鳳山祖廟位於灌口鎮灌口街北側，始建於明朝啟禎年間。該廟原為兩落宮殿式結構的建築物，幾經歷代重修。現在前殿是由海峽兩岸信徒集資，按清乾隆丙午年（公元1786年）式樣修葺一新；並留有一堵乾隆丙午年修建的青石窗雕及盤龍石柱，青石獅及石柱楹聯原物。楹聯都是前清時期同安的舉人，太學生所書，作對工整，書法技藝精湛。後殿是民國十八年（公元1929年）由仰光同安縣仁里公會捐建混凝鋼筋建築，廟內祀奉李府清元真君二郎神，其中殿的八幅青石窗雕記載著該神的來歷。青石窗雕描畫著孽蛟興風作浪，一老一少正與孽蛟搏鬥；後江上風平浪靜，祥雲朵朵，一老一少駕著被馴服的蛟龍，迎著彩雲，冉冉上天。二郎神是中國民間神話中的水神。據《中國宗教祠典》釋：二郎神系指戰國時代秦蜀郡守李冰三次子，因“除蜀郡都江之孽蛟，有水功”後人遂在今四川灌縣立廟紀念。宋真宗時追封為“清雲妙道真君”。
灌口鳳山祖屆與台灣、海外淵源關係密切。明末清初，灌口是鄭成功反清復明基地之一鄭成功收復台灣時其將鳳廟香火請至台灣。目前，台灣祀奉灌口鳳山廟香火的廟宇有一百六十餘座。旅居南洋各地的灌口人又把灌口鳳山廟香火帶到旅居地，現在東南亞一些國家和地區，如緬甸仰光、馬來西亞檳城、印尼三寶壠、泰國曼谷等都有灌口鳳山廟的分爐。
現在灌口鳳山廟經海內外信徒捐資維修，已修葺一新，溢彩流光，金壁輝煌。“大使澤長俎豆南海看萬里，真君名重光風海峽借千秋”是灌口鳳山廟與台灣海外關係淵源遠流長的真切寫照。
