主要職責
負責環境污染防治的監督管理和環境形勢分析研究。擬訂水體、大氣、城區土地、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的污染防治政策、規劃、法律、行政法規、部門規章、標準和規範，並組織實施。組織開展全國環境形勢綜合分析。擬定水、大氣、噪聲與海洋等專項環境功能區劃。擬定重要飲用水水源地、國家重點區域、流域、海域、地下水污染防治規劃並監督實施。建立和組織實施跨省（國）界水體斷面水質考核制度。監督管理飲用水水源地環境保護工作。組織指導城鎮環境綜合整治工作，負責組織實施全國城市環境綜合整治定量考核制度。負責新定型車輛發動機和車輛的環保型式核准，建立在用車以及油品監督管理制度。指導、協調和監督海洋環境保護工作。監督管理海岸工程、陸源污染、拆船等海洋環境污染防治工作。組織實施危險廢物經營許可證、可用作原料的固體廢物進口許可、危險廢物出口核准、有毒化學品進出口登記、新化學物質環境管理登記、審批及監督管理。組織危險廢物、醫療廢物及電子等工業產品廢物申報登記。負責企業上市和上市企業再融資的環境保護核查工作。組織開展清潔生產強制性審核。參與擬定國家限制和淘汰的生產能力、工藝和產品名錄，擬訂重點行業國家產業政策等，提出產業市場準入的污染防治指標體系。監督管理城區土地污染防治工作。負責有關國際環境公約的國內履約工作。
內設機構
根據上述職責，設7個內設機構。
1、綜合處
承擔司內文電、會務、機要、保密、安全、印章、檔案、財務預算、固定資產管理、政務信息與公開、工作計畫與總結等綜合性事務和綜合協調工作；組織企業上市和上市企業再融資的環境保護核查、清潔生產強制審核工作；參與擬訂國家限制和淘汰的生產能力、工藝和產品名錄及有關國家產業政策；承擔城市環境綜合整治工作。
2、飲用水水源地環境保護處（簡稱飲用水處）
擬訂水環境管理及飲用水水源地環境保護的政策、規劃、法律、法規、規章、標準、規範及水環境功能區劃並監督實施；組織擬訂飲用水、地下水、太湖、巢湖、滇池水污染防治規劃並監督實施；承擔飲用水水源地環境保護與湖泊污染防治工作；組織開展全國水環境形勢綜合分析；承擔水污染防治其他綜合性工作。
3、大氣與噪聲污染防治處（簡稱大氣處）
擬訂大氣、噪聲、光、惡臭、機動車污染防治的政策、規劃、法律、法規、規章、標準、規範，並監督實施；擬訂城市大氣、噪聲環境功能區劃工作；承擔大氣、光、惡臭、噪聲、機動車污染防治和相關環境功能區劃等工作；組織開展全國大氣環境形勢綜合分析。
4、重點流域水污染防治處（簡稱流域處）
組織擬訂淮河、海河、遼河、松花江、長江（含三峽庫區及其上游）、黃河中上游、珠江、南水北調工程沿線和跨國界河流的水污染防治規劃，並監督實施；建立跨省（國）界河流水質考核評估制度，並組織實施；審查重點城市的水污染防治規劃，並指導實施；指導全國河流水污染防治工作。
5、海洋污染防治處（簡稱海洋處）
指導、協調和監督海洋環境保護工作；擬訂國家海洋環境保護的政策、規劃、法律、法規、規章、標準和規範；擬訂國家重點海域污染防治規劃並監督實施；編制近岸海域環境功能區劃；監督海岸工程和濱海重污染行業海洋污染防治；組織開展全國海洋環境形勢綜合分析。
6、固體廢物管理處（簡稱固體處）
擬訂固體廢物、危險廢物、進口廢物管理及城區土地污染防治的政策、規劃、法律、法規、規章、標準、規範、目錄並監督實施；組織擬訂危險廢物管理制度並監督實施；組織開展危險廢物申報登記；承擔固體廢物進口許可、出口核准、信息公開工作，監督電子廢物、污泥等再生資源回收利用污染防治。
7、化學品環境管理處（簡稱化學品處）
擬訂化學品環境管理的規劃、政策、法律、法規、規章、標準、規範、目錄並監督實施；組織化學品環境風險評價追蹤；篩選和公布重點控制的化學品目錄；承擔化學品進出口、新化學物質登記；組織日遺化武處理全過程環境監督管理。
