全局下設開發區、高新區、城北、千燈、張浦、陸家、周市、巴城、周莊、花橋經濟開發區10個分局；機關設辦公室、人事教育科、法規科、登記註冊科、監督管理科、市場契約監督管理科、外商投資企業登記管理科、消費者權益保護科（食品流通監督管理科）、財務科、監察室等10個科室和1個直屬行政機構--經濟監督檢查大隊。另掛靠崑山市消費者權益保護委員會、崑山市私營個體經濟協會2個社團組織。
蘇州市崑山工商行政管理局主要職責是：
（一）貫徹執行國家有關工商行政管理的法律、法規、規章和方針、政策，負責市場監督管理和行政執法的有關工作，制定全縣(市)工商行政管理規範性檔案。
（二）負責各類企業、農民專業合作社和從事經營活動的單位、個人等市場主體的登記註冊和監督管理，依法查處取締無照經營。
（三）承擔依法規範和維護各類市場經營秩序的責任，負責監督管理市場交易行為和網路商品交易及有關服務的行為。
（四）承擔監督管理流通領域商品質量和流通環節食品安全的責任，組織開展有關服務領域消費維權工作，按分工查處假冒偽劣等違法行為，指導消費者諮詢申訴、舉報受理處理和網路體系建設等工作，依法保護經營者、消費者合法權益。
（五）承擔查處違法直銷和傳銷案件的責任，依法監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動。
（六）負責依法查處不正當競爭、商業賄賂、走私販私等經濟違法行為。
（七）負責依法監督管理經紀人、經紀機構及經紀活動。
（八）依法實施契約行政監督管理，負責管理動產抵押物登記，組織監督管理拍賣行為，負責依法查處契約欺詐等違法行為。
（九）指導廣告業發展，負責廣告活動的監督管理工作，依法查處虛假廣告等違法行為。
（十）負責商標管理工作，依法保護商標專用權和查處商標侵權行為，協調處理商標爭議事宜，推薦馳名商標、著名商標、知名商標，加強馳名商標、著名商標和知名商標的保護工作。依法保護特殊標誌、官方標誌。
（十一）組織指導企業、個體工商戶、商品交易市場信用分類管理，研究分析並依法發布市場主體登記註冊基礎信息等，為政府決策和社會公眾提供信息服務。
（十二）指導直屬事業單位和有關社會團體的工作。
（十三）承辦上級交辦的其他事項。
