職責職能
(一)貫徹執行出入境衛生檢疫、動植物檢疫和進出口商品檢驗法律、法規和政策規定的實施細則、辦法及工作規程，負責所轄區域的出入境檢驗檢疫、鑑定、認證和監督管理等行政執法工作。
(二)負責實施出入境衛生檢疫、傳染病監測和衛生監督，負責口岸傳染病的預防與控制工作，負責出入境人員的預防接種和傳染病監測體檢的管理工作。
(三)負責實施出入境動植物及其產品和其他檢疫物的檢驗檢疫與監督管理，負責動植物疫情監測、調查等工作，辦理國家質量監督檢驗檢疫總局授權的動植物檢疫審批，實施動植物疫情的緊急預防措施。
(四)負責實施進出口商品(含食品)的法定檢驗和監督管理，負責實施一般包裝和出口危險品貨物包裝檢驗，負責進出口商品鑑定管理工作，負責實施外商投資財產鑑定，辦理進出口商品復驗工作。
(五)負責實施對進出口食品、動植物及其產品等的生產(養殖、種植)、加工和存放等單位的衛生、檢疫註冊，負責實施進口安全質量許可和出口質量許可工作，負責實施進出口產品、體系認證和實驗室認可、人員註冊等工作，並監督管理。
(六)負責實施國家實行進口許可制度的民用商品的入境驗證，負責出口、轉口商品的有關出境驗證。
(七)負責實施出入境交通運載工具和偽裝箱及容器的衛生監督、檢疫監督和有關的適載檢驗、鑑定，負責出入境交通運載工具、貨櫃、包裝物及鋪墊材料和貨物的衛生除害處理的管理工作。
(八)負責執行國家、國務院有關部門和國家質量監督檢驗檢疫總局簽署的有關檢疫、檢驗的國際協定、協定和議定書等，負責技術性貿易壁壘協定和檢疫協定的實施工作。
(九)負責簽發出入境檢驗檢疫證單和標識、封識，並進行監督管理。負責出口商品普惠制原產地證和一般原產地證的簽證工作。
(十)負責所轄區域的出入境檢驗檢疫業務的統計，調查和收集國外傳染病疫情、動植物疫情和國際貿易商品質量狀況，提供有關信息。
(十一)負責對所轄區域內各類涉外檢驗檢疫、鑑定和認證機構(包括中外合資、合作機構)以及衛生除害處理機構的監督管理。
(十二)負責出入境檢驗檢疫科技、標準化和信息化工作，負責有關的國際合作與交流工作。
(十三)負責人事管理、教育培訓、外事、財務、基建、物資管理、紀檢監察、審計、精神文明建設和思想政治工作。
(十四)承辦國家質量監督檢驗檢疫總局交辦的其他工作
機構設定
內設處室
食品安全監管處
衛生檢疫監管處
動植物檢疫監管處
辦公室
法制處
通關業務處（對台工作辦公室）
檢驗監管處
認證監管處
風險管理處
科技處
人事處
離退休幹部處
計畫財務處
機關黨委辦公室（政工處）
監察審計室
直屬單位
國際旅行衛生保健中心
福建出入境檢驗檢疫局信息中心
福建出入境檢驗檢疫局機關服務中心
福建出入境檢驗檢疫局檢驗檢疫技術中心
掛靠單位
福建省檢驗檢疫協會
中國檢驗認證集團福建有限公司
分支機構
福建出入境檢驗檢疫局福州保稅港區辦事處
寧德出入境檢驗檢疫局
福州出入境檢驗檢疫局
平潭出入境檢驗檢疫局
福建出入境檢驗檢疫局郵件辦事處
福建出入境檢驗檢疫局武夷山辦事處
福州機場出入境檢驗檢疫局
東山出入境檢驗檢疫局
龍巖出入境檢驗檢疫局
南平出入境檢驗檢疫局
三明出入境檢驗檢疫局
福清出入境檢驗檢疫局
莆田出入境檢驗檢疫局
泉州出入境檢驗檢疫局
現任領導
支毅隆：局 長、 黨組書記
詹開瑞：副 局 長、黨組成員
井 偉：副 局 長、黨組成員
陳佳木：副 局 長、黨組成員
朱曉南：副 局 長、黨組成員
郭忠鵬：副 局 長、黨組成員
方宇健：紀檢組長、黨組成員
林光龍：黨組成員、福州局局長
執法隊伍
福建局擁有一支高素質技術執法隊伍，涵蓋理學、工學、醫學等多個學科以及臨床醫學、獸醫、機械等30多個專業。截至2008年9月底，全局系統在編人員1060名，其中，專業技術人員1018名(事業單位高職人員52名、正高11名，研究生以上160名、博士13名)，享受國務院政府特殊津貼專家12名，國家質檢總局百千人才工程人選4名。
檢測實力
福建局擁有1個技術中心及9個下屬實驗室構成的兩小時車程檢測網路和1個保健中心及10個分中心、1個監測點構成的傳染病防制網路，建立了國家鞋檢中心等8個國家級重點實驗室和國家質檢總局輕紡產品檢測中心等13個區域中心實驗室。實驗室檢測儀器設備總值14681萬元，其中20萬元以上設備166台(套)；實驗室2004年參加英國中央科學實驗室食品化學項目能力驗證，榮獲全球五佳實驗室之一。截至2008年6月底，技術中心實驗室獲得CNAS認可和CMA計量認證的檢測項目達289類產品1098個標準；保健中心一次性通過ISO9001認證和ISO\IEC17025認可聯合評審；媒介鑑定項目達9大類130種，媒介病原體檢測項目達8類11項；保健中心現有生物安全、HIV確證等高水平實驗室，是公安機關指定的依賴性藥品監測中心和藥監局指定的藥工體檢5家定點單位之一。
科技研發
“三檢合一”以來，福建局累計參與承擔科技部科研課題4項；主持承擔國家質檢總局科研課題57項，參與國家質檢總局重點項目6項；承擔國家標準項目38項，行業標準項目108項；承擔福建省科研課題34項。共有30項科研成果獲國家質檢總局科技興檢獎，10項科研成果獲福建省科學技術獎。2006年技術中心梁鳴同志榮獲國家質檢總局科技興檢獎一等獎，這是福建局第一次作為項目主持單位獲此殊榮；2006年首次承擔福建省重大專項課題的研究，獲得300萬元科研補助經費。2007年首次作為主持單位榮獲中國標準創新貢獻獎二等獎，成為全國質檢系統2007年度獲二等獎及以上的兩家單位之一。
業務數據
2000年至2008年上半年，福建局共檢驗檢疫出入境貨物382.33萬批、1299.25億美元，其中2008年上半年檢驗檢疫出入境貨物25.13萬批、114.59億美元，分別比2000年同期增長92.3%和175.3%。共檢出不合格出入境貨物1.41萬批、27.84億美元，截獲進境動植物疫情13716種次，在出入境人員中發現病例及陽性體徵者9.45萬人次。
基礎設施
福建局現有基礎設施占地20.71萬平方米、建築面積17.17萬平方米、原值3.55億元(其中辦公用房建築面積12.81萬平方米、原值3.08億元)，分別是“三檢合一”時的3.88倍、3.01倍和4.55倍，其中2003年啟用的“國檢廣場”獲得我國建築行業工程質量的最高榮譽——魯班獎。
文化建設
福建局先後榮獲全國精神文明建設工作先進單位、十年全國青年文明號活動優秀組織獎、1996-2000年全國法制宣傳教育先進單位和省級文明單位、黨建先進單位、防非先進單位、平安福建建設先進單位等榮譽稱號。全局系統有10個全國級、14個省級青年文明號，3個全國級、4個省級巾幗文明崗和11個省級文明單位，2個分支局被評為全國創建文明行業先進單位；福州機場辦2007年在全國質檢系統中惟一獲得全國五一勞動獎狀；福建局保健中心2008年被中華婦女聯合會授予全國三八紅旗集體榮譽稱號；福建局援川衛生防疫服務隊及臨時黨支部分別榮獲全國質檢系統抗震救災先進集體和先進基層黨組織稱號；在全省民主評議政風行風工作中，福建檢驗檢疫系統的滿意率連續多年位居前列。
