教學情況
承擔《獸醫內科學》、《獸醫臨床診斷學》、《動物醫學概論》的教學任務，承擔碩士研究生《獸醫內科學及進展》課程。擔任臨床獸醫學碩士研究生導師，目前正在指導在讀碩士研究生2人。
科研情況
研究方向：動物營養代謝病與中毒病，動物免疫與抗病。
完成項目：參與完成各類科研項目4項，其中 “生物地球化學因子與雙峰駝骨質疏鬆症關係的研究”獲甘肅省高校科技進步三等獎。
在研項目
1）優質肉羊肉牛健康養殖疫病防制技術研究 (科技支撐計畫子課題，主持人)
2）藏豬免疫、肉質分子機理研究 (橫向合作項目，主持人)
3）當歸不同炮製品清除自由基和抗脂質過氧化作用 （國家自然科學基金，參加人）
代表性專著及教材
1） 動物中毒與營養代謝病學，甘肅科技出版社，2001。（參編）
2） 現代動物營養代謝病學，化學工業出版社，2003。 (參編)
3） 動物中毒病學，中國農業出版社，2006（參編）
代表性論文
總計發表12篇。
1. 馬小軍，張小麗，王立賢，等. 松遼黑豬、大白豬免疫指標和生產性能比較研究[J]. 中國畜牧獸醫2011,38（2）52-55.
2. 張小麗，馬小軍，陳懷濤. 家兔氟乙醯胺中毒後血、尿指標的變化[J]. 動物醫學進展，2007,28(1)14-16
3. 馬小軍,張小麗,呂世文. 鍺硒對綿羊血液中某些微量元素含量的影響[J].甘肅畜牧獸醫，2007,37(1):19-21
4. 馬小軍，王立賢，劉宗平. mRNA差異顯示技術及其在動物科學研究中的套用[J]. 畜牧與獸醫，2005,37(4):51-54
5. 馬小軍，王立賢，劉宗平. 免疫應答與豬抗病育種[J]. 中國畜牧獸醫，2004, 32(2):40-42
6. 劉宗平，曲亞玲，馬小軍，等. 雙峰駝骨質疏鬆症的研究[J]. 中國農業科學，2003 ,36 (2) :214-- 217
7. 馬小軍，盧吉平，陳懷濤，等. 家兔氟乙醯胺中毒的血清生化指標變化[J]. 動物醫學進展, 2003, 24 (4):103-104
8. 馬小軍，張小麗，張德壽. 鍺硒對綿羊血液抗氧化酶活性和增重率的影響[J]. 中國獸醫科技, 2003，33(9):49-51
