1938年9月，中共內黃縣委成立，馬冠群任內黃縣委書記。1940年1月後，歷任河南省內黃縣抗日民主政府縣長、魯西南專員公署民政科科長。1943年2月--1945年10月，任定陶縣抗日民主政府縣長。之後，任東平縣抗日民主政府縣長等職。1946年1月31日，冀魯豫行署在運西東部建立七專署，轄崑山、巨野等9縣。3月29日，該專署撤銷。1946年11月，運西東部重建七專署，先後轄崑山、汶上、巨野等8個民主縣政府，馬冠群1948年4月任職專員。1949年8月，冀魯豫第三行政督察專員公署和第五、第七專署所轄各一部合併，成立湖西區行政督察專員公署，專署機關駐單縣城，馬冠群任專員，隸屬平原省人民政府。
1949年10月任湖西專署書記。新中國建立後，先後任平原省水利局長、 北京618廠黨委書記、包頭617廠副廠長、西安113廠黨委書記、黑龍江省冶金廳副廳長、鄭州第二砂輪廠黨委書記，河南省冶金局黨組成員、副局長。
