遲遲不行的東征
腓特烈二世於1215年在亞琛被他的監護人英諾森三世加冕為帝，當時他還很年輕。教皇希望他能發動一次成功的十字軍，但接下來的時間他忙於鞏固自己在德國、義大利和西西里的地位。1221年，當他正準備出發去參加第五次十字軍東征時，義大利發生了叛亂，使他不得不留了下來。
第五次十字軍失敗後，條頓騎士團長赫爾曼馮薩爾察（Hermann von Salza）來拜見皇帝，建議他娶年輕的耶路撒冷王國女王尤蘭達為妻。1225年8月，剛加冕的女王被馬爾他伯爵亨利從阿克送到義大利。11月9日，31歲的皇帝與14歲的女王在布林迪希結婚。作為個人來說，這是一次悲慘的婚姻，尤蘭達不久就向父親抱怨皇帝勾引她的堂姐妹，皇帝將她送往巴勒莫，在那裡這個17歲的皇后在生下一個兒子、康拉德後6天就去世了。但這次婚姻在政治上是成功的。耶路撒冷王國跟帝國聯成了一體，作為聖地國王的弗里德里希現在可以去實現他10年前的誓言了。
1223年，在Ferentino會議上皇帝當著教皇和約翰國王的面重申了他的誓言，並定下了1225年6月24日這個期限。但到了這一天，他發現仍無法兌現，於是在第二天又在聖日耳曼諾（San Germano）宣布1227年8月15日為新的期限，並煞有其事的保證，提供1000騎士、100艘船、50艘戰艦至少作戰2年，還在羅馬存了10萬盎司金子作為保證金。
破教出門的皇帝
但新教皇格列高利九世不喜歡他，威脅要將他革出教門。1227年夏，他在阿普利亞集結軍隊，由於瘧疾在軍中橫行，7月底林堡公爵先帶著幾千人出發了。皇帝在布林迪希於9月8日登船，還沒出海就和圖林根伯爵一起病倒了。經過三天考慮，他聽從了顧問的勸告，在奧特蘭托上岸治療。但教皇不聽他的解釋，立即將他革出教門。
1228年6月28日，被革出教門的皇帝帶著第二隻部隊出發了。格列高里聽說他沒有來申請寬恕就走了，認為是對自己的不敬，於是第二次將他革出教門。皇帝聽說後只是一笑了之。
但他的一些部下不願跟隨一個被革教籍的人出征，很多人回家了。所以當他抵達巴勒斯坦後，他的軍隊已經大大縮小了。同時，由於尤蘭達去世，很多當地騎士不再把他看作是合法的國王，使他的行動受到了阻力。
無血占領的奇蹟
皇帝在賽普勒斯度過了1228年夏季，9月抵達阿克，教皇的革教令也到了。兩大騎士團宣布跟他斷絕關係，只有條頓騎士團和他手下的騎士們還勉強支持他。皇帝發現自己現在無力發動戰爭，他決定通過談判達到目的。
這時的阿尤布王朝也在經歷著一場內戰，埃及蘇丹卡米勒和大馬士革蘇丹穆阿扎姆之間正因阿尤布王朝的亞洲領土和統治權問題進行著兄弟間的殘殺。為了對付穆阿扎姆，卡米勒決定藉助十字軍的力量來打擊自己的穆斯林兄弟。早在腓特烈二世在巴勒莫未出發時，卡米勒的使者就與他達成一項協定，腓特烈二世派兵支持卡米勒對敘利亞蘇丹的戰爭，而卡米勒將耶路撒冷交付給他作為回報。1227年底阿爾-卡米勒的兄弟、大馬士革總督阿扎姆去世，他的兒子年幼，於是阿爾-卡米勒趁機圍攻大馬士革。他還向在阿克的弗里德里希派去使者，儘量拖延時間。
雙方的情形很相似，都無力作戰，都想獲得一些象徵性的勝利。1228年11月，腓特烈二世嘗試引穆斯林出戰，但蘇丹固守不出，使得他撤退，加固了雅法。由於大馬士革久攻不下，蘇丹決定與十字軍議和，1229年2月，雙方走上了談判桌達成和約。
耶路撒冷、伯利恆、拿撒勒、蒙福爾和托倫城堡以及從耶路撒冷到雅法的走廊地帶歸還基督徒，可以在耶路撒冷修建城牆；穆斯林保留在聖陵和阿克薩清真寺的權利，可以自由出入聖城；簽訂10年的停戰協定；歸還雙方戰俘。
阿爾-卡米勒在名義上吃了虧，他的阿訇們也公開指責他，穆斯林都很不滿。但他清楚，在這種形勢下他可以隨時收回聖城，所以他可以不理會這些指責。
但西方仍在指責皇帝，認為他沒有在戰場上堂堂正正的打敗異教徒，而聖城由於沒有防禦能力，仍要依靠穆斯林的意願而生存。實際上，他對蘇丹的感情恐怕比對自己在西方的敵人融洽的多，在談判中，蘇丹將一封企圖謀害他的信交給他看，他大聲說道：“看，這就是基督徒之間的友誼。”
3月17日，腓特烈二世進入聖城，只有德國人和義大利人陪同他，連教長也沒來，城市大部份是冷冷清清的。18日是星期日，皇帝到聖陵教堂作彌撒，卻連個牧師都找不到，但他大膽的給自己加冕為王了。然後他來到也是空無一人的聖約翰醫院，在那裡建立了宮廷，裝模作樣的發布了一些命令。19日，凱撒里亞大主教來了，要將城市置於自己手下。皇帝怒了，憤然離去，23日回到阿克，那裡他的部下和當地騎士已經鬧成一團。於是他決定回國。
對勝利者的討伐
5月1日晨，皇帝啟程回國了。當地貴族都不認可他的自加冕行為，不承認他是聖地的國王，他的這次訪問式東征也加劇了東方各派間的矛盾。
由於聖地名義上的收復，各國沒有熱情再發動遠征了；教會與皇帝的矛盾不久變得尖銳起來，以至於發動了對皇帝的十字軍；義大利人與穆斯林的商業關係很密切，不想讓戰爭影響他們的生意。這樣，十字軍的大潮一去不復返了。
