《澹生堂藏書目》收書內容很有特色。不以宋槧之版為貴,而以實用為先。多收為一般人所不重視的地方文獻和俗文學,“凡涉國朝典故者,不特小史宜收,即有街談巷議,亦盡錄”。收錄府志94種,縣誌320種,另有小說、戲曲多種。收書注重類別,強調學術源流,多藏抄本,且校勘精良,全祖望稱:“其所抄書,多人所未見,校勘精核,紙墨潔淨。”鑑別有方,提出了“審輕重,辨真偽,復名實,權緩急,而別品類”的鑑別標準。
著有《澹生堂集》、《兩浙著作考》等43種,239卷,還輯有《國朝徵信叢錄》,編有《澹生堂明人集部目錄》等。其著作在清初視為禁書,流傳很少,屬於目錄學著作的,僅存《澹生堂藏書約》和《澹生堂明人集部目錄》。