1981年10月,穆巴拉克當選為埃及第4任總統,任期6年,併兼總理和武裝部隊最高統帥。1982年1月他辭去總理一職,並當選為執政的民族民主黨主席,1998年7月再次當選該黨主席。1987年10月穆巴拉克蟬聯總統,1993年10月和1999年10月分別再次當選為總統。2005年9月,穆巴拉克在埃及歷史上首次有多名候選人參加的總統選舉中贏得壓倒性勝利,第五次當選埃及總統。 9月27日宣誓就職。
穆巴拉克總統執政後,奉行和平、友好和不結盟政策,主張在相互尊重主權和不干涉內政的基礎上同世界各國發展友好與合作關係。1983年9月,國際法學家組織授予他一項和平獎。
穆巴拉克重視發展同中國的友好關係,曾多次訪華。1999年4月被北京大學授予“名譽博士”稱號。
夫人:蘇珊·穆巴拉克(Suzan Mubarak),1995年9月曾來北京出席第4次世界婦女大會。