一、鯨豚館:該館陳列的國家二級保護動物抹香鯨,長12.5米,重達25噸;還有國家一級保護動物——中華白海豚,中華鱘;二級保護動物——偽虎鯨、寬吻海豚、海龜、玳瑁等。
二、水族館:飼養40多種體色艷麗、體態婀娜多姿、異彩紛呈,具有很高觀賞價值的熱帶觀賞性魚類。有“活化石魚”之稱的銀龍,形象栩栩如生的魔鬼刀、地圖魚、七星飛刀魚、紅綠燈、非洲鳳凰,還有一生中能性別轉換的劍尾魚等。
三、海洋無脊椎動物館:保存有采自西沙群島的珊瑚、貝類等,包括國家二級保護動物——紅珊瑚、星狀扁腦珊瑚、佳麗鹿角珊瑚、笙珊瑚、菊花珊瑚、刺星珊瑚等。有國家二級保護動物——虎斑寶貝,噬人致死的芋螺、以及各式各樣的寶貝、筍螺、海豆芽、水母、海參、海膽、海星、大龍蝦等,還有以陳嘉庚先生命名的陳嘉庚水母。
四、魚類館:該館保存的大型魚類——網紋魟是我國的新紀錄種,全國僅我館保存一尾。有世界上最古老的生物之一,生活在地球上已有5億多年歷史的國家二級保護動物——文昌魚,有能發電的電鰩、善於跳躍的彈塗魚、有劇毒的河魨、會釣魚的魚——鮟鱇,還有能躍出水面,伸展胸鰭,在空中滑翔的燕鰩魚及雌雄生理功能顛倒的海馬。
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