下設單位
“農業部玉米種子質量監督檢測中心（蘭州）”於1999年7月通過國家計量認證和農業部的機構認可，“甘肅省農作物種子質量監督檢驗中心”於2006年通過省農牧廳機構認可和省質量技術監督局計量認證。甘肅省種子管理局下設八個科：辦公室、財務資產管理科、種業發展科、檢驗綜合業務科、質量監督檢驗科、品種管理科（品種審定辦公室）、良種繁育管理科和市場監督管理科。
主要職能
主要承擔以下職能：
1、 貫徹執行有關種子法律法規規章，制定並組織實施全省種業發展規劃，配合法制部門起草、修訂本省種子方面的地方性法規、政府規章及規範性檔案。
2、 負責種子生產經營活動及種子生產基地的監管，依法查處種子生產、經營活動中的違法行為及新品種侵權案件。
3、 負責全省種子生產、經營許可管理，審核、核發、管理《農作物種子經營許可證》和《農作物種子生產許可證》，監督下級種子管理機構的種子生產經營許可行為及種子生產、經營者的種子生產、經營行為。
4、 負責種子進出口、種子調運及救災備荒種子儲備等方面的管理。承擔植物新品種權的宣傳、維護，配合有關部門查處品種侵權案件。負責全省農作物種子標籤製作、標註和使用行為的管理。
5、 負責全省主要農作物原良種生產計畫、良繁基地建設、品種布局；負責種子工程及其它種子項目的申報、組織實施和監督管理。
6、 負責農作物品種管理，組織開展全省農作物新品種的引進、試驗、示範、審定和推廣，開展主要農作物品種區域試驗、生產試驗、抗性鑑定、品質測定和品種審定等工作。蒐集品種資源，建立品種資源庫、資料庫、信息庫。負責落實國家安排的各種農作物品種試驗、示範和展示任務。
7、 負責全省種子檢驗人員、種子專業生產技術人員、種子加工技術人員和貯藏保管人員的培訓、考核和管理，核發種子檢驗員證，承擔市、縣種子檢驗機構的認證。
8、 負責全省農作物種子質量監督，承擔監督檢驗、委託檢驗、仲裁檢驗和種子認證工作，組織開展農作物種子生產田田間檢驗及種子質量糾紛田間現場鑑定工作。承擔有關種子標準的制定（修訂）、標準的試驗驗證及種子檢驗新技術的研究。
