醫院污水含有大量的病毒細菌及放射性污染物，所以對醫院污水處理不可小視。醫院污水處理系統 主要包括污水的預處理、物化或生化處理和消毒三部分。為防止病原微生物的二次污染，對污水處理過程中產生的污泥和廢氣也要進行處理。
預處理：醫院污水處理過程中預處理的主要目的是去除污水中的固體污物，調節水質水量和合理消納糞便，利於後續處理。
化糞池：用於醫院污水處理的化糞池主要有普通化糞池和沼氣淨化池。
預消毒池：預消毒的目的是降低污水中病原微生物的含量以減少操作人員受到病原微生物感染的機會。
一級強化處理
醫院污水的一級強化處理一般採用混凝沉澱、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反衝，操作管理較為複雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫院污水中一般採用混凝沉澱工藝。生物處理
醫院污水採用生物處理，一方面是降低水中的污染物濃度，達到排放標準;另一方面可保障消毒效果。生物處理工藝主要有活性污泥法、生物接觸氧化法、膜生物反應器、曝氣生物濾池和簡易生化處理等。活性污泥法
活性污泥法是以懸浮生長的微生物在好氧條件下對污水中的有機物、氨氮等污染物進行降解的廢水生物處理工藝。曝氣生物濾池
曝氣生物濾池(BAF)是生物膜處理工藝的一種。採用一種新型粗糙多孔的粒狀濾料具有很大的比表面積，濾料表面生長有生物膜，池底提供曝氣，污水流過濾床時，污染物首先被過濾和吸附，進而被濾料表面的微生物氧化分解。目前BAF已從單一的工藝逐漸發展成系列綜合工藝，有去除懸浮物、COD、BOD、硝化、脫氮等作用。工藝特點
(1)出水水質好。BAF可去除污水中的懸浮物、COD、細菌和大部分氨氮，出水SS小於10mg/L。(2)微生物生長在粗糙多孔的濾料表面，不易流失，對有毒有害物質有一定適應性，運行可靠性高，抗衝擊負荷能力強。無污泥膨脹問題。
(3)BAF容積負荷高於常規處理工藝，並可省去二沉池和污泥回流泵房，占地面積通常為常規工藝的1/3～1/5。
(4)需進行反衝洗，反衝水量較大，且運行方式複雜，但易於實現自控。
