人物生平
發奸擿伏
馬文升生於河南鈞州（今河南禹州市），後落籍虞城。祖上均未入仕，但馬文升幼時就顯示出對兵事的興趣。“嘗與群兒戲，十數為群，角之靡不仆”。
景泰二年（1451年），馬文升考中進士，授御史。先後巡按山西、湖廣，“發奸擿伏，有神君之稱”。服畢母親的喪事之後，擢遷福建按察使。福建任上，嚴懲當地貪暴狂徒馮某。離開福建時，閩人傳唱“馬使留來天有眼，馮公布去地無皮”以表示對他的稱頌。
軍旅生涯
成化元年（1465年），升南京大理寺卿。次年以父喪歸。
馬文升半身像成化四年（1468年），西北土達滿四在距平涼千里的石城起兵反明，回響者甚眾，遠近震動。他們大敗官兵，明廷不得不採取大規模的軍事行動，調陝西三邊兵五萬人及京營兵進剿，以署都察院事的副都御史項忠總督軍務，起用馬文升，以右副都御史巡撫陝西，協助項忠。馬文升看到滿四軍有一個弱點：城中無水，糧儲漸乏，“若絕其芻汲，則釜魚當自斃矣。”果然，滿四軍日漸睏乏，最後失敗。馬文升又建議項忠盡毀石城牆垣，以防後患。他在陝西巡撫任上七年多，先後加左副都御史、兵部右侍郎，逐漸成為處置邊事的專家。他的一項主要成就，是整頓與各部的茶馬貿易，換取番馬八千餘匹。
成化八年（1472年），蒙古族叛亂，馬文升督兵追至黑水口，生擒平章鐵烈孫，戰功顯赫。可是，因宦官汪直與總制王越互相勾結，據為己功，反誣馬文升虛報戰功。憲宗不明真象，給予馬文升以“表奏不實，停俸三月”的處分。
成化十一年（1475年）春，馬文升代王越為總制，協調延綏、寧夏、甘肅三邊軍務，到十一月，即被召回朝中，任兵部右侍郎。
成化十二年（1476年），被派出整飭薊門至遼東邊備。遼東巡撫陳鉞，為人貪婪，待將士嚴苛。馬文升上疏言遼東事，多涉及陳鉞，兩人遂結怨。而陳鉞的後台是權勢頗大的太監汪直。
成化十四年（1478年），發生陳鉞錯殺女真貢使、激變遼東之事。汪直打算親往平定，以立功顯名。太監懷恩建議派朝中大臣前往安撫，馬文升立即支持，並受委任。汪直提出派人同往，馬文升也沒有同意。這一來，又得罪了汪直。汪直後來與刑部尚書林聰等勘邊事，說遼東激變，是馬文升禁止邊方農器貿易所致。馬文升申辯無用，被下詔獄，謫戍重慶衛。馬文升在戍所滯留四年。 汪直失寵後，他才復官。
成化二十年（1484年），再次被起用，以左副都御史巡撫遼東。這是他第三次赴遼東。由於他曾經論及陳鉞，因此受到歡迎，士卒“皆鼓掌喧舞”。
成化二十一年（1485年），馬文升進官都察院右都御史，總督漕運。淮、徐、和一帶饑荒，馬文升移調江南的十萬石糧及五萬兩鹽價銀予以賑濟。同年冬，馬文升入朝任兵部尚書。但方士出身的通政司左通政李孜省要推薦他人掌兵部，在憲宗面前做了手腳，於成化二十二年（1486年）將馬文升調任南京兵部尚書。
主持兵部
明孝宗即位後，馬文升被召為都察院左都御史，在朝廷的地位確定下來。出於對李孜省之流的厭惡，他提出：“巡城御史及兵馬司、錦衣衛逐一搜訪，但有扶鸞禱聖、驅雷喚雨、捉鬼耳報一切邪術人等，及無名之人，俱限一月內盡逐出京。”鏇即又奉命提督十二團營。
弘治二年（1489年），馬文升改任兵部尚書。針對兵政廢弛的狀況，他採取了一些措施。例如，嚴格考核將校，有三十多人因貪賄怯懦被罷黜。這損害了一部分人的利益，有人甚至夜持弓箭等候其門，準備行刺，有人還寫書誹謗，射入東長安門內，這顯然都是有背景的活動。孝宗支持馬文升對京營的整頓，特批他金吾騎士十二人，以護出入。 馬文升還提出，薊州、宣府、大同三鎮已有鎮守太監，不應再設分守、守備、監槍等內臣。據他統計，薊州有內臣九員，宣府有內臣八員，大同有內臣六員，共二十三員，“每員占用軍人，少則二三百名，多則四五百名，通計侵占已有數千”。“此等守備之數，委的無益於事，有擾於邊”，應當裁革。孝宗也依其議辦理。
哈密是回、畏兀兒族等少數民族居住的地區。明初派使者入朝，於其地設羈縻衛所，封其首領為忠順王、忠義王。憲宗時，土魯番部強大，據有哈密。明廷曾設法干預，沒有結果，似乎也就承認了現狀，將哈密衛遷往他處。早在弘治元年（1488年），土魯番部就誘殺朝廷所封的忠順王罕慎。弘治六年（1493年），又擒獲另一個忠順王陝巴，其首領阿黑麻自稱可汗，以兵掠周圍各部。主持兵政的馬文升主張興復哈密。他採納通事王英和指揮楊翥的建議，利用地處嘉峪關西南的罕東部，地處嘉峪關以西的赤斤、蒙古部等與土魯番部的矛盾，撫而用之。弘治八年（1495年），調罕東等部兵，夜襲哈密城。馬文升所推舉的陝西巡撫許進等率明軍隨後行進。土魯番守將棄城而去，明軍進入哈密。自明初以來，這是官軍第一次深入其地。這也是馬文升任兵部尚書以來，處置的最重大邊事。
弘治初年，馬文升和吏部尚書王恕是人望所歸，他們不但以人品服眾，而且對政事的議論極多。每一疏出，天下傳誦。王恕致仕，馬文升聲望更高。但推選吏部尚書，孝宗沒有用他。為此，他頗感不平，所寫詩中有“朝罷憑闌一黯然，獨將心事訴蒼天”句，發了一通牢騷。
弘治十四年（1501年），馬文升改吏部尚書，加銜至少師兼太子太師。在他之前，只有少數幾名尚書、都御史得到這一榮譽。
遭劾求歸
弘治十七年（1504年），面臨著次年的考察，孝宗召見負責考察的馬文升和都御史戴珊等議事。馬文升已七十九歲，行動不便，耳朵又背，孝宗對他講了兩遍，要他秉公黜陟。馬文升回答：“陛下圖治若此，宗社之福也。”然後被左右扶掖下階。
對於官員的考察進退，馬文升是很認真的。初任吏部尚書，他就對濫封傳奉官提出異議。傳奉官是不經過正常途徑，由皇帝親自傳旨任命的官員。成化時最盛行。孝宗初年統加裁革，但後來也加封賞，一次竟達八百人。馬文升說，減一官，朝廷省一官之費。武宗即位之初，他按照孝宗遺旨，裁去傳奉官七百六十二人。對於內外官員的考察，他也很嚴厲，一次汰罷朝覲官員二千餘人。
考察不講情面，定會招致許多反對者，而在用人時也未必全無個人意氣。劉大夏是弘治朝另一名臣，就因為與馬文升對官僚的評價不同而引起矛盾。河南籍官僚劉宇為首輔劉健所器重，馬文升推舉他總制宣、大。劉大夏大概知道孝宗對此人的看法不佳，屢屢在朝中數其過失，當然也就牽連到薦舉人。侍郎王儼是劉大夏的姻親，馬文升抑制王儼，很難說不是因為劉大夏。
正德元年（1506年），劉大夏所倚重的副手、兵部侍郎熊繡被推舉為兩廣總督。熊繡不願外出，也怨恨於馬文升。他們糾結在一起，又拉出與劉大夏為同鄉及同寅的閣臣李東陽，頓時形成一股反對馬文升的強大力量。御史何天衢首先發難，劾馬文升老衰。馬文升按照常規，被劾後乞去，疏凡二十一，武宗方獲準。
憤恚而卒
劉瑾專權期間，將一批反對派官僚定為奸黨。馬文升與其中一些人關係密切。正德四年（1509年），馬文升被削秩除名。
正德五年六月八日（1510年7月13日），馬文升去世，享年八十五歲。葬於州北大隗山麓。馬文升死後兩個月，劉瑾被捕入獄。朝廷還未聽聞馬文升的死訊，下詔命其“致仕復職”。聞其死訊後，為他輟朝一日，賜祭葬。追贈特進光祿大夫、太傅兼太子太傅，諡號“端肅”。
嘉靖（1522年—1567年）初年，明世宗朱厚熜又加贈馬文升為左柱國、太師兼太子太師。
人物評價
總評
馬文升一生功勳顯著，先後輔助代宗、英宗、憲宗、孝宗、武宗五朝，歷仕五十六年，後人有“五朝元老馬文升”之稱。又與王恕、劉大夏合稱“弘治三君子”。
歷代評價
周宣：已故尚書馬文升、許進、劉大夏、秦紘、都御史錢鉞、強珍，皆得罪權奸，橫罹禍患。宜特加優恤，使天下知守已冤抑之士，沒世既遠，尚有昭雪之日。
楊廷和：文升歷事五朝，垂六十年。出將入相，文武兼資。思慮精深，傳通故實。臨事應變，無少底滯。奉公憂國，隨事納忠。每公卿會議，相顧不發，文升獨據理抗，言語簡意足。名著四夷，功在天下。尤慎用兵，未未嘗輕有征討。天性嚴重，寡言笑。儉節清名，終始如一。直道而行，不阿權貴。雖遭讒離詬，屢起屢仆，迄不少貶。平生好學，手不釋卷。
王尚：展墓春風一望多，杏山湫水入吟窩。少師功業穹碑在，千載行人仰伏波。
唐樞：①性檢介，以身殉國，艱險不避，敷文飭武，名聞夷夏，退然若不敢自勝。當出總機務，生擒達滿四，殲李鬍子、火蠍兒、王彪，追斬北虜平章鐵烈孫，三靖邊犯，興復哈密國，處置貴苗，建夷火篩，會忤陳鉞、汪直，構公戍重慶，公屹然不為動，晚際孝皇，柄銓府倚毗甚隆。 ②當是時海內晏安，含哺鼓腹，鬱郁乎太平氣象，不知帝力之何有？究厥所自，其誰以為遺也？獨念諸君子保泰之功，能備九三之德，悉艱貞之義乎？夫後以裁成，輔相以左右，民陂平復往，不可不畏耳。
項篤壽：敬皇勵精綜核，寤寐俊髦。禹陽馬公實秉衡，鑒故六曹之長，莫非民譽。下至百司，鹹濟濟焉。士敦恥讓，俗返淳樸。眾賢和朝，萬民和野。即周之成、康，漢之文、景，蔑以加矣。
王世貞：①子俊無首功，然修築之利至於今之言守者祖焉。文升規度宏密，亦一時之良本兵也，雖然，言聽而任一，厚賞而薄誅，其所遇則亦異矣。 ②文臣雄職，惟吏兵二部、都察院、南參贊及邊方總督而已，馬端肅文升歷任之。 ③孝廟時，最多名臣……要未有如三原王端毅公恕（王恕）、鈞陽馬端肅公文升、華容劉忠宣公大夏（劉大夏），三君子之灼灼者也。端毅直諫動天下，然不難於孝宗而難於憲宗。孝宗，仁主也；然而頗以齟齬終，豈非所謂事君數斯辱也耶？端肅數更中外，歷權寄不屈不脞，蓋以才力勝者。忠宣仁心為質，道揆法守，晚際魚水，密勿都俞，庶幾有三代風哉。造膝之語，罕有傳者。覺主聖而臣微不及也。人謂三原似魏玄成（魏徵）、韓稚圭（韓琦），鈞陽合姚（姚崇）、宋（宋璟）而少遜之，華容似李太初（李沆）、司馬君實（司馬光）。 ④恕張差近名，大夏弱差近實，文升練差用術，其然豈其然乎？
徐鹹：國朝名臣，久任享耆壽者，魏文靖公驥（魏驥）九十八，王端毅公恕九十三，胡忠安公濙（胡濙）八十九，馬端肅公文升、韓忠定公文（韓文）、吳文恪公訥（吳訥）、章文懿公懋（章懋），俱八十六。王文端公直（王直）、王忠肅公翱（王翱）、王忠毅公驥（王驥）、林文安公瀚（林瀚）、劉忠宣公大夏、謝文正公遷（謝遷），俱八十四。茲數公者，名位祿壽兼而有之，豈易得哉？
屠隆：薛文清瑄（薛瑄）、李忠文時勉（李時勉）、章文懿懋、王忠肅翱、王端毅恕、項襄毅忠（項忠）、馬端肅文升、劉忠宣大夏、胡端敏世寧（胡世寧）嶽嶽之風、侃侃之節，宏材足以濟時艱，正氣足以褫奸魄，李夢陽所謂“居則岳屹，動則雷擊，大事斧斷，小事海畜。”斯其人矣。
張燧：①弘治中，華容、洪洞、鈞陽、靈寶、陽曲、盧氏、金陵、安福，鹹稱名卿。然志存納約，行在精審，苟濟其事，小枉安焉．局體又一變矣。②馬端肅公文升之賢，過寇萊公（寇準）十倍。
黃道周：文升馬撫，巡按山西。固原土賊，據險吼嘶。官軍屢敗，項忠督提。馬諭無戰，城乏水堤。斷其樵汲，釜魚自摧。項忠從信，擒四燃臍。敵寇臨鞏，遣將削泥。再入好水，戰獲其輜。女直復叛，陳鉞敗棲。欲殺貢敵，以掩其非。貢敵嘩懼，亂震鼓輦。文升往諭，解散不疑。內臣汪直，藉此出師。及至邊境，無敵排擠。懷恨馬撫，下獄奏題。至於直敗，位方復躋。不戰而撫，中安外齊。即至大創，必勢所宜。所以立朝，高風莫梯。
張岱：①馬端肅善將兵，更善將將。其料己料敵，皆預儲於胸中，出以應卒，如高屋建瓴，勢無不下也。故自岷州捷報，純用虛聲，塞外蠢動，悉騰書以懾伏之。而後在本兵，一用顧溥，再用魯麟，再用許進、朱暉，事有成算，屢奏膚功。其發縱指示，能不歸功端肅哉！則世之嫉功害能、懻忌自用者，見端肅而不愧汗浹背者幾希矣！ ②其知無不言，能無不為，至今稱名臣，無間辭也。
查繼佐：焦芳以葦縛，馬鈞州以木主，皆像人，而一俎豆之，一圖裂之，情故殊。草諫筆鋒，與定邊劍術兩利，顧乃馳諭已定，不專恃撻伐為能。更諳大略。或以其詩有“白髮無心（ 闕兩字）鞭”之意，意在屠滽先得吏部，稍介介。夫公忠如端肅，乃以私逆之乎？又雲初遷吏部，與刑部閔珪並推，南人樂閔，稍遷怒刑屬官，一年之間，刑十三司無一轉官者，謂端肅似隘。嗟乎，亦私逆之一也。
谷應泰：①若夫項忠身冒矢石，馬文升躬擐甲冑，圖山谷則聚米成形，斷樵牧則困獸自斃。而且金鉤陽虎狸，刮刀誓賞格。數月之內，俘獻京師，功垂竹帛。乃知岳節使之神算，竟定湖、湘；祭征鹵之奉公，終摧隴、蜀者也。 ②當是時，冰鑒則有王恕、彭韶；練達則有馬文升、劉大夏。
張廷玉：王恕砥礪風節，馬文升練達政體，劉大夏篤棐自將，皆具經國之遠猷，蘊畜君之正志。綢繆庶務，數進讜言，跡其居心行己，磊落光明，剛方鯁亮，有古大臣節概。歷事累朝，享有眉壽，朝野屬望，名重遠方。《詩》頌老成，《書》稱黃髮，三臣者近之矣。恕昧遠名之戒，以作傳見疏。而文升，大夏被遇孝宗之朝，明良相契，荃宰一心。迨至宦豎乘權，耆舊擯斥，進退之際所系詎不重哉！
紀昀等：案文升砥礪廉隅，練達政體，朝端大議，往往待之而決。與王恕、劉大夏俱負一時重望。
個人著作
馬文升著有《馬端肅奏議》、《西征石城記》、《撫安東夷記》、《鎮克哈密國王記》和《約齋集》等數十卷流傳於世。他“為文不事雕琢，若大羹玄酒，自有喜味。聲詩無媟嫚語，皆自忠愛中流出。海內之士，得其篇章者樂誦之”。所撰《撫安東夷記》一卷，詳記女真族建州、海西各部頭人與遼東都司的商業貿易、納貢請賞、武裝衝突等史事。尤詳載永樂至正統間，女真族上層同明王朝的關係。傳世有明刻本、《清初史料四種》叢書本等。此書為兩江總督薩載奏繳，於乾隆四十五年（1780年）禁毀。其詩僅在清刻本《馬端肅公奏議》之後附錄若干首，他的《南征過桃花源》、《撫陝征西過隴關》等，都有邊塞詩的特點。
軼事典故
心行內外
馬文升曾經說：“我在兵部任職時，每夜心都在邊境行走一圈；在吏部任職時，每夜心都在國內行走一圈。行邊是因為思慮武備，行內是因為計量人才。”
盜賊同惡
嘉靖初年，農民趙鐩在河南起義，剽掠至鈞州，因為馬文升家在，便放棄沒有進攻。攻破泌陽時，前大學士焦芳已經逃走，趙鐩便毀了他的家，打開他的箱子，取出他的衣冠，把衣冠穿戴綁在草人上宰殺，說：“遺憾不能替天下人殺這個賊子！”
親屬成員
兒子：馬璁，曾以鄉貢之士身份在吏部待選。
相關爭議
歷史學家馬以愚、白壽彝在《中國回教史鑑》、《回教先正事略》、《回族人物誌》、《中國通史》 中，將馬文升家族的族籍定為回族，而研究少數民族史的幾位專家、學者均在他們主編的少數民族史、大辭典和傳記中採用其說，但馬善田在《對河南禹州明代“五朝元老”馬文升家族為回族一說的質疑》中反對此觀，從正史、地方志、家譜等文獻記載和其後裔的反映中，證明馬文升家族為回族一說證據不足。
文獻記載
《左柱國太師端肅公傳》
《左柱國、太師馬公行略》
《吏部尚書馬公文升傳》
《國琛集·下卷》
《今獻備遺·卷三十一》
《名卿績紀·卷二》
《續藏書·卷十六·太師馬端肅公傳》
《廣名將傳》
《明史紀事本末·卷四十一·平固原盜》
《明史紀事本末·卷四十二·弘治君臣》
《罪惟錄·列傳卷十一上》
《堯山堂外紀·卷九十·國朝》
《明史·卷一百八十二·列傳第七十》
