皖南醫學院法醫學系1984年籌建,於1986年正式建系。招收法醫專業本科生16屆,培養畢業生500餘人。舉辦17期法醫進修班,為全國培養在職法醫700餘人。
法醫系分為法醫病理學、法醫物證學、法醫毒理、毒化學、法醫精神病學幾個教研室,共有教職工22人,其中教授2人,副教授6人,講師8人,實驗師4人,行政2人。1989年成立面向社會服務的法醫門診,於2002年通過安徽省司法廳考評,成立皖南醫學院司法鑑定中心。
法醫系1997年經國家學位委員會批准為法醫學碩士學位授予點,學科帶頭人李永宏教授為中國法醫學教育研究會常務理事。法醫系擁有一支較高水平的法醫鑑定隊伍,為公安偵破司法處理提供科學依據,為社會發展和穩定做出積極貢獻。
2010年皖南醫學院法醫專業通過國家級特色專業審核,成為安徽省唯一一個國家級特色專業。同時在建中的法醫樓也在申請國家一級實驗室,已通過初審。