界首水司設立於【明】崇禎二年,距今已有380多年歷史。設從九品副司一人,衙役九人。主要管轄京杭大運河漕運及汛期行洪等差務。直屬工部江淮水司管轄。據康熙《揚州府志》記載:朝廷年撥付界首水司糧一百二十石,白銀一千三百兩。清代界首水司依然存在,更名為界首淮水司,設從七品水司副使一人,差役十一人。轄邗溝、運河、子嬰河、馬霓河、六漫溝等水域漕運及洪期減水。清代末期更名為界首水龍局,歸高郵知縣管轄。民國初期更名為界首水警司,設警長一人,水警24人,職能除漕運管理外兼治安、郵局等職能。1939年界首淪陷,日寇將水警司改為偽警察所。抗戰勝利後更名為界首郵局。新中國成立後,界首水司房屋劃歸國營二米廠所有,後在時代變遷中大部分房屋被拆除,現僅存房屋兩間。
我國是一個歷史悠久的農業大國,農業在整個社會經濟中具有舉足輕重的地位。而水利的興衰,對農業的發展又有著重要的影響,不僅歷代政府會重視水利事業的發展,作為當時的官僚和民眾也會特別關注本地水利的建設。界首水司衙門舊址的發現對研究明清時期的水利建設及漕運管理有著極其重要的價值。