1 、漁業生態環境監測及質量評價
長江口及鄰近水域漁業生態環境系統演化的規律
人類活動與漁業生態環境的關係
漁業生態環境變化對漁業生物的影響
漁業生態環境污染綜合防治和生態保護與恢復技術和管理措施
2 、漁業資源動態監測與調查
海洋與河口漁業生物資源、生態學調查及其評估
資源量及總允許可捕量（ TAC ）的預測預報
漁業可持續利用的管理措施與對策
各類漁具的漁撈能力及其對漁業資源、環境的影響評估
資源及作業行為的科學管理與監控
3 、瀕危動物保護
長江口中華鱘幼魚種群特徵及洄游機制的研究
長江口中華鱘種群時空分布及數量變動
長江口中華鱘食性及生長的研究
長江口中華鱘遺傳特徵的調查與研究
長江口中華鱘生理調節及行為特徵的研究
上游水利工程、增殖放流及環境污染物對種群特徵的影響
