成立20多年來，其科研業務主要分為兩個階段：
第一階段（1979-1990年）為科學考察階段，曾組織省內外40多家大專院校、科研單位近1000人進行科學考察，共採集各類生物標本110多萬號，發現生物1個新科，2個新屬和365個新種，1000多個國內、省內新記錄的種。召開6次學術年會，交流了300多篇各類學術論文。協作出版學術刊物《武夷科學》學刊1-15期，併合作或協助出版《武夷山自然保護區科學考察報告集》、《福建省植物志》1-4卷，《福建魚類志》上、下冊，《福建竹類》、《福建昆蟲名錄》、《福建植被》、《福建棘頭蟲志》和《武夷山生物之窗》等幾十冊專著和科普著作，填補了不少國內、省內空白。這些專著大部分獲得全國和華東地區優秀圖書一、二等獎。
第二階段（1991-2001）為生物專項調查和利用研究，其科研成果主要有：1、1993年10月由本所承擔的"福建省海島植被及資源調查課題"通過專家驗收，並獲得省科技進步二等獎；2、1994年11月"竹山養羊"課題通過驗收，該項目在閩北地區列為技術推廣項目；3、1994年12月由本所承擔與武夷山茶科所合作的"大紅袍岩茶無性繁殖及加工技術研究"課題通過專家鑑定為國內領先水平，在武夷山市獲大面積推廣；4、1996年12月由本所承擔與福建農大合作完成的"窄徑繭蜂資源調查"課題通過專家驗收；5、1998年12月"武夷山脈水生昆蟲資源調查"課題通過驗收，共採集水生昆蟲標本9000多號，48科，257種。其中有新種9種，省內新記錄23種，填補了我省水生昆蟲資源研究方面的空白，具有重要的理論和實踐意義。此外，"福建省珍稀藥用植物'一粒癀'的研究"、"武夷山蘭花種質資源調查及開發利用"正在進行中。建立了蘭花圃，共採集40多個品種、栽培4000多芽蘭花。引種"一粒癀"人工栽培獲得成功。建立"雷竹"實驗基地50多畝，對雷竹進行高產穩產栽培技術等方面的研究，已取得階段性成果。
