背景
從《全國藥品流通行業發展規劃綱要(2011-2015年)》提出“鼓勵連鎖藥店積極承接醫療機構藥房服務和其他專業服務”，到商務部試點“由社會零售連鎖藥店承接基層醫療機構的藥事服務”，再到近期各地不斷出台的基藥政策——種種跡象表明，基層醫院藥房改革不斷升溫，社會藥店在醫藥分開及基藥的銷售中將扮演更為重要的角色。優勢
社會藥店承接醫療機構藥房服務並非沒有先例，但是失敗者居多，目前仍在嘗試的大多處境艱難。對此，有專家表示，社會藥店承接基層醫療機構藥事服務是破解當前醫改難題的關鍵，可以有效避免醫療資源浪費。
社會藥房自醫改以來，國家和地方投入了大量的資金，用於醫療機構的建立和完善。將政府辦醫療機構作為醫療保障體系建設的重點無可厚非，但資源的浪費卻觸目驚心——截止到2012年底，基層醫療衛生機構中，社區衛生服務中心(站)33562個，床位數132.4萬張。
從社會藥店與基層醫療機構對比來看，社會藥店有能力承接基層醫療機構藥房職能。首先，全國現有近40萬家藥店，數量遠高於基層醫療機構，且布局能滿足患者對藥品，特別是常用藥品的可及性和便利性需求；其次，社會藥店均須在規定的時間內通過GSP認證，在藥學專業人員配置、藥品質量保證、服務質量管理等方面已能滿足患者需求。
根據2012年衛生和計畫生育事業發展統計公報，每千人口執業(助理)醫師為1.94人，藥學人員的缺乏使得藥學服務難以滿足患者需要，相比之下，社會藥店更具優勢。基層醫療機構不設藥房的好處顯而易見，不但可以減輕經濟負擔，將更多的人力物力用於醫療方面，還可以提高整個社會的勞動效率，推動社會發展。
然而，也有業內人士認為，由社會藥店承接醫療機構藥房必須有一個大前提，就是社會藥店的水平提高，藥師能保證病人的用藥安全。現階段，我國由社會藥店承接醫療機構藥房，還沒達到以上要求，《藥師法》尚未出台，現行的法律法規也明確醫療機構才是藥事服務的主體，社會藥店或流通企業在這方面並無法律許可權，不利於用藥安全。
外包爭議
值得注意的是，將醫療機構藥房經營權外包，藥房藥師難以開展臨床藥學服務及提升技術水平的問題備受詬病。三九集團承包廣西、山東等地的9家二級醫院藥劑科、南京醫院藥房託管等都以失敗告終，原因在於藥房外包、租賃、託管等模式，僅從經濟角度考慮的醫藥分離把政府應該承擔的責任推給企業去承擔，這對患者用藥造成嚴重的安全隱患。在將醫療機構藥房經營權外包的改革中，若缺乏有效地監督制約機制，易導致腐敗現象的產生，從而造成服務價格上漲、社會階層差距拉大、民營主體形成新壟斷等問題。而上述專家認為，醫療機構藥房藥師的主要職責是審核處方、調配藥品、向患者進行用藥指導等，這與社會藥店藥師的職責是相同的。醫藥分開後，藥師的職責不會發生變化。屆時，社會藥店調配藥品的數量將大大增加，利於藥師接觸更多用藥案例，促進藥師技術水平的提升和用藥情況的反饋。
另外，醫療機構尤其是大型醫院應該加大臨床藥學工作的力度，為合理用藥提供臨床依據。可以從條件成熟的基層醫療機構逐步試點鋪開，再逐步向更高層級的醫療機構推行。
同時，由現有的社會藥店承擔基層醫療機構的藥品供應，從基層醫療機構開始進行醫藥分開的探索，新建社區醫療衛生機構不再設定藥房，將藥店納入醫療保障體系，使社會藥店與公立醫療機構一同享受國家的政策補貼，在公平的環境下進行良性競爭，促進醫藥衛生事業良性發展。
