人物生平
初入仕途
1558年（嘉靖三十七年），中舉。1559年（嘉靖三十八年），時年22歲的石星考中進士。觀政後，授予行人司行人。
因言獲罪
1567年（隆慶元年）十月，擢拔為吏科給事中。明穆宗即位後，石星上疏切諫，提出了規諫六條，即養聖功、講聖學、勤視朝、速俞允、廣聽納、察讒譖。明穆宗看了勃然大怒，以“訕上罪”，處以六十杖刑，貶斥為民。在同鄉好友穆文熙的護持下，石星經過一晝夜才甦醒過來，兩人同舟回歸故里。
累官升遷
1572年（隆慶六年）六月，明神宗朱翊鈞即位，吏部要求起用隆慶年間因言獲罪的官員，石星名列其中，得復原職。八月，石星由給事中晉升為尚寶司少卿。
1574年（萬曆二年）八月，石星由尚寶司少卿改任大理寺右寺丞，不久又升為大理寺左寺丞。
1575年（萬曆三年）十月，石星又升為大理寺右少卿。
1576年（萬曆四年），任南京太僕寺卿。
1577年（萬曆五年），石星因不滿首輔張居正的奪情，而上疏彈劾張居正，最終解職歸田。
1582年（萬曆十年）十二月，在張居正逝世後，石星被重新啟用為太僕寺卿。
1584年（萬曆十二年）初，石星由左僉都御史升為左副都御史，協理院事。八月，升為兵部左侍郎。
1587年（萬曆十五年）二月，因總督陵工的工部尚書楊兆病故，明神宗任命石星為工部尚書代理總督，全權負責定陵修建事宜，此間他針對黃河和京杭運河的治理問題都提出了切實可行的建議。
1588年（萬曆十六年）九月，石星以督建陵工有功，加太子少保。
1590年（萬曆十八年）三月， 石星改任戶部尚書，當時國家經費開支很大，國庫空虛，石星和其他大臣共提出14條改革措施。下達後，督撫等掌權者因減少了軍費而悵然不樂，可是國家和百姓卻受惠不少。
1591年（萬曆十九年）九月， 當邊疆多事成為明王朝直接的威脅時，石星又由戶部尚書改為兵部尚書，掌管兵部。
封貢之議
1592年（萬曆二十年）二月，哱拜之亂發生，石星挑選精兵良將奔赴寧夏前線，並日夜思慮破敵之策，終於於九月平定寧夏哱拜之亂。四月，日本關白（相當攝政王）豐臣秀吉派兵10萬大舉入侵朝鮮，登釜山，陷王京，占平壤，侵占了朝鮮八道中的七道。朝鮮向明朝緊急求援，明廷認為中朝乃唇齒關係，不能不救，石星也力主一戰。於是，明廷以宋應昌為經略、李如松為東征提督，率南兵火速援朝。明軍入朝後，在朝鮮軍民的配合下，光復平壤，收復開城，日軍節節敗退，放棄王京，退守釜山。這時，浙人沈惟敬私向石星獻封貢（封豐臣秀吉為日本王，向日本國納貢）和議之策，石星也感到打下去國力難繼，加之首輔趙志皋也竭力主和，於是石星動搖了主戰的決心，轉而倡導和議。而豐臣秀吉也有假意求和，誘明撤兵，以便為捲土重來的陰謀爭取時間。這樣，雙方一拍即合。但由於明廷用人不當，使臣謊報交涉成果，蒙蔽欺騙朝廷，萬曆帝和石星等人還認為和議進展順利。
庾死獄中
1597年（萬曆二十五年）二月，豐臣秀吉發動了第二次侵朝戰爭，朝鮮使臣又來哭訴求援，封貢和議之策宣告失敗。作為負責人的石星被革職。隨後朝臣開始上疏彈劾石星，這時首輔趙志皋為了推卸責任，也把議和失敗的責任一股腦兒推到石星身上，萬曆皇帝勃然大怒，立即下詔將石星下獄論死，妻孥發配廣西。
1599年（萬曆二十七年）九月，石星病死在獄中。
主要成就
政治成就
治理河務
河務問題是一件關係到國計民生的大事，在石星作為工部尚書期間，黃河問題被提上日程，石星首先向明神宗上疏請求解決河務。隨後，石星又支持由潘季馴作為河務總督，並提出了六條建議。對於治河的現狀，石星認為治理黃河的當務之急是修復、加固河堤，充分認識河北省在治河工程中的重要地位。鑒於黃河湍急之處對河堤沖刷嚴重，石星主張用石堤以確保民生無虞，萬無一失。針對治黃與保漕的矛盾之處，石星希望有司能夠統籌安排，不能因為保漕而拖欠、剋扣河工的工錢。在最後，石星肯定了潘季馴在治理淮、徐時所採用的“建堤束水，以水攻沙”的治理方案，並主張在河南繼續推行，正是在石星的工部尚書任上，潘季馴有效地抑制了黃河的泛濫成災，並深刻地影響著以後的治河方法。
京杭大運河是大明帝國的大動脈，通暢與否直接關係到大明帝國的南北溝通、物質運輸、人員交流政治經濟和諧等系列問題。運河長期的運營，卻得不到及時的整治疏浚，已經開始阻礙政治、經濟、文化的正常交流。在河道不暢、堤壩不修的情況下，石星於萬曆十七年七月上疏明神宗。主張從淮揚和山東兩地綜合治理雙管齊下，並充分尊重潘季馴的治河策略。在明神宗和首輔申時行的支持下，運河工程按部就班的進行，並最終煥發生機，繼續發揮大動脈的作用。
開源節流
從萬曆十八年三月到萬曆十九年八月的一年多時間裡，石星居戶部尚書，除早期大部分精力花在了修建定陵外，在主政期間一直著力推行充裕國庫、維持國家正常運行的政策。萬曆十八年五月，石星就太倉銀數奏報明神宗，鑒於國家用錢的地方多但國庫空虛的財政現狀，石星在明神宗的支持下著手節流的財政改革。針對邊境地區軍官貪瀆、虛冒等問題提出了五條措施，又匯合重臣建議共十四條，並馬上執行。這些意欲充實國庫的措施主要是在九邊督撫所率領的軍隊中推行，針對官員貪瀆、吃空餉等問題提出的，政策實施以後軍需有所削減，軍隊方面雖然不滿，但國家和老百姓都受到了實惠。
這時明朝經歷二百多年，初期確立的軍屯和民屯制度，隨著時間的流逝，逐漸走向破落。大量土地被豪強地主霸占，普通農民失去土地，處於流離失所的境地。伴隨而來的是大量財富流入權貴手中，而太倉空虛。因此，在推行減省的同時，石星接受樊玉衡所疏的力在開源的屯政四議，旨在從豪富口中奪得一杯羹以安定即將餓死的平民百姓，進而達到農民繳稅充實國庫的目的。並於萬曆十九年三月上報明神宗請行。在著力解決屯田的同時，萬曆十九年四月，石星針對農戶”乞行均丈之法“，這不是拾張居正新政的牙慧，而是在人亡政息之後針對財政問題覓求解決之道的再探索。
軍事成就
平定哱拜
萬曆二十年（1592年），寧夏哱拜兵變，於二月十八日殺死了巡撫黨馨和河西副史石繼芳，三遍震動。時任兵部尚書的石星上了《請掘河灌城疏》疏，提出了水淹寧夏城的策略。同時鑒於兵變的多發性，以及黨馨事事加以裁抑所激發的矛盾，他在積極準備征戰的同時，還希望能夠通過招撫解決問題。雖然最終招撫沒有成功，但水淹寧夏城的策略卻取得成功，這加速了平定哱拜叛亂的速度。而哱拜叛亂的的平定，宣揚了明朝在西北邊境的國威，沿邊的蒙古各部攝於威勢，相當長一個時期不敢輕易入塞騷擾。
安撫播州
明朝沿襲歷朝少數民族地區統治制度，在西南地區設定土司（土官），授予當地民族首領以職位，實行間接統治。但是因為中央政府統治政策以及民族離心力等問題，土司經常發動武裝叛亂，朝廷一般採取的對策是平定叛亂、改土歸流。隆慶五年（1571年），楊應龍承襲播州宣慰使一職。萬曆十四年（1586年）又賜他都指揮使銜。楊應龍看到朝廷每到征討必調撥土司兵馬，而四川兵馬又羸弱難擔重任，因而驕橫跋扈，甚至藐視朝廷法紀。萬曆二一年（1593年），楊應龍叛亂。兵部尚書石星鑒於哱拜剛剛平定，朝鮮戰場激戰正酣，播州事物不宜戰爭解決，支持合議，這為以後訴諸於武力解決贏得了時間。在解決播州問題時，當局必須把與播州毗鄰的水西土司考慮戰略全局中去，因此圍繞著水西土司問題展開了系列爭論。為了穩定水西土司不使其轉入播州事件，不予以楊應龍聲援，石星做了很多工作，在水西宣慰使安疆臣請求為父親安國亨舉行撫恤典禮時，寫下手札出示給安疆臣，要他到楊應龍那裡催促楊應龍到官府認罪，便可赦免楊應龍的罪行，安疆臣便帶著手札前往播州招撫楊應龍。同時表態，屬於水西土司的地盤會予以歸還，以穩定水西土司。同時又令李化龍募兵以威懾。經過兵部恩威並施多方面的制衡調節，播州地區暫時得以平靜，為明朝集中全力解決朝鮮問題贏得了時間。
出兵朝鮮
萬曆二十年（1592年）四月，日本入侵朝鮮。很短的時間內就攻陷王京，侵占朝鮮七道。朝鮮向明廷告急。當時，明政府對朝鮮局勢持懷疑態度，石星在這個問題上也保持了審慎態度。不過在確認了豐臣秀吉入侵的真實性後，兵部除把事情報告給明神宗外，還加固了沿岸防備。
明代，在以中國為中心的朝貢體系中，朝鮮、琉球、越南與明政府保留了最緊密的宗藩關係。不管是基於宗主國的責任還是大國維護地域和平的長遠考慮以及自身安全，明政府必須對日本這種無視中國為核心的朝貢體系下宗藩國利益的行為施以必要的懲罰。石星在判定了日本入侵朝鮮這一事實後，承諾平定哱拜叛亂後即救援朝鮮。但是在明政府中並不是所有的朝臣都能認識到這種必要性，針對出援仍有不少反對意見。但石星在面對各種非議時，仍然堅持救援。隨著爭論的廣泛和深入，明朝官員對出援的必要性有了充分的認識。最終，明神宗做出東征御倭援朝、接納朝鮮國王避難的決定。明朝軍隊正式出兵朝鮮，並最終取得了戰爭的勝利。
人物評價
明文學家沈德符：石東泉，先朝直臣，為司徒時，正繼宋莊敏之後，心計操守，不減前人，久任計曹，國計必裕，忽移之兵部。值關白事起，力任貢封，遂致僨轅。
清學者王鴻緒：星直節震天下，沉毅篤實，居官有重望，然本文士不長於兵，力主沈惟敬封貢議，竟以此敗。
清啟蒙思想家魏源：石星直節震明代，及任本兵，日本之役惟調停賄款。故知承平直諒之士。難盡責以臨危應變之才也。
親屬成員
妻妾
原配鄭氏，隆慶元年（1567年）正月，石星上疏論事，觸怒隆慶帝被廷杖六十，鄭氏誤聽石星被杖斃，撞柱而死。
繼室魏氏，早卒。
繼室高氏，魏氏去世後續娶。
石星前後共納有李氏、袁氏、周氏、何氏四妾。
兒子
長子石茂侖。鄭氏所生，成年後娶同鄉太學生谷永治女為妻，以父親功勞蔭官身，任職後軍都督府，於萬曆十九年左右去世。
次子石茂恩，高氏所生，萬曆十六年正月出生。因為父親平哱拜的功勞蔭錦衣衛世襲正千戶，後又因為父親調度有功，蔭錦衣衛世襲指揮僉事。石星因為東封之事下詔獄後，年僅九歲的石茂恩也被發配到柳州煙瘴之地，後娶長垣人按察使郜永春女為妻。在天啟年間獲釋後回到原籍，於天啟七年左右去世，與父親同葬在東明縣城漆河岸邊。
個人作品
石星是王世貞所列續五子之一，寫過不少詩歌和散文，但是流傳下來的不多。詩9首收入穆光胤選輯的《明詩正聲》中，撰寫過《史記節略引》、《刻左氏引》等散文，收入在《四史鴻栽》中，著有《東泉集》。另有書法石刻存世。
史書記載
《朝鮮王朝實錄》
《明實錄》
《明神宗顯皇帝實錄》
《明史》
《燃黎室記述》
《通文館志》
《熱河日記》
《碩齋稿》
《唐陵君遺事征》
《奇齋雜記》
