祥雲庵座落於廣東省梅州市梅縣城東鎮書坑村的深山之中，人稱“小陰那”，離城約8公里。始建時間不詳，該寺牆上碑文記載明嘉靖年間已有善信施田給該寺，說明此寺在明代已存在。祥雲寺因兩件事而聞名於世：一是清初，該寺住持為明末崇禎太子、“ 山大和尚”朱慈烺，圓寂後修有墓塔供人朝瞻；二是民國初年，該寺是梅州二大比丘尼庵之一。
關於太子和尚住庵之說，見於該寺大殿右側牆上鑲嵌的《真愧比丘記略碑》上，其碑主要是為保障祖宗墳墓嘗田所立，其中關於明太子朱慈烺的記述如下：
“祥雲庵僧慧日，別號真愧者，與予交遊久深，愛其三戒受持，六根清淨，談經法秩秩有條，說業因鑿鑿可據。一日，過訪盤桓，殷勤留宿，燈光下，前席向予曰：僧今七十有五，肌日癯，病日加，莫知旦夕，生平事未對人言，人亦無有知之者。敬悉陳子居士之前：僧馬姓，祖居平遠義田郡之長田鄉礤上，世族亦頗蕃衍，惜予幼失怙恃，將甫九齡，投拜山大和尚座下為孫，追隨躑躅，幾歷風波。閱年二十有六，謬為師所吹噓，命住持祥雲庵，未幾，師游交趾矣。彼時荒涼寂寞，粥不繼，殿堂棟折榱崩，每嗟風雨飄搖，即思重建，恨力有不逮，且子食急而子居緩。山下田數畝，荒者墾而辟之，狹者鋤而廣之。居數年，暫無枵腹之虞。俗卜日建庵，重整梵宇，無何福薄緣淺。師自海旋，寓羊城報資寺，遽爾圓寂，訃至隨往運其骸歸葬庵之左側焉。延至四十有二始鳩工，庀材而更新之，總計費用百有餘金，所募而得者僅十之一二，余皆己所銖積。”
祥雲庵是著名的客家寺院，而在所的官方史志里均無記載，據朱紀敦《祥雲庵及崇禎太子墓存疑》一文里說：“現存的溫仲和《光緒嘉應州志》中‘寺觀’部分未提到祥雲庵，從溫仲和在書中引用的材料可知，他以葛三陽、劉廣、王之正、文晟等人編撰的《程鄉縣誌》和《嘉應州志》為依據。其中最早的本子是‘葛志’。葛三陽是清初順治朝程鄉縣令，從李二何寫的《程鄉縣誌序》（見《李二何先生文存》）可知，李二何也參與葛志的修撰，並經他終審定稿。晚清溫仲和主修的《光緒嘉應州志》未收入祥雲庵，顯然是因前代各家志書的‘寺觀’中未收入祥雲庵。而康熙時劉廣聰、乾隆時王之正及後來的文晟在修志時又以葛志為依據。所以各家志書未提及祥雲庵顯然是源於最早的葛志不提祥雲庵。葛志是李二何參與修撰的，崇禎太子削髮為僧後隱居該庵，李二何是當事人，是知情者，為了保守秘密，不暴露太子的隱居地，以便更好地保護太子的安全。這顯然是李二何等人修葛志時避而不提祥雲庵的原因。否則，難以解釋各家志書的‘寺觀’部分何以會漏掉‘小陰那’這座如此重要的名山古剎。”
祥雲庵在民國初轉住尼眾，解放初又再住僧眾直到現在。祥雲庵占地約2000平方米，建築面積約600平方米，主體建築由香港余捷慶、陳梅冰夫婦捐巨資重修。“山大和尚”的佛塔重建在庵頂左上方，常有遊人慕名而來憑弔這位明朝末代太子。
