葉爾羌汗國經歷從阿黑麻汗以來近30年的內部紛爭，中央政權削弱，各地諸侯擁兵自重；汗權衰落，豪強重臣依勢肆行；宗教勢力日益強大，操縱國家權力。阿布都拉哈汗繼位伊始，就很有魄力地調配中央和地方的官員，放逐了一批前朝顯貴。不久又在喀什噶爾處死與前朝關係密切的有名望的人200名，其中有一些宗教上層人士，同時在葉爾羌也處死了約100人。這些措施有力地打擊了貴族豪強勢力，避免了異密擅權，加強了中央汗權。在鞏固了內政後，阿布都拉哈汗對周邊國家和部族多次興兵征戰，但這些征戰多屬掠奪性的，並未能擴大汗國的版圖。崇禎十四至十五年(1641～1642年)阿布都拉哈汗率軍出擊吉利吉思人，在阿克賽(今塔什乾河與納倫河之間)與吉利吉思軍隊相遇，發生激烈戰鬥，葉爾羌軍隊獲勝，取得對吉利吉思作戰中難得的一次大捷，汗國西北部邊境地區得以安寧。
阿布都拉哈汗統治時期，正是明朝與清朝交替時期。他繼續執行其父阿都剌因對明朝的政策，和平相處，友好往來。清順治十二年(1655年)他派使臣去清朝進貢，順治皇帝特加賞賜並降詔褒獎。從此葉爾羌汗國與清朝建立固定友好的關係。
阿布都拉哈汗在位中期(17世紀50年代)，已占據天山以北地區的準噶爾汗國各部加強對天山以南地區擴張，積極干預葉爾羌汗國內政，插手各派勢力間的爭權奪利，成為的嚴重威脅。順治十二至十三年(1655～1656年)以後，準噶爾不斷入侵天山以南地區，深入克里雅(今于田縣)一帶，阿布都拉哈汗集結大軍征討，結果慘敗於尤勒都斯草原。此後準噶爾對葉爾羌汗國的入侵更加頻繁。阿布都拉哈汗生性多疑，既不信任宗室，也不信任大臣，總是不斷用新貴替代失寵者。引起上層統治集團對他的專制日益不滿。其長子堯勒巴爾斯汗在白山派和卓大力支持下。勢力日漸強大，並聯合準噶爾鄂齊爾圖汗反對阿布都拉哈汗。清康熙六至七年(1667～1668年)，阿布都拉哈汗在堯勒巴爾斯汗的強大壓力下放棄汗位，去麥加朝聖，後來死於印度。
阿布都拉哈汗出走後，汗國陷於更加深重的內亂外患之中，堯勒巴爾斯汗與伊斯瑪業勒汗在白山派與黑山派的分別支持下激烈爭奪對汗國的控制，爭相投靠外敵以自重。準噶爾汗國諸部也藉機擴充勢力，支持其內戰，康熙十九年(1680年)葉爾羌汗國滅亡。
