有一些自身組織成分雖具有免疫原性，但在正常情況下，由於組織屏障，不能進入血流，因此不能與免疫細胞接觸，也不能激發免疫應答，稱此種抗原為隱蔽性自身抗原。例如腦組織、眼晶狀體蛋白及精子等。一旦因外傷或手術等原因，可使此種抗原進入血流時，則可引起自身免疫應答。甲狀腺球蛋白也屬於這種抗原！
