基本原則
生態河道治理一、 綜合性原則：河道生態治理應在保證河道防洪、排澇、引水等基本功能的前提下，充分考慮河流的生態功能、水質淨化、生態景觀等功能的需要，同時兼顧親水活動的安全。
二、 協調性原則：體現河道及周邊區域發展的特點，注重與沿線整體風貌相協調，河道生態景觀與周邊景觀相協調。
三、 自然性原則：堅持恢復河道自然水生態系統環境，以自然修復為主，人工修復為輔，因地制宜、充分利用現狀河道的形態、地形、水文等條件；物種的選擇及配置宜以本土種為主，構建具有較強的自我維持及穩定的水生態系統。
四、 經濟性原則：與經濟、社會發展同步，因地制宜、節能高效；統籌前期建設與後期管護，儘可能降低前期建設成本和後期的養護費，實現河道生態治理的可持續性發展。
治理步驟
步驟1 確定生態河道治理的目標
當這一步完成時，應該描繪出一個總體的目的，或者是一個藍圖，勾勒出修復工程完成後河道是什麼樣的。這樣一個可見的藍圖在生態河道治理過程中起著關鍵的指導作用。
步驟2 確定生態河道治理的利益相關者
生態河道治理是流域管理的一部分。如前所述，河道有許多功能，需要根據河道功能，列出利益相關者，包括機構和公眾。
生態河道治理步驟3 分析人類活動對河道功能的影響
對河道未受干擾之前的現狀進行描述，分析人類活動對河道生態系統和河道功能的影響。
步驟4 識別河道的主要天然資產和主要問題
生態河道治理也是保護和改善天然河道資產。資產就是河道已經具備的，並滿足相應河道功能目標的那些良好條件。許多河道資產都受到河道問題的威脅，或已經退化。在這一步中，要識別出河道的主要資產、退化資產和存在的主要問題。
步驟5 確定生態河道治理的優先次序
河道的生態治理涉及不同的河段、不同的功能。而每個功能受關注的程度、需要修復的時間又不盡相同，因此應該首先確定生態河道治理的優先次序。需要注意的是，修復工程不應該總是從受損最嚴重的河段著手, 有時候也需要從現存的最好的河段開始。
步驟6 制定保護資產和改善河道的策略和措施
確定優先河段後，列出保護和改善這些河段重要資產的所有方法。
步驟7 制定生態河道治理詳細而可度量的目標
對應於上一步到出的策略和措施，制定詳細的、可以度量的目標。
步驟8分析目標的可行性
上一步的目標是切實可行的嗎？許多因索，如費用、政治、其他河道用戶的反對等等。都將可能改變原已確定的優先權和側重點。完成這一步後，要解決的問題才能最終決定。
步驟9 制定修復工程的詳細計畫
在第6步中，已經確定了解決問題的初步方法，在這一步需要進行詳細的設計。為了達到目標，需要做哪些具體的事情呢？可以什麼也不做，可以進行規劃控制，甚至改善或重建整個河道。
步驟10 設計修復工程的評估方案
第7步中制定的可估量目標在此成為對工程進行評估的基礎。需要注意的是，並不是所有的評估都一定要求很詳細。
步驟11 組織修復工程的實施
為保證修復工程的實施，需要制定時間進度表，進行明確的任務分派，落實資金來源，組織項目評估。
步驟12 實施修復工程
只有實施了修復工程，才能使得對生態河道治理目標的藍圖變成現實（也可能沒有實現預定的藍圖）。在這一步驟中，需要運用那些在評估規劃中收集的資料對工程進行正式評估 。
治理要求
一、 生態河道治理從適宜生物棲息的角度出發，全面考慮工程對水文、水深、流速、底質、河道形態、斷面形式及材料等多方面生境因子的影響，構建適宜生物棲息及繁殖的生境條件。
二、 生態河道治理宜儘量保留河道天然的形態及斷面，控制截彎取直，河道斷面寬度及形式避免均一化、單一化。
三、 生態河道的護岸宜根據河道功能需要剛柔結合，因地制宜，護岸材料在滿足強度要求的情況下，選取具有較好透水性、有利於水體交換，適宜動植物生長的生態親和性較佳材料，優先選取當地天然材料。
四、 河道生態綠化在滿足河道生態功能要求的前提下，宜儘量保留、利用河道兩側現有植被，合理配置不同習性的植物，營造植物群落結構及生態景觀多樣的植物帶；植物宜選擇土著種。
五、生態河道治理需對治理效果進行跟蹤和評估，提出改進建議和措施 。
恢復步驟
生態河道治理應該有四個尺度： 地區、流域、集水區、場所。
在集水區尺度上進行保護和恢復的步驟：
生態河道治理1） 歸納集水區特徵。明確集水區那些對生態系統的功能和條件產生影響的主要自然、生物和社會過程要素。
2） 找出主要問題。明確與管理目標最相關的集水區要素，以及各種問題、社會價值和環境考慮。3） 確定當前狀況。收集與整理當前這些核心問題和重要生態系統要素的狀況。
4） 描述參考條件。描述已知的或根據歷史推斷出的集水區景觀，幫助我們了解集水區過去的狀況。參考條件還可以幫助我們建立恢復和管理方案的目標。
5） 綜合和闡述。綜合和闡述以上四步收集的資料，確定生態系統過程之間的時空聯繫。
6） 建議。由以上四步的結果提出恢復管理的建議，流域分析提供的資料可以支持土地管理決策。
集水區保護和恢復還應該具備一些管理手段：教育和意識、合作和協調、檢測和研究、規劃和區分優先次序、資金和技術援助等。
