藏本英明1934年6月9日上午，日本駐南京總領事館副領事田中向中華民國外交部口頭通知，謂該館副領事之一藏本英明8日晚赴下關送有吉公使之後失蹤，請協助查明下落。中華民國國民政府得訊後，行政院長兼外交部長汪精衛立即下令南京警備司令部及警察廳全力查訪。6月10日，南京警察廳長陳焯復召集各局、隊、所長官，研究擴大訪查辦法，分配尋查任務。復興社特務處處長戴笠指派趙世瑞等特工人員全力查找。
6月11日，中方大舉進行戶口檢查，並於報刊登廣告：“無論何人，如能將該副領事直接尋獲，賞洋一萬元。能知該副領事蹤跡，報告本廳部，而尋獲者賞洋五千元。”軍警連日加強配合，抓緊搜尋。日本外務省卻聲稱：經過三晝夜，仍無任何結果，令人不得不懷疑南京政府當局之誠意，要求南京當局嚴重之措置，並絕對採取強硬態度。
6月12日晨，日本陸續調派驅逐艦赴下關江面游弋。日本總領事須磨彌吉郎通告汪精衛：日政府要求國民政府竭誠調查事件真相，而速謀解決之法。國民政府若以對此事件處理失當，而至發生不測事件，其責當由華方負之。日政府得保留其在事件判明後，要求國民政府道歉、處罰責任者及賠償損害並保障將來之權利。日本外相廣田弘毅在內閣會議上也威脅說：“藏本英明失蹤事件系在中國國都警備嚴重之區域公然對我總領事館員之行為，不論加害者之動機如何，實關係帝國威信之重大事件，故須徹底糾纏南京政府之責任。帝國政府保留最後行動之自由，並要求中國自行著手探索藏本。若對於該提議中國政府不表示誠意，帝國政府第二階段之行動，即認中國為無組織國家之常例，無搜尋之能力，我派出之官吏，當舉行實力搜尋。若達最惡之場合時，當使我陸戰隊員實力搜尋之責任。帝國政府依照慣例，對於關係列國，通告我方所取一切手段為公正妥當。由中國方面或由我實力搜尋之結果，判明事件真相後，當使我有吉公使與國民政府開始正式談判，提出下列之條件：一、國民政府之正式謝罪。二、加害者之嚴重處罰。三、嚴正之損害賠償。四、對於將來之保障。”顯然，日本軍國主義勢力企圖以藏本英明失蹤事件為藉口，挑起衝突，擴大對中國的侵略。對此，國民政府軍事委員會委員長蔣介石對藏本英明失蹤表示“嚴重關切”，轉令“首都軍警妥慎尋訪，使真相早白”。
6月13日晨，明孝陵工人魏宗青見一人頗似報載的藏本英明，乃報告中山門警所，警所上報警廳及憲兵部。陳焯立即親往視察。陳焯與藏本英明素識，乃加以慰問。藏本英明初頗委靡，進食後乃述事情原委。略謂：8日晚，我本願送有吉公使赴滬，但汽車坐不下未能送行，心情懊喪，乃雇黃包車出中山門，循中山大道，轉入山徑，上紫金山……我意山中巨獸必多，欲以身飼獸，忽聞豹子叫聲，我即將衣服脫下，供其一啖。但巨豹來回數次，迄未見臨。次日渴甚，到山下找水吃，是晚仍在山上。10日饑渴甚，曾到山下茶館吃茶。回山上後，欲挖一土窟自埋，但絕食二日，身乏無力。11日到山下小麵館吃麵一碗，吃完以衣上金扣作代價。麵館謂下次帶錢來時再歸還。藏本英明起念自殺，乃因其在日本外交界工作二十多年，仍為一副領事，鬱郁不得志；送有吉公使赴滬，藏本英明竟不能在汽車上得一座位，受到極大刺激。
6月14日《大公報》發表社論《藏本案之大白》云：“其失蹤原因，已證明為圖謀自殺，中方無任何責任。”而日方“在並不知其人生死及如何生死之時，已指摘中國應負之責任。種種暗示，皆露出嚴重之姿勢，及不測之情態。此數日中，中國政府幾於擱置一切政務，專辦此案。南京軍警，晝夜活動。數十萬居民，挨戶被搜。城廂搜畢，並及四郊。當局之焦勞，人民之驚慌，皆超越想像，不可形容”。而“日本……尚以中國缺誠意為言。養成習慣，對中國一切太欠缺善意；而斷然處置一套心理，遇機輒發，毫不客氣，此誠不勝遺憾者也”。
6月15日清晨，須磨彌吉郎急忙派員把藏本英明送上輪船前往上海，然後在日警保護下送回日本國內，此後藏本英明再未露面，真正失蹤了。
藏本英明失蹤事件是日本軍國主義分子為發動全面侵華戰爭而策劃的陰謀，他們慣用“日本人在華失蹤”的訛詐伎倆，挑起事端。早在1931年九一八事變時，日本關東軍炸毀瀋陽柳條湖附近日本修築的南滿鐵路路軌，並栽贓嫁禍於中國軍隊，出兵強占東北三省。此次更是不惜用高級別的日本駐南京總領事館副領事藏本英明為誘餌，可見其欲製造的侵略事端將達到何等的程度！
