附生藻與海草的關係
附生藻類作為海草床中主要初級生產者，生產力水平可在海草-附生藻類體系中占30%。在紐幾內亞，附生藻類在泰來藻海草床中貢獻了19-37%的初級生產力；在某些區域的特定季節里，附生藻類的生產力水平甚至在海草床中占主導地位，如在佛羅里達州，附生藻類分別在針葉藻和龜裂泰來藻2種海草床的初級生產力中占62% 和50%。值得注意的是，附生藻類及海草的生產力水平分別占海草生態系統初級生產力水平的比例一般具有季節變化。
海草生態系統中，附生藻類在某些方面上對海草生長是有利的，主要體現在以下幾個方面：1）附生藻類在減緩水流速度、防止乾燥對生長在淺水地區的海草有積極的一面；2）附生藻類死亡後腐化分解可能為海草的生長提供營養物質來源；3）一定的覆蓋密度範圍內的附生藻類能夠有效地幫助海草阻擋過強的紫外線，避免由於紫光線過強而引起海草葉片的葉綠體損傷。研究表明，這種保護作用十分明顯，且一直持續到葉片表面的有效光輻射已經弱到開始限制海草光合作用的時候才消失；4）附生藻類由於自身組織中結構性碳水化合物成分較少，作為很多食草動物的直接食物來源，從而避免了海草葉片直接被食用。
海草與附生藻類的競爭關係：1）海草葉片表面比塑膠模擬的表面更利於附生藻類生長繁殖，這可能是活體葉片能夠為藻類提供營養物質來源；2）海草可能通過改變葉片表面微環境，有選擇性地選取一定的附生藻類種群與之競爭。因此，海草與附生藻類之間的關係不只是海草葉片為附生藻類提供生長繁殖的基質那么簡單。
附生藻與對蝦的關係
關於蝦類的藻類附生病，早有報導，近年來在天津地區又發現一種新的附生藻類——柄裸藻。
1、症狀：柄裸藻附生在蝦體各部，主要在頭胸甲和附肢，附生數量多時，肉眼可見蝦鰓和附肢呈綠色。幼蝦發育緩慢，脫殼困難。
2、病原：柄裸藻屬於裸藻門柄裸藻科，又稱為膠柄藻，細胞呈卵形，紡錘或橢圓形，外表一層膠質的包被，前端有一膠柄，附著在其它浮遊動物體上，單細胞或連成不定形的群體或樹枝狀群體，生殖時形成單鞭毛的遊動細胞，在水體中遇到適合的浮遊動物即附生其上。色素體圓盤形，多數。蛋白核有或無，具有明顯食道和眼點。
3、流行情況：此藻附生現象多發生在5月下旬和6月初，即天津地區蝦苗下塘期間，多在pH值小於8.5，總氨量大於0.3mg/L，水體中藻類數量較少的水塘，且多伴有枝角類大量繁殖。柄裸藻的附生主要影響幼蝦的運動和攝食，使其生長緩慢，蛻殼困難；並且水體清瘦溶氧量低，鰓部受損傷，易造成幼蝦呼吸困難，嚴重時導致急性窒息和引起大量死亡。
4、診斷方法：以肉眼觀察，發現蝦體活動緩慢，鰓、附肢呈綠色，取鰓和附肢鏡檢，可見不定形的群體或樹枝狀群體，單細胞下有膠柄附生於鍶或附肢上，偶有單細胞形成單鞭毛細胞游離群體，有明顯眼點，即可確診。
5、防治方法：
⑴加強日常管理，注意調節水質，為下塘蝦苗提供良好的水環境；勿讓枝角類或橈足類繁殖過盛，培養有益藻類。
⑵利用投放茶粕及向池塘注水，刺激對蝦、促使其儘快脫殼，爾後大量換水，最後施肥培育有益藻類。
⑶肥水,降低水體透明度。
附生藻指示作用
附生硅藻及其組合特徵被眾多學者用於指示水生環境腐殖程度、有機污染、無機營養負荷、富營養化、pH、含鹽度等水環境變數。在水資源豐富的尼泊爾,河流湖泊受人類活動干擾逐漸增多，結果顯示硅藻群落結構與棲息地間的關係緊密，即不同棲息地差異較大。該地區硅藻類群與我國西南地區相似，最常見的屬有Achnanthes，Fragilaria，Gomphonema，Navicula 和Nitzschia，河流中最常見的種有Achnanthidium minutissimum，Eolimna minima，Nitzschia palea。
硅藻的毒理學套用研究常通過在室內或室外使用人工基質如載玻片培養硅藻樣品，在無重金屬或農藥污染的樣點培養一定時間後移到污染的實驗區，觀察硅藻原生生物膜的變化。有的研究者將在相對隔絕的野外試驗結果和實驗室的結果作比較分析。研究證實，硅藻生物膜的重金屬或農藥殘餘物積累量總是與其在水中的濃度和在水中停留的時間呈正比。隨著河流重金屬污染的日益加劇，加強重金屬對硅藻的污染生態學、污染進化生態學和保護生態學研究將具有重要意義。
