2 | 6 | 20 |
| 5 | 成天拆遷 | 5 | 2 | 7 | 17 |
| 6 | 愛燃廣告 | 3 | 4 | 7 | 13 |
| 7 | 鑫都動力 | 2 | 1 | 11 | 7 |
| 8 | 德美兄弟 | 1 | 1 | 12 | 4 |
浙江賽區
● 全國足球業餘聯賽浙江賽區暨第四屆 浙江省城市足球冠軍聯賽
•主辦單位：浙江省足球協會
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 冠軍 | 杭州賽搏足球俱樂部 |
| 亞軍 | 台州王野 |
| 季軍 | 紹興塔牌 |
| 第四 | 海寧皮革城中海建設 |
| 第五 | 麗水縉雲田氏傷科 |
| 第六 | 義烏 |
大區決賽
北區（昆明）
•比賽時間：10月1日-5日
•舉辦城市：昆明
•承辦單位：雲南省足球協會
•比賽地點：呈貢體育訓練基地
•參賽球隊：8隊
•賽程比分：
| A組 | 10月1日 | 長春師範學院 | 0-1 | 天津鐵路一招 |
| 重慶新華集團 | 5-2 | 春城印刷廠 | ||
| 10月2日 | 長春師範學院 | 0-0 | 重慶新華集團 | |
| 天津鐵路一招 | 4-0 | 春城印刷廠 | ||
| 10月3日 | 重慶新華集團 | 0-0 | 天津鐵路一招 | |
| 長春師範學院 | 4-1 | 春城印刷廠 | ||
| B組 | 10月1日 | 昆明交警 | 9-0 | 海華酒店昆一中 |
| 天津世拓 | 4-0 | 重慶三木 | ||
| 10月2日 | 昆明交警 | 4-1 | 重慶三木 | |
| 海華酒店昆一中 | 0-7 | 天津世拓 | ||
| 10月3日 | 昆明交警 | 1-2 | 天津世拓 | |
| 重慶三木 | 1-1 | 海華酒店昆一中 | ||
| 半決賽 | 10月4日 | 春城印刷廠 | 4-3 | 海華店昆一中 |
| 長春師範學院 | 5-1 | 重慶三木 | ||
| 昆明交警 | 2-2(點5-4) | 天津鐵路一招 | ||
| 天津世拓 | 2-1 | 重慶新華集團 | ||
| 七八名決賽 | 10月5日 | 海華店昆一中 | - | 重慶三木 |
| 五六名決賽 | 長春師範學院 | 勝/負 | 春城印刷廠 | |
| 三四名決賽 | 天津鐵路一招 | 中止 | 重慶新華集團 | |
| 冠亞軍決賽 | 天津世拓 | 1-1(點5-4) | 昆明交警 |
※季軍賽由於隊員對判罰不滿與裁判爆發衝突而中止。
南區（武漢）
•比賽時間：10月1日-10月6日
•舉辦城市：武漢
•承辦單位：武漢市足球協會
•參賽球隊：8隊
•賽程比分：
| A組 | 10月1日 | 廣東海豐仁榮 | 1-0 | 安徽宣城城建 |
| 武漢東風本田 | 3-0 | 武漢華創工程 | ||
| 10月2日 | 武漢東風本田 | 7-0 | 安徽宣城城建 | |
| 武漢華創工程 | 8-0 | 廣東海豐仁榮 | ||
| 10月3日 | 武漢華創工程 | 4-2 | 安徽宣城城建 | |
| 武漢東風本田 | 8-2 | 廣東海豐仁榮 | ||
| B組 | 10月1日 | 杭州賽搏 | 1-3 | 深圳壆崗 |
| 武漢將軍路街 | 2-4 | 武漢博發鬆下 | ||
| 10月2日 | 杭州賽搏 | 3-0 | 武漢博發鬆下 | |
| 深圳壆崗 | 7-3 | 武漢將軍路街 | ||
| 10月3日 | 杭州賽搏 | 2-1 | 武漢將軍路街 | |
| 深圳壆崗 | 6-2 | 武漢博發鬆下 | ||
| 半決賽 | 10月5日 | 武漢東風本田 | 1-0 | 杭州賽搏 |
| 深圳壆崗 | 6-3 | 武漢華創工程 | ||
| 廣東海豐仁榮 | 3-0 | 武漢將軍路街 | ||
| 武漢博發鬆下 | 3-0* | 安徽宣城城建 | ||
| 七八名決賽 | 10月6日 | 武漢將軍路街 | 3-0* | 安徽宣城城建 |
| 五六名決賽 | 武漢博發鬆下 | 4-1 | 廣東海豐仁榮 | |
| 三四名決賽 | 武漢華創工程 | 1-1(點4-3) | 杭州賽搏 | |
| 冠亞軍決賽 | 深圳壆崗 | 3-1 | 武漢東風本田 |
* 安徽宣城城建隊小組賽後即請假返回未進行餘下比賽，淘汰賽比分按被判0-3處理。
•最終名次：
| 名次 | 參賽隊 |
| 冠軍 | 深圳壆崗足球俱樂部 |
| 亞軍 | 武漢東風本田 |
| 季軍 | 武漢華創工程 |
| 第四 | 杭州賽搏足球俱樂部 |
| 第五 | 武漢博發足球俱樂部遠策松下電器 |
| 第六 | 廣東海豐仁榮足球俱樂部 |
| 第七 | 武漢市東西湖區將軍路街業餘足球俱樂部 |
| 第八 | 安徽宣城城建 |
全國總決賽（昆明）
•比賽時間：11月19日-25日
•承辦單位：雲南省足球協會
•比賽地點：呈貢體育訓練基地
•參賽球隊：8隊
•賽程比分：
| A組 | 11月19日 | 昆明交警 | 2-0 | 武漢東風本田 |
| 廣東海豐仁榮 | 0-4 | 長春師範學院 | ||
| 11月20日 | 昆明交警 | 3-2 | 廣東海豐仁榮 | |
| 武漢東風本田 | 2-2 | 長春師範學院 | ||
| 11月21日 | 昆明交警 | 1-1 | 長春師範學院 | |
| 武漢東風本田 | 9-0 | 廣東海豐仁榮 | ||
| B組 | 11月19日 | 雲南金城礦業 | 1-1 | 天津鐵路一招 |
| 杭州賽搏 | 1-1 | 深圳壆崗 | ||
| 11月20日 | 深圳壆崗 | 4-1 | 天津鐵路一招 | |
| 雲南金城礦業 | 0-5 | 杭州賽搏 | ||
| 11月21日 | 深圳壆崗 | 7-2 | 雲南金城礦業 | |
| 杭州賽搏 | 1-0 | 天津鐵路一招 | ||
| 半決賽 | 11月23日 | 深圳壆崗 | 1-1(點8-7) | 昆明交警 |
| 長春師範學院 | 1-0 | 杭州賽搏 | ||
| 季軍賽 | 11月25日 | 昆明交警 | 2-1 | 杭州賽搏 |
| 決賽 | 深圳壆崗 | 3-1 | 長春師範學院 |
•最終名次：
2006年全國足球業餘聯賽亞軍獎盃| 名次 | 參賽隊 |
| 冠軍 | 深圳壆崗足球俱樂部 |
| 亞軍 | 長春師範學院 |
| 季軍 | 昆明公安局交警支隊 |
| 第四 | 杭州賽搏足球俱樂部 |
| 第五 | 武漢東風本田 |
| 第六 | 廣東海豐仁榮足球俱樂部 |
| 第七 | 北京鐵路局天津第一招待所 |
| 第八 | 雲南金城礦業(鑫隆礦業) |
球隊
雲南金城礦業隊：即昆明賽區冠軍鑫隆礦業隊。
重慶新華集團隊：即重慶新華書店集團足球隊，2004年成立。
安徽宣城城建隊：是由宣城市的宣州區、涇縣、郎溪縣的業餘足球愛好者臨時組隊代表安徽省參加南區決賽，並由生信鋁業贊助。
