為通州市政府主管農林工作的部門，職能主要有：貫徹實施有關農林牧漁生產的方針、政策及法律法規，研究制定全市農林牧漁業發展規劃和年度計畫，負責農林牧漁業結構、布局的調整及建設項目的可行性研究與報批，優質、特色、無公害農產品基地建設和綠色食品的申報認證及管理，承擔全市農業品種、技術、知識更新三大工程項目技術成果鑑定和示範推廣項目及綠化（園藝）規劃的編制與實施。漁業資源的增殖保護和合理利用及海洋的綜合管理與開發，行使漁業行政執法和漁政漁港監督管理權。負責農產品、畜產品的質量檢驗、測試，組織指導全市農作物病蟲草鼠害的監測、預報和防治。開展生態農業和農村能源綜合建設的試點、推廣。組織進行全市農林系統科技人才的培養、職稱評定工作。配合有關部門依法開展農業行政執法、參與農業招商引資、對外技術交流與合作。指導外向型農業發展基地建設和管理，承辦市政府交辦的其他事項。
現任局長，林峰（2007.6.—now)，漢族，1966年出生，江蘇通州人，碩士研究生學歷。主持農林局、海洋與漁業局全面工作。
職能科室7個：辦公室、人事科、業務綜合科、財務審計科、政策法規科、農業生態環境與農村能源科、監察室；
直屬職能單位15個：通州市農林技術推廣中心、通州市作物栽培技術指導站、通州市植物保護指導站、通州市土壤肥料技術指導站、通州市種子管理站、通州市林果蔬菜技術指導站、通州市蠶桑技術指導站、通州市畜牧獸醫站、通州市水產技術指導站、通州市漁政漁港監督管理站、通州市農村能源技術指導站、通州市農林科教管理站、通州市農產品質量檢測中心、通州市農林執法大隊、通州市農林科學研究所。
