歷史沿革
1975年，石河子農學院編輯出版《兵農科技》（油印本）。
1976年，《兵農科技》更名為《科技通訊》（鉛印本）。
1983年，在出版《科技通訊》40期的基礎上，《石河子農學院學報》創刊編輯出版。
石河子農學院學報1983年和1987年，為年刊。1984－1986年，為半年刊。
1985年，獲得ISSN中國國家中心分配的國際標準連續出版物號ISSN 1000－2855。
1988－1989年，為半年刊。
1985年，參與清華大學主持的中國高校學報論文摘要（英文磁帶版）CUJA研發工作。
1986年，經新疆維吾爾自治區文化廳進行了期刊登記，獲準編輯出版，批號新字第872號。
1988年，批號變為新疆維吾爾自治區期刊登記證第872號。同年，獲取美國國際CODEN中心分配的國際期刊刊名CODEN代碼：SNOXEQ。
1990－1991年，每年出版3期。1992年，學報改為季刊。
1994年1月，獲批中國國內統一刊號CN65—1161/S。
1997年1月，經新疆維吾爾自治區出版局批准，更名為《石河子大學學報（自然科學版）》，國內統一刊號變更為CN 65-1174/S；5月ISSN號變更為1007－7383。同年，CODEN代碼變更為SXZKFB。
2000年，CN號變更為65-5009/N。
2001年，學報頁碼增至94頁；開始刊登醫藥、衛生方面的研究論文。
2004年，學報由季刊變更為雙月刊；開設農學·植物保護、園藝·林學、畜牧·獸醫、生物·生態、醫藥·衛生、力學·建築·水利工程、機械·電氣工程、化學工業·食品工程、數學·物理學·化學、計算機技術·信息工程10個專欄。
2005年，頁碼由92頁增至132頁。
2007年，CN號變更為CN 65-1174/N。
2014年11月，正式入選國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊。
2018年9月，《石河子大學學報（自然科學版）》第六屆編輯委員會成立。
辦刊條件
欄目方向
截至2015年12月，《石河子大學學報（自然科學版）》設有農學·植物保護、園藝·林學、畜牧·獸醫、醫學·藥學、生物·生態、化工·材料·食品、建築·水利工程·力學、機械·電氣工程、計算機技術·信息工程、數學·物理10個欄目。
學報主要刊登生物科學、農業科學、醫學、理工科、數學、物理、化學自然科學各學科基礎研究和套用研究方面的學術論文。
人員編制
《石河子大學學報（自然科學版）》第一屆編輯委員會（1997—2000年）共21名委員；第二屆編輯委員會（1997-2000年）共23名委員；第三屆編輯委員會（2005—2009年）共46名委員；第四屆編輯委員會（2010—2013年）共47名委員；第五屆編輯委員會（2013—2016年）共59名委員。
辦刊成果
出版發行
截至2015年12月，《石河子大學學報（自然科學版）》為雙月刊，中國國內外公開發行，132頁，逢雙月25日出版，印量為1000冊/期，發行、交流覆蓋全國98個省市圖書館、800多所高校圖書館及300多個科研院所。
據2018年11月8日中國知網顯示，學報共出版文獻3966篇。
據2018年11月8日萬方數據知識服務平台顯示，學報共載文2925篇，基金論文1670篇。
年度總文獻量（據2018年11月8日中國知網顯示）收錄情況
1990年11月20日，《石河子農學院學報》被中國高等院校自然科學學報研究會CUJA文獻資料庫收錄。
1994年3月，成為國家科委科技信息司等聯合推出的中國科學技術期刊文摘資料庫（英文版）（CSTA）首批入選期刊。
1996年，被“中國學術期刊（光碟版）”全文收錄，是其首次入選期刊之一，為CNKI期刊全文資料庫（CJFD）、中國學術期刊綜合評價資料庫（CAJCED）刊源。
1997年，被美國化學學會化學文摘社編輯出版的世界著名檢索工具美國化學文摘（CA）收錄。
1999年11月，成為中國科學技術信息研究所國家“九五”重點科技攻關項目“萬方數據資源系統”數位化期刊群首批入選期刊。
2004年，被中國科學技術信息研究所、萬方數據股份有限公司“中國核心期刊（遴選）資料庫”收錄。
2005年6月，被中國生物學文摘數據中心、《中國生物學文摘》和“中國生物學文摘資料庫”收錄。
2006年1月，被科技部西南信息中心、重慶維普資訊有限公司“中文科技期刊資料庫（全文版）”收錄。
2007年7月，獲得中國科學技術信息研究所頒發的中國科技論文統計源期刊、中國科技核心期刊收錄證書，並被《中國科技論文與引文資料庫》（CSTPCD）收錄。
影響因子
據2018年11月8日中國知網顯示，《石河子大學學報（自然科學版）》總被下載502313次、總被引21118次、（2018版）複合影響因子為0.676、（2018版）綜合影響因子為0.451。
據2018年11月8日萬方數據知識服務平台顯示，《石河子大學學報（自然科學版）》被引量為13515、下載量為80058；據2015年中國期刊引證報告（擴刊版）來源數據顯示，學報影響因子為0.662，在全部統計源期刊（6735種）中排第2250名，在大學學報（自然科學）（269種）中排第30名。
榮譽表彰
1992年11月4日，中國高等院校自然科學學報研究會CUJA委員會向《石河子農學院學報》頒發紀念CUJA創建10周年綜合數據三等獎榮譽證書。
1996年6月，獲第三屆（1994－1996年）新疆優秀科技期刊綜合效益獎。
1999年10月，獲第四屆（1997－1999年）新疆優秀科技期刊三等獎。
2003年12月，獲2002－2003年新疆優秀科技期刊獎暨二級期刊。
2005年8月，獲2004－2005年新疆優秀科技期刊三等獎暨二級期刊。
2007，學報首次躋身“中國科技核心期刊”之列，至2015年連續第9年入圍“中國科技核心期刊”。
2008年2月，獲2006－2007年新疆優秀科技期刊二等獎。
2006、2008年，連續獲教育部科學技術司、中國高等學校自然科學學報研究會首屆、第2屆“中國高校科技期刊特色獎”；至2015年，先後獲得第3、4、5屆中國高校優秀科技期刊獎。
2010、2012、2014年，獲得第三屆、第四屆、第五屆中國高校科技期刊優秀獎。
文化傳統
•辦刊宗旨
立足石河子大學，面向中國國內外，注重學術性，及時報導最新的科技研究成果，促進中國國內外學術交流與合作，為教學、科技的進步和社會發展服務。
期刊領導
現任領導
第六屆編輯委員會主任委員、主編：葉含春
歷任領導
| 時期 | 屆次 | 職務 | 姓名 | 任期 |
| 《石河子農學院學報》 | 第一屆 | 主任 | 王三 | 1983—1994 |
| 第二屆 | 主任 | 樂錦華 | 1994—1997 | |
| 《石河子大學學報（自然科學版）》 | 第一屆 | 主任委員 | 向本春 | 1997—2000 |
| 主編 | 時芳斌 | 1997—2000 | ||
| 第二屆 | 主任委員 | 向本春 | 2001—2004 | |
| 主編 | 楊磊 | 2001—2004 | ||
| 第三屆 | 主任委員 | 向本春 | 2005—2009 | |
| 主編 | 向本春 | 2005—2009 | ||
| 第四屆 | 主任委員 | 向本春 | 2010—2013 | |
| 主編 | 向本春 | 2010—2013 | ||
| 第五屆 | 主任委員 | 向本春 | 2013-2016 | |
| 主編 | 向本春 | 2013-2016 |
