紐約時報2007年11月25日報導,蘇維埃時期的檔案中,有行刑者回憶處決過程的秘密報告。一群業餘人士分析報告後發現,線索就在行刑隊帶頭者尤洛夫斯基的證詞中。尤洛夫斯基表示,其他王室成員或支持者未來尋找沙皇一家遺骸時,會將目標設定為十一具遺體;他們為了混淆視聽,故意將其中兩具屍體焚毀,並埋在另一個地點。
這群業餘人士根據線索,在距離當初發現九具遺體地點約六十米的樹林裡,發現大抵燒得焦黑的兩具骨骸,裡面還夾雜子彈和盛裝強酸罐子的碎片,強酸應是用來毀屍滅跡。這些殘骸發現時的樣子和最早發現的九具屍體類似。
2008年,負責領導DNA鑑定團隊的莫斯科國立大學教授羅格耶夫接受採訪時,表示尼古拉二世全部的孩子,連之前都傳說逃過一劫的安娜斯塔西亞,幾乎都能夠被證實遭到殺害,一個都沒有留下來。
2008年七月,俄國總檢察長辦公室發表聲明說:“使用三種遺傳檢驗完整進行的DNA研究結果證實了一種假設,即第二座墓穴埋葬了瑪麗亞女大公和阿列克謝皇太子的遺體。”