太和二十一年(公元497年)，北魏孝文帝親自率軍南下，臨行前，將馮妙蓮冊封為皇后。行至汝南時，文帝最小的妹妹彭城公主前來，原來皇后逼公主嫁給自己的胞弟馮夙，公主不願意，求孝文帝作主。“馮夙人品低且不談，他是皇后的胞弟，皇后淫亂後宮，妹妹實在不願嫁。”公主哭訴道。
“什麼?”孝文帝大吃一驚，連忙追問。公主告訴他，皇后趁他南征，與宮中執事高菩薩私通，最近競公開淫亂，宮中上下都知此事，只是不敢告訴皇上。孝文帝真不敢相信他一向寵愛的柔媚有情的皇后競會做出如此事來。於是派人暗暗察訪。過了年，孝文帝回到洛陽，先對皇后宮中的小黃門蘇興壽秘審。蘇興壽將皇后與高菩薩私通的事全盤托出。這下孝文帝氣得發昏，決定親審馮妙蓮。他先將高菩薩等抓起來拷問出實情，原來高菩薩本是醫生，馮妙蓮在家養病時與其勾結，進宮後，也將其引入宮中繼續私通。審問時，孝文帝怕皇后害他，叫人搜遍她全身。馮妙蓮跪在龍床前，不停謝罪。孝文帝命她站起來，賜座給她。又命高菩薩把所供認的罪狀當她的面陳述一遍，然後看著她說：“你做下這種事對得起朕嗎?”皇后只好從實招來。
太和二十三年，身在鄂北戰場的孝文帝身染重病，回程中，彌留之際，囑咐彭城王元勰：“我死之後，賜皇后死，另擇地厚葬，以掩馮門之大過。”
公元499年，北魏最有作為的皇帝與世長辭了，年僅三十三歲。
