職能調整
（一）劃出的職能
1、將制定 環境保護 產業政策與發展規劃職能交給市經濟貿易局。
2、將環境保護管理方面法律、法規、規章規定的對社會生活噪聲污染、建築施工噪聲污染的行政處罰權，對飲食服務業油煙污染的行政處罰權交市城市管理執法局。
（二）劃入的職能
1、機動車污染防治監督管理職能。
2、農村生態環境保護職能。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省、福州市環境保護的方針、政策和法律法規，以及地方環境保護條例、規定等規範性檔案。依法對全市環境保護工作實施統一監督管理，防治污染和其它公害，保護和改善生活環境與生態環境。 （二）監督檢查環境保護方針、政策的貫徹執行，協調政府有關部門制訂與環境保護相關的經濟、技術和裝備政策，並監督執行。
（三）組織區域環境預測、評價，制訂環境保護規劃和計畫，並組織實施。
（四）擬定區域環境質量標準執行等級和污染物排放標準，並監督執行。
（五）負責全市大氣、水體、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車等污染防治法規和規章的實施；指導和監督海洋環境保護工作。
（六）調查處理環境污染事故、糾紛和民眾環保信訪，參與公害病調查。
（七）綜合管理轄區內自然保護工作，負責提出省級自然保護區的建設和福州市級自然保護區的區劃和建設意見；負責經濟建設活動引起的生態破壞的控制工作。
（八）組織開展環境監測工作，組織編報環境質量報告書和環境年鑑，發布環境質量公報。
（九）組織實施全市環境統計工作，發布環境統計公報。
（十）貫徹執行國家環保科技政策，組織制訂全市環保科技發展規劃、環保科技攻關，負責環保科技成果向有關部門報送鑑定、評獎、交流和推行。
（十一）實施環保市場和環保產品的監督和管理，組織環保產品的科技開發和推行，以及技術認證工作。
（十二）組織開展民眾性、多形式的環保宣傳教育活動，普及環境保護知識，提高市民環保意識，推動環境保護的社會監督，推動和指導民間環境保護組織的工作。
（十三）組織環保部門職工崗位培訓和繼續教育。
（十四）開展國內和國際間環境保護的合作和交流。 （十五）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室
1、協助局領導協調機關工作。2、制定機關各項規章制度，擬定局機關年度工作計畫、總結，負責會議組織、文電處理、督查、秘書事務、檔案管理、治安保衛、機要保密、信訪和公眾舉報、機關財務、資產管理、行政後勤工作和重大污染事故的情況通報及有關聯絡工作。
（二）監督管理科
1、擬定和組織實施全市建設項目環境保護管理的行政規章、技術政策，並監督實施。2、負責新建、擴建、技術改造項目環境影響報告書（表）的審定和“三同時”把關工作。3、負責全市建設項目環境影響評價證書日常考核、初審工作。4、調查處理環境污染事故。5、負責實施市定環境污染治理工程計畫。
（三）綜合科
1、擬定全市環境保護規劃、計畫，參與制定全市可持續發展綱要與計畫，審核城市總體規劃中的環境保護內容。2、負責環境統計和信息工作，提出年度環境保護統計公報。3、負責鎮（街）及主管部門環境保護目標責任制內容的編制並組織核查、實施。4、擬定並組織實施全市污染物排放總量控制計畫，組織開展污染物排放申報登記、排污許可證發放工作。5、組織實施大氣、水體、噪聲、固體廢物、機動車、有毒化學品污染防治的政策和法規。6、組織擬定和監督實施全市重點流域、重點區域污染防治規劃和“一控雙達標”工作。7、承辦可用作原料的廢物進出口許可證審核工作。8、組織環境保護執法檢查、行政處罰（不含環境保護管理方面法律、法規、規章規定的對社會生活噪聲污染、建築施工噪聲污染、飲食服務業油煙污染的行政處罰權）、行政複議和應訴工作。
