阿雲之獄，歷史評說多認為，“阿雲之獄”其實是一場變法之爭。雖然如此，但是此案的判處結果卻成為中國古代司法上的一個亮點，那就是關係到古代傳統法律中最重要的刑法適用原則——自首的認定。
登州報奏有一個叫阿雲的女子，在母亡服喪期間許聘給姓韋的男子，她嫌惡此人醜陋，謀殺而沒有殺死。在審問過程中，決定將要檢舉她的時候，她供認了犯罪事實。審刑院、大理寺判定為死罪，用違律為婚的理由奏報皇帝裁決，皇帝赦免了她的死罪。
登州知州許遵上奏，引用《宋刑統》律文中關於“有所因犯殺傷罪而自首的人，可以免所因的罪，依舊按照故意殺傷法處斷”的規定，以阿雲圖謀殺人作為原因，認為應當依“按問欲舉自首”的詔條予以減刑二等論處。刑部核定的意見與審刑院、大理寺相同。當時許遵剛剛任職大理寺卿（中央司法長官），御史台奏劾許遵判決不當，而許遵不服，請求將案件發下內外兩制（參與起草皇帝詔書的官員）討論。於是皇帝命令翰林學士司馬光、王安石共同議論，兩人意見不同，就各持己見分別上奏皇帝。司馬光認為刑部的判決是對的，王安石則支持許遵的判處，皇帝詔命採納了王安石所議。而御史中丞滕甫仍要請求再推選官吏評議決定。皇帝又下詔將案件送交翰林學士呂公著、韓維、知制誥錢公輔重行審定。呂公著等人的議論與王安石一致，於是皇帝制書說：“可以”。可是法官齊恢、王師元、蔡冠卿等對呂公著等人所議不贊同。於是皇帝又命王安石和法官等人共同討論，反覆研究這一案件。
