主要職責
（一）貫徹執行國家有關口岸工作的法律、法規和方針、政策，擬訂口岸綜合管理規範性檔案，並組織實施。
（二）負責口岸綜合管理、督促檢查和服務協調工作。編制口岸發展規劃和計畫並組織落實。
（三）承辦口岸新開放、擴大開放、臨時開放等事項的審核和報批；負責已開放範圍內新建碼頭、航站樓等涉外作業區對外開通啟用的審核、報批工作；組織協調新增國際客、貨運航線。
（四）統籌協調並督促落實口岸查驗配套設施的規劃、設計、建設、技術改造及資金；組織新建或擴建特殊監管區域查驗配套設施的驗收準備工作。協調擬訂口岸查驗單位機構設定和人員編制方案，並按規定程式上報。
（五）負責口岸“大通關”建設工作。協調口岸查驗方式和監管模式改革、口岸電子信息化建設；組織口岸區域通關合作；協調口岸園區通關服務工作；負責口岸檢查檢驗“一站式”聯合辦公管理。
（六）組織協調查驗單位需要地方政府解決的事項；協調處理口岸各單位之間發生的影響口岸正常運轉的爭議。
（七）協調口岸外貿集疏運、特資運輸、出入境交通工具和旅客聯檢；負責口岸外輪供應管理等港航後勤工作。
（八）組織開展共建文明口岸活動和通關環境社會監督工作，以政府名義表彰口岸先進單位和個人。
（九）研究口岸發展相關問題，提出措施和建議；負責口岸業務數據的統計和綜合分析；組織口岸對外宣傳和國際合作交流。
（十）承擔市口岸工作協調領導小組的日常工作。
（十一）承辦市委、市政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市政府口岸辦公室設6個職能處室：
（一）秘書處
負責綜合協調機關日常工作，制定機關工作制度並監督落實；負責起草綜合性文稿、會務組織、督查督辦、建議提案辦復和文秘、信息、電子政務、檔案、應急處置、宣傳、統計分析、安全保密、信訪、接待、離退休人員服務等工作；牽頭或配合開展專題調研；承辦本機關人事管理、機構編制、勞動工資工作；牽頭組織實施目標績效管理和年度考核工作；負責本機關財務、固定資產管理工作；聯繫市口岸協會的工作。
（二）綜合處
負責編報口岸發展規劃和年度口岸開放計畫；承辦一、二類口岸開放或關閉的申報工作；承辦查驗單位擬增機構、人員編制的協調申報工作；負責本機關法制建設、複議應訴工作；牽頭協調口岸電子信息化建設；組織口岸區域通關合作及國際合作交流；牽頭協調港航後勤服務保障工作；承擔港口外輪供應管理工作，辦理口岸外輪供應從業人員有關管理事項；牽頭組織開展共建文明口岸活動和口岸通關環境社會監督工作；負責口岸先進單位和個人的評審工作；聯繫口岸相關社會中介機構和服務團體。
（三）空港處
負責空港口岸的綜合管理工作。組織協調新開國際（地區）客貨運航線和引進基地航空公司工作；負責空港口岸“大通關”建設；組織協調空港口岸查驗配套設施的規劃、設計、建設、技術改造及資金；協調空港口岸物流園區建設；組織協調空港口岸重大涉外活動的通關現場服務保障工作；協調處理空港口岸工作中的矛盾和問題；協調空港口岸突發事件的應急處置；承辦空港口岸調研、信息和統計分析工作；組織開展空港口岸文明共建活動和社會監督工作。
（四）大港處
負責大港海港口岸的綜合管理工作。組織協調大港新建碼頭對外開放的審查、上報、驗收準備和啟用工作；負責大港海港口岸“大通關”建設；協調大港出入境客貨集疏運工作；組織協調大港海港口岸查驗配套設施的規劃、設計、建設、技術改造及資金；協同有關單位開展海陸空和海鐵等多式聯運工作；組織協調國際郵輪、特殊物資接卸及海上國際重大賽事、重大活動等通關保障工作；指導檢查女島二類口岸工作；負責大港檢查檢驗單位“一站式”聯合辦公管理；協調處理大港海港口岸工作中的矛盾和問題；協調大港海港口岸突發事件的應急處置；承辦大港海港口岸調研、信息和統計分析工作；組織開展大港海港口岸文明共建活動和社會監督工作。
（五）黃島處（掛董家口處牌子）
負責黃島海港口岸、董家口口岸的綜合管理工作。組織協調黃島新建碼頭對外開放的審查、上報、驗收準備和啟用工作；組織協調董家口口岸新開放、擴大開放及臨時開放的申報辦理工作；負責黃島海港口岸、董家口口岸的“大通關”建設；協調黃島海港口岸、董家口口岸外貿集疏運工作；組織協調黃島海港口岸、董家口口岸查驗配套設施的規劃、設計、建設、技術改造及資金；指導檢查積米崖二類口岸工作；負責黃島海港口岸檢查檢驗單位“一站式”聯合辦公管理；負責協調處理黃島海港口岸、董家口口岸工作中的矛盾和問題；協調黃島海港口岸、董家口口岸突發事件的應急處置；承辦黃島海港口岸、董家口口岸的調研、信息和統計分析工作；組織開展黃島海港口岸、董家口口岸文明共建活動和社會監督工作。
（六）園區處
負責口岸園區的綜合管理工作。牽頭編制口岸園區現代物流發展規劃和年度工作方案；負責口岸園區的“大通關”建設；組織協調口岸新建園區的驗收準備工作；組織協調口岸園區查驗配套設施的規劃、設計、建設、技術改造及資金；協調解決口岸園區運行中遇到的問題；協調口岸園區突發事件的應急處置；承辦口岸園區的調研、信息和統計分析工作；組織開展口岸園區文明共建活動和社會監督工作。
按規定設定機關黨委。
人員編制
市政府口岸辦公室機關行政編制23名，工勤人員編制5名。其中：主任1名，副主任3名；正處級領導職數7名（含機關黨委專職副書記1名），副處級領導職數3名。
