旗為軍事﹑行政合一單位﹐由清中央就旗內王公中任命札薩克為其長﹐可以世襲﹔其職權為戰時動員本旗兵丁出戰﹐平時總攬本旗行政﹑司法﹑稅收等項事務﹔下設協理台吉(tosalakitaiji﹐札薩克之副職)﹑管旗章京(hoigugijahiroki-janggi﹐次於台吉之管旗官)等僚屬﹐協助札薩克治事。旗以下置佐(或稱“箭”﹐蒙古語為“蘇木”som)﹐設佐領。佐原為基本軍事單位﹐後逐漸成為旗以下的一級行政單位。佐領不僅領本佐兵丁﹐還辦理清冊﹑收稅﹑征夫等事。佐的多少標誌著一旗的兵力狀況。原則上﹐佐由一百五十名壯丁組成﹐但實際上有增有減。凡年在十八歲至六十歲之間的蒙古男丁﹐都有服兵役的義務。內札薩克建旗少而置佐多﹐外札薩克建旗多而置佐少﹐有的旗甚至只置一佐。
盟為旗的會盟組織﹐合數旗而成。每盟設盟長一人﹑副盟長一人﹐原由盟內各旗札薩克在會盟時推舉﹐後改由理藩院就盟內各旗札薩克中籤請皇帝派人兼攝。喀爾喀蒙古各盟是在部的基礎上建立的﹐所以部長又是盟長。盟並非一級行政機構﹐盟長的主要任務是充當三年一次的會盟召集人﹐履行比丁﹑練兵﹑清查錢穀﹑審理重大刑名案件等職責﹐但無發兵權﹐不能直接干涉各旗內部事務﹐也無權向各旗發布命令﹐只是對盟內各旗札薩克實行監督﹐有責任隨時告發札薩克的不法或叛逆行為。厄魯特蒙古各盟則不設盟長﹐其盟務由該管地區將軍或辦事大臣直接掌管。
盟旗制度使蒙古族人民不能越旗遊牧﹑耕種及往來﹑婚嫁。內﹑外札薩克之間﹐特別是蒙﹑漢人民之間的接觸更在禁止之列。此制除在明代封建主長期內訌之後﹐對穩定蒙古社會秩序起過一定作用外﹐基本上妨礙了蒙古族的進步和發展。1949年後﹐盟旗制度已徹底廢除﹐僅保留盟旗稱謂。盟相當於專區﹐旗相當於縣。
