劇情
1962年
黑色守望標誌故事要從1962年說起，美國國防部和其下屬高級研究計畫署（darpa）秘密成立了一支特殊部隊，名為“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化戰抵禦美國的一切威脅以及海外敵對勢力，該部隊一切行動都屬於絕密。1963年，黑色守望的研究人員發現了一種病毒，在靈長類動物身上進行的實驗表明，通過DNA的融合，該病毒可以在基因層面上大大提高物種的智力、力量等等身體要素，他們將該病毒命名為Redlight。隨後，以該病毒為中心的Project Redlight計畫展開。
1963年
希望鎮淪陷1963年，黑光計畫正式開始，黑色守望部隊在美國愛達荷州建立了一座小鎮，名為“希望（HOPE）”，並將一批陣亡士兵的家屬遷居此地。他們謊稱該處是用於模擬核戰之後人類聚居區的實驗場地，而被蒙在鼓裡的軍屬們卻對真正的計畫一無所知。黑色守望對居民注射了病毒，此時的病毒似乎對感染人群沒有起到絲毫作用。1965年，希望鎮上的第一名嬰兒出生，其父母身上被注射的病毒在嬰兒體內產生的變異對嬰兒本身似乎也沒有影響。然而一切的平靜都在1968年8月被打破了，希望鎮突然爆發疾病，黑色守望隨即將全鎮封鎖，將近70%的居民被感染，剩下的人則被隔離在鎮內等死。將近一年人間地獄般的日子過去，到了1969年7月，除一人以外，希望鎮上四百多名居民全部死亡。唯一的生還者名為Elizabeth Greene（伊莉莎白·格林，即遊戲中的緊身衣馬尾女），而她在被發現時已經懷有身孕。
黑色守望的清除行動隨即開始，他們將Elizabeth Greene帶走，並用核彈將整個希望鎮夷為平地。當時負責清除行動的是Peter Randall中尉（彼得·蘭德爾，即遊戲中的獨臂將軍），他在強行帶走Elizabeth Greene的時候被她抓傷了手臂，Randall為制止感染，毫不猶豫自斷左臂（這就是他獨臂的原因），而且他還因為湮滅證據有功而晉升為少校，並在後來成為將軍，成為了黑色守望的最高指揮官。希望鎮事件發生之後，黑光計畫停止，黑色守望部隊的最高宗旨被更改為“探查並消滅美國國土上的一切未知病毒活動，不論人為或自然原因”。
PARIAHElizabeth Greene在次月被轉往位於馬里蘭州迪崔克堡的黑色守望基地，並在那裡產下一名男嬰，黑色守望賦予其代號PARIAH，並將其從母親身邊帶走（此孩子的命運暫且按下不表）。Greene在隨後幾十年中屬於與外界完全隔離的情況。有證據顯示，她在此期間沒有成長發育，沒有流汗，沒有肌肉抽搐，甚至沒有眨眼，處於完全靜止的狀態，好像在等待著什麼。
Elizabeth Greene被稱作天然的病毒庫，各種病毒的變異菌株在她的身上源源不斷的產出。
1980年
被Alex偷取並最終被打碎的裝有病毒樣本的試管時間到了1980年，Raymond McMullen博士（雷蒙德·麥克馬倫即遊戲中用槍自殺的眼鏡男）創立了GENTEK，並成為了黑色守望的下屬研究機構，他認為黑色守望短視，認不清紅光病毒的價值，在一番遊說下黑光計畫（Project Blacklight）在黑色守望的監視下啟動，並將Elizabeth Greene轉至GENTEK的研究中心，通過Alex Mercer和Karen Parker等研究人員的努力，她身上提取出的基於紅光病毒為前身的新品種病毒被命名為 黑光病毒（Blacklight Virus），代號DX-1118 C。然而，黑色守望發現GENTEK在有關實驗方面有所泄露，本就有所忌憚的黑色守望試圖滅部分人的口，此時的Alex Mercer也察覺到了黑色守望意圖不善，為了活命Alex偷取了一小瓶病毒樣品，希望以此為籌碼換取自由，卻在車站遭遇了前來攔截的便衣特工。走投無路的Alex Mercer摔碎了瓶子釋放了病毒，自己也被當場射殺。由於是在車站，當時就有許多市民被感染，加上甦醒後的Alex釋放了Elizabeth Greene，曼哈頓的大規模疫情暴發也就此發生。
Alex Mercer在車站被射殺的時候就已經身亡，接下來在停屍房醒過來的，大家一直在遊戲中操控的東西根本不屬於人類，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex屍體之後對其外形及性格的繼承，遊戲標題“Prototype”也指的是他。在遊戲的某關，也可以聽到將軍的話：“不！已經不能用'他'來稱呼！應該是'它'！”後來的電話中，也可以看到Alex和他的“合作者”的對話：“啊…你已經不是人類了，你是黑色守望的病毒而已。”
至於前文提到Elizabeth Greene等待的東西，即是“原型體”對她的釋放，而Greene的台詞"I am your mother"並不是指“原型體”是她生下的那個嬰兒，而是指原型體病毒來源於她。
遊戲越發展下去，遊戲的內涵也就越明了：人類對於自己犯的錯誤只是掩蓋再掩蓋，實在掩蓋不住了，就不惜代價毀掉。而剛剛出生18天的病毒“Alex”卻知道要保護某些東西：保護自己的“妹妹”，保護人類文明不被毀滅（遊戲最後，曼哈頓就要被軍方用核彈毀滅掉），不再重蹈希望鎮的悲劇。這些，不得不佩服劇情的編輯者。
簡介
黑光病毒最初來自於希望鎮實驗的成功品，隨著希望鎮的隕滅，它與Elizabeth Greene一同銷聲匿跡了20餘年，直到McMullen博士將其重新啟用。整個計畫本來進展的有條不紊，直到GENTEK的實驗被黑色守望認為具有威脅性，隨著GENTEK開始被國會調查，擔心機密泄露的黑色守望開始清掃門戶。本來就開始對GENTEK抱有懷疑而與妹妹Dana展開對自己公司的調查的Alex意識到情況不妙。他將記有機密檔案的筆記本電腦寄給Dana，在女友Karen Parker的幫助下偷出一試管的病毒。但不料黑色守望的行動異常迅速，Alex在火車站內被攔截。最後出於報復心理，Alex Mercer將病毒摔在地上，驚怒之下的黑色守望士兵槍殺了Alex,但是他們沒注意到Alex倒在了碎掉的病毒上。
Alex最後在黑色守望的停屍房裡醒來，迅速逃出去後發現病毒已經感染了他，不過他卻仍然清醒，且外形沒有多大改變。之後在一次次戰鬥中解鎖黑光病毒的種種神奇的能力——將身體部分改造成武器，特殊的視野以及行走滑翔於高樓大廈之間的能力。
雖然大部分黑光病毒是被Alex吸收的，還是有一小部分傳了出去，形成了小規模的喪屍群，但在劇情初期被黑色守望和海軍陸戰隊壓制——直到Alex把Elizabeth Greene釋放，造成大規模的感染。可以說，Elizabeth Greene才是造成曼哈頓大規模感染的罪魁禍首（遊戲中提到被感染的高樓大廈與Elizabeth Greene有所共鳴）。感染者勢力漸漸可以與黑色守望抗衡，在遊戲後期造成了曼哈頓地區81%受到感染，與黑色守望形成壓制之勢——當然，黑色守望淪為守勢與高程的決策不無關係。而原型體——Alex Mercer，行走於感染者與黑色守望之間，與他們保持既是敵人也有時是同盟的詭異關係。由於Alex保有自己的性格思維，而自身已經死亡，可以看成為有著Alex Mercer的“腦子”的黑光病毒集合體。
區別
需要注意的是不少玩家把紅光病毒與黑光病毒和白光病毒混為一談。
紅光病毒是希望鎮時期黑光病毒的名稱，代號DX-1118 A。而黑光計畫從Elizabeth Greene提取病毒，經由GENTEK研製開發，危險性相比希望鎮時期大大提高，故紅光病毒可看做是黑光病毒的前身。
白光病毒本是2代黑色守望研製的解藥（原體與黑光病毒是否有關係並不清楚），計畫用來對抗黑光病毒。然而Alex的臥底——也是白光的研究人員之一根據Alex的命令，將Alex的血液注入其中使其受到污染成為了病毒。氣體白光只需嗅到便可造成感染——有可能是造出普通喪屍，也有可能是與James類似的黑光病毒感染者。
還有就是Mercer病毒，即《虐殺原形2》中的病毒。既可能與黑光病毒是同一種病毒，也有可能是Alex Mercer後來研製，也許可以解釋2代中身體異變部分會發出光澤的原因。
特性
部分黑光感染體作為被用作武器的病毒，黑光病毒在我看來是一種實用性極為強大的病毒，並且其感染者我個人認為更勝於生化危機、求生之路的感染者。
是一種可以加快進化速度的病毒，它的最大用處在於架構物質運輸的快速通道從而完成各種進化，簡單來說，就是它進入、改變並同化每個細胞，新細胞將之前睡眠狀態下的非編碼區激活並大量複製，導致激烈的生理變化，擴大基因容量，容納優質基因改造身體，提高細胞活性，也就是吞噬、融合其他生物並得到進化。
感染能力
黑光病毒的感染途徑十分多樣，常見感染方式有以下幾種：
物理接觸：如果一個健康人被任何感染者抓傷或咬傷，病毒可以直接傳播到受害者體內致其感染。
暴露：感染水塔或母巢會使長時間接近的人類感染。
體液接觸：傷口接觸到感染性的體液或組織。
注射：參與“光圈計畫”（Project D-Code）的士兵們證明，通過注射可以直接套用病毒。
1.物理接觸：如果一個健康人被任何感染者抓傷或咬傷，病毒可以直接傳播到受害者體內致其感染。
2.暴露：感染水塔或母巢會使長時間接近的人類感染。
3.體液接觸：傷口接觸到感染性的體液或組織。
4.注射：參與“光圈計畫”（Project D-Code）的士兵們證明，通過注射可以直接套用病毒。
儘管方式多樣，但黑光病毒的感染仍然有其局限性。
黑光病毒無法通過水源進行傳播，即使是Elizabeth Greene被釋放造成大規模感染，也沒能通過水源傳播到其他紐約地區。這也是黑色守望通過封鎖大橋就可以把感染限制在曼哈頓的原因之一，遊戲中的Alex甚至不可以下水，這多少降低了黑光病毒的威力。
陸路上，Elizabeth Greene製造的感染大廈在12天內感染了曼哈頓81%的地區。然而當Alex把Elizabeth Greene擊殺並吸收，第15天時感染率驟降到60%，這也與黑色守望的努力有關。而根據Alex與Cross的談話中提及失去領導者的感染體們被黑色守望消滅只是時間問題，可見黑光病毒的感染力是與首領——尤其是母體有莫大聯繫的。
感染者
受黑光病毒感染的生物，無論危險性，體型和智力，都可以統稱為感染者（Infected）。
最普遍常見的是Walker，即俗稱的喪屍。一般來說黑光病毒所感染的喪屍也是對新鮮的血肉感興趣；其對新鮮血肉感興趣的原因幾乎和其他遊戲如出一轍：病毒的感染受到人體免疫系統的阻撓。免疫細胞會試圖將已被感染的細胞殺死，而且通常採用的是“同歸於盡”的方式，這就導致人體出現大量壞死組織。為了修復組織的損失和恢復免疫系統的功能，就需要大量的食物提供材料和能量來源，這就使被感染者出現旺盛的食慾。但是不止以上對新鮮血肉的感興趣，黑光喪屍的手臂還會生成一些利刃，這就正好符合了黑光病毒作為武器的作用。
除普通喪屍之外，黑光病毒還生成了大量的自然生物兵器，例如怪鳥、哥利亞、主宰者、海德拉、格鬥者等等，這些自然形成的生物兵器要和其他生化遊戲比起來絕對是不落下風甚至還更勝一籌，他們往往身形巨大，打敗他們絕非易事。
感染者特徵
在兩代的遊戲中，除主角以及少數成功感染者以外，普通喪屍接觸到黑光病毒之後儘管是發生了變異，但是並沒有黑光怪物所變異的那么可怕。
Infected Pustules一些感染者的形成起因是不可考，可知的事例有被“一般”的途徑感染而形成的喪屍，Hunter可以從被感染的水塔中誕生。與之相似的有2代的格鬥者（Brawler），它們從被感染的膿皰（Infected Pustules）中誕生。
黑光怪物一般的身形是十分巨大，身體的各個部位變異劇烈，一些部位已經等於事實上的武器，攻擊力極強。
根本作用
黑光是一種可以加快進化速度的病毒，它的最大用處在於架構物質運輸的快速通道從而完成各種進化。這種進化在特定的基因片段下是可控的，但只是個別人。大多數人的進化則是不定向的，可能是黑光病毒的所引起的特殊變異，也就是那種爛大街的殭屍。獵手則是完全的黑光產物，其已經成功適應了黑光病毒，由吸附在宿主身上的引導進行身體構造。
適應者
Runner是指受黑光病毒感染獲得能力而自身的頭腦人格意識都保持自我的人。以下介紹的角色除了沒被正式確認為Runner的James Heller和Evolved之外都可被歸類為Runner。Alex是第一個男性Runner。
Elizabeth屬於母體，在遊戲中這個母體並沒有像Alex或者James一樣的各種身體上的異變，身體戰鬥技巧可以凌駕於Alex之上（不排除Alex故意放水好抓住機會向Elizabeth注射抗體的可能性），而且可以製造一個巨大的怪物來作為身體的“鎧甲”。Elizabeth還可以對建築等無機物進行感染，甚至因排斥吐出的血肉都便可以變異成具有自我意識的Supreme Hunter。
Alex在死後被黑光病毒從基因層面改造，擁有Alex的相貌、思維、人格、記憶——雖然非常殘缺，使得Alex需要吸收與他相關的部分人物才可以逐步恢復，可以說是有著Alex“腦子”的黑光病毒集合體。甚至可以說並不是Alex有了黑光病毒才強大，而是黑光病毒選擇了Alex才可以發揮自身的特性而強大。
James在活著的時候被Alex注入了病毒，所以他還保持著記憶，思維性格自然也一併繼承。
Alex Mercer的鎧甲狀態在2代中許多的黑光病毒感染者——被稱為"Evolved"，應該也是如同James一樣被注入病毒，保有自我意識和思維。不同的是他們是Alex的手下，絕對服從於Alex的命令，遍布Gentek和黑色守望的內部，執行Alex的計畫。
一般情況下，黑光病毒感染者會將雙手變成利爪、重錘、卷鬚、拳刃和利刃等多種戰鬥形態，還有將變成盾牌來防禦火箭筒等武器。Alex甚至可以通過全身硬化來製造一具鎧甲，並且還會使用各種臨界點技能，這正符合黑色守望將其作為武器的作用。
但是黑色守望可能沒有想到成功適應黑光病毒的人數極低。
母巢意識
母巢意識（Hive Mind）是指感染者之間的心靈連結，這一連結可以使高級的感染者（比如runner）控制比自己低級的感染者（比如hunter）。
不僅如此，母巢意識還可以用來追蹤特定的感染者。Alex曾經為了追蹤綁架走Dana的那頭Leader Hunter，吸收了一些帶菌者將自己介入母巢意識，得知Leader Hunter的位置。從而可以擊敗並吸收了Leader Hunter的記憶得知了Dana的位置。
原本母巢意識的核心只有Elizabeth Greene一人，然而當Alex向其注射了抗體後排斥產生的Supreme Hunter成為了母巢意識的另一位領袖。在隨後戰鬥中，Supreme Hunter召喚了大量的Hunter來對抗Alex。
