人物生平
明崇禎十六年（1643）考取進士。程源慷慨識機變，好談兵，但是為人躁進，被清議所鄙視，不被重用。當時，李自成農民起義軍直逼潼關，孫傳庭屢戰屢勝，驕傲自滿。程源主動給朝廷上疏，列陳防禦十策，建議憑關固守，不可浪戰，未被朝廷採用，孫傳庭最後果然失敗。
明崇禎十七年（1644年），北京淪陷，明朝滅亡。程源南下投靠福王朱由崧，任命為中書舍人。
公元1645年，弘光政權滅亡，唐王朱聿鍵在福建稱帝，改元隆武，程源聞訊前往投奔，任命為太常寺卿，曾奉命使粵。
公元1646年，隆武政權敗亡，桂王朱由榔在廣州稱帝，改元永曆，初任兵部給事中。得到宗室朱榮藩的推薦，加太常寺卿，經理滇黔楚蜀。程源入貴州，投奔王祥於遵義。收復川南，擢僉都御史。王祥叛變，程源於偏橋之役被俘，程源七日不飲不食，並向王祥曉以大義，終將王祥說服，重新歸順明朝。
永曆小朝廷內部黨爭異常激烈，程源也不能倖免。程源被錢邦芑以賣官收贓的名義參劾，撤職查辦。不久加兵部左侍郎，又被金堡所彈劾。
永曆四年（1650），五虎（金堡、袁彭年、丁時魁、蒙正發、劉湘客）失勢，程源藉機上書揭發五虎十大罪。四月，晉升兵部尚書、東閣大學士，賜尚方寶劍。
永曆十一年（1657），交水之戰，程源雖身在孫可望軍，但心在明朝，離間孫軍立功。但作為孫可望的同黨，被削閣職，改任禮部尚書。上書揭發馬吉翔，被馬反咬是孫可望的同黨，程源憤而閉門不見客。
永曆十三年（1659），永曆帝入緬甸，程源隨從至永昌府（今雲南保山），降任禮部右侍郎。
桂王永曆十五年（1661年），明亡。程源悲憤萬分，背發毒疽，含恨而死。（錢海岳《南明史》記載程源化名僧人天目，走至蒙化山中，被清軍所殺）。
家族成員
祖父：程大猷，貢生，歷任山東濱州知府。
兄：程洵，都勻知府，明亡後隱居。
