２００２年１月，美軍在關塔那摩基地內建立了一座監獄，即關塔那摩監獄。由於基地三面臨海，一面有重兵把守，並且有仙人掌和灌木形成的天然屏障，囚犯脫逃和外來者闖入的可能性很小。阿富汗戰爭後，美國將大批“基地”組織和塔利班成員關押於此，並把他們列為“敵方戰鬥人員”，拒絕給予他們《日內瓦公約》規定的戰俘權利。美國雖已釋放或引渡了２７２名囚犯，但目前仍有約４８０名犯人在押。迄今為止，關塔那摩監獄內只有１０名囚犯被指控，但無人被正式審判。
隨著近年來美軍一系列虐囚事件曝光，關塔那摩監獄的惡劣狀況受到國際社會的廣泛關注。聯合國調查人員收集到的照片及錄像等證據顯示，關塔那摩監獄內部分囚犯經常遭到毒打、被強制脫光衣服或者被強行餵食。但美軍一直不承認關塔那摩監獄記憶體在侵犯人權的問題。
今年２月，聯合國公布了一份由５名人權問題專家撰寫的報告，呼籲美國要么審判關押在關塔那摩監獄的囚犯，要么釋放他們並關閉這一監獄，而不要將他們無限期關押。聯合國秘書長安南隨後也敦促美國政府根據聯合國的有關報告，儘快關閉關塔那摩監獄。包括英國在內的美國盟友也紛紛敦促美國政府儘快關閉該監獄。
