背景設定
監獄戦艦2故事講述被稱為木星蜥蜴的神秘敵人第一次襲擊地球是在2195年，面對擁有壓倒性力量的敵人，地球軍束手無策，火星連同殖民地一起落入敵人手中。這就是“第一次火星會戰”。
遊戲劇情
由人類統治宇宙的時代開始。
人類的勢力版圖在太陽系不斷擴大。
為了不久後以地球作為故鄉的人群不在繼續擴大，擁有殖民星球的各個國家紛紛出發。
我們的主人公：多尼·波甘（ドニ·ボーガン）是宇宙聯盟軍的少校，要員運輸戰艦加森特（ジャサント）號的艦長。
可是主人公和加森特號上的乘務員背地裡都是地球人組成的特務小組：尼奧·蒂拉茲（ネオ·テラーズ）成員。
他們把暗殺敵對關係，宇宙人類組成特務小組：新·索拉魯（ニュー·ソラル）的重要人物當做任務。
這次，新索拉魯中湧現的才女莉艾麗·畢索普（リエリ·ビショッ）中校，和她的副官娜歐米·艾邦斯（ナオミ·エヴァンス）少校成了他們的目標。
她們打算在在地球召開的聯邦政府會議上公開尼奧蒂拉茲非法活動的重要證據。
於是，主人公們決定對兩位美女長官實行洗腦計畫。
“明天，我們將靠近泰坦行星，把她們兩人接上戰艦，利用戰艦上的設備，對她們兩人進行徹底的洗腦吧！”
主人公與她們有一面之緣。
當然，那是主人公屈辱的回憶。為了報復，主人公才努力坐上了今天這個位置。
“那么洗腦計畫，啟動！”
加森特號龐大的身軀漸漸靠近泰坦行星... ...
